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分子植物育种
(
网络版
), 2012
年
,
第
10
卷
,
第
1354
-
1359
页
Fenzi Zhiwu Yuzhong (Online), 2012, Vol.10, 1354
-
1359
http://mpb.5th.sophiapublisher.com
1354
研究报告
Research report
菠菜性别相关
EST-SSR
标记的开发及应用
邓传良
,
高俊
,
曹莹
,
秦瑞云
,
高武军
,
卢龙斗
河南师范大学生命科学学院，新乡
, 453007
通讯作者
:
dcl75@163.com
作者
分子植物育种
, 2012
年
,
第
10
卷
,
第
48
篇
doi: 10.5376/mpb.cn.2012.10.0048
收稿日期：
2012
年
06
月
07
日
接受日期：
2012
年
08
月
21
日
发表日期：
2012
年
11
月
05
日
本文首次发表在《基因组学与应用生物学》
(2012
年第
31
卷第
5
期
467-472
页
)
上。现依据版权所有人授权的许可协议，采用
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,
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引用格式
(
中文
)
：
邓传良等
, 2012,
菠菜性别相关
EST-SSR
标记的开发及应用
,
分子植物育种
(online) Vol.10 No.48 pp.1354-1359 (doi: 10.5376/mpb.cn.2012.10.0048)
引用格式
(
英文
)
：
Deng et al., 2012, Development and Application of Sex-specific EST-SSR Marker in Spinach (
Spinacia oleracea L
.), Fenzi Zhiwu Yuzhong (online)
(Molecular Plant Breeding) Vol.10 No.48 pp.1354-1359 (doi: 10.5376/mpb.cn.2012.10.0048)
摘
要
转为了明确菠菜
EST
序列中
SSR
的总体特点，开发菠菜
EST-SSR
引物；为利用
EST-SSR
引物进行菠菜性别相关
特异序列的克隆奠定基础，本文从
NCBI
上获得
1 093
条
EST
，并利用在线软件
SSRIT
检测所含
SSR
序列，并进行分析。
共检索出
68
条
SSR
序列，分布于
64
条
EST
中，检出率为
6.22%
，包括
22
种重复基元。其中二核苷酸重复基元的
EST-SSR
占主导地位，占总
SSR
数目的
32.3%
。利用在线引物设计软件
Primer 3.0
设计了
7
对
EST-SSR
引物，在适合的
PCR
反应体
系下，分别以雌、雄菠菜
DNA
基因组为模板，对设计的
EST-SSR
引物进行筛选，结果显示以
EST
序列
HS097148
设计的一
对引物从菠菜雌雄基因组中扩增出一条雄性特异的条带，表明通过菠菜
EST-SSR
引物获得菠菜性别相关特异序列是可行的。
关键词
菠菜；表达序列标签；微卫星
Development and Application of Sex-specific EST-SSR Marker in Spinach
(
Spinacia oleracea L
.)
Deng Chuanliang , Gao Jun , Cao Ying , Qin Ruiyun , Gao Wujun , Lu Longdou
College of Life Science, Henan Normal University, Xinxiang, 453007
Corresponding author, dcl75@163.com
Authors
Abstract
The objective of this study was to characterize spinach SSRs derived from ESTs and to develop EST-SSR markers for
possible use of the markers in the studies of cloning sex-specific fragment from spinach(
Spinacia oleracea L
.). 1 093 ESTs of
spinach were obtained from NCBI database, which were detected and analyzed by on-line software SSRIT. 68 SSR sequences were
obtained, distributing throughout 64 ESTs. The frequency of these EST-SSRs was 6.22%, including 22 dominant type repeat unit.
Among them, dinucleotide repeats was dominant, account for 32.3% of all SSR sequences. 7 pair of EST-SSR primers were designed
by on-line software Primer 3.0. The designed EST-SSR primers were screened with optimational PCR condition based on the male
and female spinach genomic DNA as template respectively. Results showed that a pair of primer derived from ETS HS097148 could
amplify a male specific band, indicating that a possible method to clone sex-specific fragment from spinach was established through
developing EST-SSR marker from spinach EST database.
Keywords
Spinach; Expressed sequence tag; Microsatellite
中菠菜
(
Spinacia oleracea
L.)
别名波斯菜、赤
根菜，系藜科
(Chenopodiaceae)
菠菜属
(Spinacia)
，
是具有
2n=12
条染色体的二倍体雌雄异株植物，是
重要的蔬菜作物。由于不同性别的菠菜经济价值不
同，因此，寻找菠菜雌、雄基因组之间的差异，克隆
菠菜性别决定的基因对于菠菜性别的早期鉴定及
分子育种尤显重要。近年来，有些学者通过核型分
析
(Lan et al., 2006)
、同工酶技术
(
高武军等
, 2006)
、
RAPD
分子标记
(
杨金华等
, 2009,
江苏农业科学
, 2:
40-41)
等方法对菠菜的性别分化进行研究。相对于
其它分子标记，
EST (expressed sequence tags, EST)
-SSR
标记由于具有非常独特的优点而被广泛应
用。目前，基于
EST
数据的
SSR
标记已在一些植物
种中成功开发和应用，如大豆
(
常玮等
, 2009)
、棉
花
(
王亚男等
, 2010)
、花生
(
柳展基等
, 2008)
、水稻
(
忻雅等
, 2006)
、甘蔗
(
黄立飞等
, 2009)
、油菜
(
李小