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分子植物育种
(
网络版
), 2012
年
,
第
10
卷
,
第
1354
-
1359
页
Fenzi Zhiwu Yuzhong (Online), 2012, Vol.10, 1354
-
1359
http://mpb.5th.sophiapublisher.com
1356
续表
2
Continuing table 2
重复类型
Repeat type
重复碱基
Repeat primitive
出现数量
Occurred No.
发生频率
(%)
Frequency (%)
比例
(%)
Proportion (%)
四核苷酸
Tetranucleotide
CAGC
1
0.09
1.47
五核苷酸
Pentanucleotide
ACCAA
12
1.10
17.65
TTTGG
5
0.46
7.35
TTCTT
1
0.09
1.47
六核苷酸
Hexanucleotide
TCTCCT
2
0.18
2.94
GAAGCA
2
0.18
2.94
GTTATT
1
0.09
1.47
CCATCT
1
0.09
1.47
TGCTTC
1
0.09
1.47
CCATCA
1
0.09
1.47
GCTTTT
1
0.09
1.47
AAAAAT
1
0.09
1.47
从重复基元的重复特性来看，菠菜的
EST-SSR
重复基元可分为完全重复基元和不完全重复基元，
分别为
48
个和
20
个，所占百分比为
70.59%
和
29.41%
，
完全重复占绝对优势
(
表
3)
。菠菜
EST
中
SSR
的平均
长度约
23.49 bp
，不同的
SSR
长度有很大差异，最短
的为
15 bp
，最长的为
36 bp
。
表
3
菠菜
EST
中
SSR
重复长度和性质
Table 3 The repeat length and attribute of SSRs in ESTs of Spinach
重复类型
Repeat type
长度
(bp)
Length (bp)
重复性质
Repeat attribute
总计
Total
变化范围
Variation
平均长度
Average length
完全重复
Complete repeat
不完全重复
Incomplete repeat
二核苷酸
Dinucleotide
16~36
35.45
14
8
22
三核苷酸
Trinucleotide
18~30
20.65
13
4
17
四核苷酸
Tetranucleotide
16
16.00
0
1
1
五核苷酸
Pentanucleotide
15
15.00
17
1
18
六核苷酸
Hexanucleotide
18
18.00
4
6
10
总计
Total
15~36
23.49
48
20
68
1.2 EST-SSR
引物的筛选及应用
利用根据以上筛选出的菠菜
EST-SSR
设计的引
物对，对菠菜雌、雄基因组进行了
PCR
扩增验证。
结果表明，基于菠菜
EST
序列
HS097148
设计的引物