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分子植物育种
(
网络版
), 2012
年
,
第
10
卷
,
第
1354
-
1359
页
Fenzi Zhiwu Yuzhong (Online), 2012, Vol.10, 1354
-
1359
http://mpb.5th.sophiapublisher.com
1355
白等
, 2007)
、橡胶树
(
安泽伟等
, 2009)
。但国内外对
于菠菜性别相关的
EST-SSR
标记的研究还未见报
道。基于此，本研究对现有
NCBI
上菠菜
EST
中的
SSR
信息进行全面分析，以明确菠菜
EST-SSR
发生
频率和特点，并根据
EST-SSR
序列设计特定引物对
对菠菜雌、雄基因池进行扩增，探讨
EST-SSR
序列
在菠菜性别分化研究中的应用。
1
结果和分析
1.1
菠菜
EST-SSR
分布、频率与特点
对来自
NCBI
数据库
1 093
条菠菜
EST
进行
SSR
搜索，含
SSR
的
EST
共
64
条，占
EST
总数的
5.86%
。
1 093
条
EST
序列全长为
633.516 kb
，共含有
68
个
SSR
，其中二核苷酸重复基元占主导地位，出现
22
次，占总
SSR
的
32.3%
。其次为三核苷酸和五核苷酸
重复基元，两者发生频率基本相近，分别出现
17
次和
18
次，占总
SSR
的
25.0%
和
26.5%
。四核苷酸重复基
元和六核苷酸重复基元分别占
1.5%
和
14.7% (
表
1)
。
在所有的
SSR
中，共包括
22
种重复基元
(
不包括
类似于转座子或逆转子中可见到的复杂重复
)
。其
中以二核苷酸
GA/CT
和五核苷酸
ACCAA
占绝对优
势，分别占总
SSR
的
22.06%
和
17.65%
。其它类型的
重复基元频率都很低
(
表
2)
。
表
1
菠菜
EST
中
SSR
的出现频率
Table 1 Frequency of SSRs occurred in ESTs of spinach
重复类型
Repeat type
重复基元种类
Repeat primitives number
SSR
数
SSR number
占全部
SSR
比例
(%)
Proportion by total SSR (%)
出现频率
(kb)
Frequency (kb)
二核苷酸
Dinucleotide
3
22
32.3
28.80
三核苷酸
Trinucleotide
7
17
25
37.27
四核苷酸
Tetranucleotide
1
1
1.5
633.52
五核苷酸
Pentanucleotide
3
18
26.5
35.20
六核苷酸
Hexanucleotide
8
10
14.7
63.35
总计
Total
22
68
100
633.516
表
2
菠菜
EST
中
SSR
重复基元类型
Table 2 The repeat types of SSRs in ESTs of spinach
重复类型
Repeat type
重复碱基
Repeat primitive
出现数量
Occurred No.
发生频率
(%)
Frequency (%)
比例
(%)
Proportion (%)
二核苷酸
Dinucleotide
GA/CT
15
1.37
22.06
TC/AG
6
0.55
8.82
AC
1
0.09
1.47
三核苷酸
Trinucleotide
AGA
6
0.55
8.82
GAG
4
0.37
5.88
GGT
2
0.18
2.94
AAG
2
0.18
2.94
CTT
1
0.09
1.47
CAA
1
0.09
1.47
AAC
1
0.09
1.47