分子植物育种
(
网络版
), 2016
年
,
第
14
卷
,
第
1008
-
1015
页
Fenzi Zhiwu Yuzhong (Online), 2016, Vol.14, 1008
-
1015
1012
外显子
105
个，平均长度为
760 bp
，总共占据基因
组全长的
51.7%
。其中有
72
个蛋白不含内含子。而
编码
atpF
、
clpP
、
ndhA
、
ndhB
、
petB
、
petD
、
rpl16
、
rpl2
、
rpoC1
、
rps12
、
rps16
及
ycf3
共
12
个基因包
含了不止
1
个内含子。此外该叶绿体基因组还编码
了
20
个
tRNA
的基因，其反密码子对应
20
种氨基
酸。最后在
rRNA
方面，还包含了双份拷贝的
16S
、
23S
、
4.5S
及
5S
核糖体亚基的
rRNA
基因
(
图
4)
。
RS41
萝卜线粒体基因组全为
258 463 bp
，平均
GC
含量为
45.5%
。它包括
1
个
LSC
单大拷贝，长
度
121 046 bp
。
1
个小单拷贝
SSC
，长度
117 955 bp
。
和
1
个
IR
反向重复，长度
9 731 bp
。基因注释结果
表明该线粒体基因组包含
82
个编码蛋白的基因。
其中
34
个为已知，而其它的
48
个
ORF
编码功能
未知的蛋白。在该基因组中共有外显子
105
个，平
均长度为
482 bp
，总共占据全长的
19.5%
。而编码
rps3
、
cox2
、
ccmFC
、
nad1
、
nad5
、
nad2
、
rpL2
、
nad4
和
nad7
的这
9
个基因包含了不止
1
个的内含子。
此外该线粒体基因组还编码了
17
个
tRNA
基因，而
这些基因对应
14
种氨基酸。它还编码了
5S
、
18S
及
26S
核糖体亚基的
rRNA
基因
(
图
5)
。其他样品基
因组的基因注释结果均与此相似，不再赘述。
2
讨论
2.1DNA
提取与文库构建
决定植物线粒体、叶绿体组装效果的关键因素
在于细胞器
DNA
是否提取纯净，即完全的去除了
不需要的核
DNA
成分。本文所采用的提取细胞器
DNA
的方法能够去除大部分的核
DNA
，但是很难
分离线粒体和叶绿体。为此本文采用以参考基因组
进行的比对、过滤方法来起到了分离线粒体和叶绿
体
DNA
等价的效果。此时，
Dry Lab
的软件分析方
法可以解决
Wet Lab
方法不足导致的实验缺陷。
图
4
萝卜
RS41
的叶绿体环形基因组
Figure4 Gene map for RS41’s chloroplast genome
