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分子植物育种
(
网络版
), 2012
年
,
第
10
卷
,
第
1287
-
1296
页
Fenzi Zhiwu Yuzhong (Online), 2012, Vol.10, 1287
-
1296
http://mpb.5th.sophiapublisher.com
1289
数位
29.863 4
。
12
个微卫星标记的有效等位基因数
大致呈梯形分布。籼稻组在每个首选标记上检测到
的等位基因数和
134
个水稻品种检测到的有效等位
基因数一致，但籼稻组和水稻品种总数之间的有效
等位基因数存在一定差异。
1.2
品种的遗传多样性水平分析
用
Shannon
多样性指数
(I)
、多态性信息含量
(PIC)
来衡量水稻品种的遗传多样性水平
(
表
2)
，
Shannon
多样性指数平均值
1.133 6
，变化幅度
0.537 8~1.502 2
；
PIC
平均值为
0.605 5
，变动范围
0.254 8~0.734 9
。其
中引物
RM85
的
Shannon
多样性指数和
PIC
值最小，
分别为
0.537 8
和
0.254 8
，引物
RM297
的
Shannon
多样性指数最大，为
1.502 2
，引物
RM190
的
PIC
值最大，为
0.734 9
。
按照不同类型看，籼稻组和粳稻组的
Shannon
多样性指数
(I)
、多态性信息含量
(PIC)
总数差异不
大
(
表
2)
，而籼稻组和粳稻组只在少数位点上的
Shannon
多样性指数和多态性信息含量差异较大，
如籼稻组中
RM219
的
I
值为
1.310 4
，
PIC
值为
0.676 8
，而粳稻组
RM219
的
I
值为
0.500 4
，
PIC
值为
0.320 0
。
由表
3
可知，各标记的等位基因在
134
个水稻
品种中的出现频率差异很大，依据基因频率的不同
将其分成主导、一般和稀有三类等位基因，如
RM297
标记的
6, 5
和
3
号等位基因。进一步分析发现，籼
型与粳型的等位基因频率分布差异明显，如籼稻
RM85
标记的
1
，
3
和
4
号等位基因频率分别为，
0.919 4
，
0.004 0
和
0.012 1
，而粳稻的
RM85
标
记的
1
，
3
和
4
号等位基因频率分别为，
0.100 0
，
0.800 0
和
0
。
1.3
水稻新品种纯度分析
134
个水稻新品种的种子纯度测定结果见表
4
。
这些水稻品种的种子纯度都分布在
80.00%
及以上，
其中
128
个水稻品种的种子纯度
90.00%
，占所有品
种数的
95.52%
；其中有
113
个水稻品种的种子纯度
95.00%
，占供试品种总数的
84.33%
，但仍有
1
个品
种的纯度仅为
80.00%
。
1.4
品种亲缘关系聚类分析
根据扩增产物在聚丙烯酰胺电泳凝胶上的相对
位置，并参照
100 bp DNAMarker
条带位置，确定不
同的谱带类型，并按扩增片段从大到小的顺序编号，
按照
0
、
1
、
9
统计
SSR
扩增产物，组成
134
个水稻
新品种的二元数据矩阵，构成
134
个水稻品种的数
字化指纹图
134
个云南省水稻新品种的遗传相似性
系数变异范围为
0.222 2~0.975 6
，平均遗传相似性系
数为
0.592 9
，其中冈香
1
号和冈香
5
号、内优
3016
和宜优
1016
的遗传相似性系数最大，为
0.975 6
，其
表
2 12
对
SSR
标记在不同类型水稻品种中的
Shannon
多样性指数和多态性信息含量
Table 2 Shannon's Information index and polymorphism information content at 12 SSR loci in different types of rice cultivars
标记
Shannon
多样性指数
(I)
多态性信息含量
(PIC)
Locus
Shannon's information index (I)
Polymorphism information content (PIC)
籼稻
粳稻
总数
籼稻
粳稻
总数
Indica
Japonica
Total
Indica
Japonica
Total
RM297
1.499 8
1.330 8
1.502 2
0.715 0
0.685 0
0.716 2
RM71
1.313 5
0.708 3
1.279 5
0.650 6
0.345 0
0.632 3
RM85
0.329 8
0.639 0
0.537 8
0.150 4
0.340 0
0.254 8
RM5414
0.797 5
0.981 9
0.820 6
0.491 2
0.525 0
0.495 3
RM274
0.912 5
0.518 2
0.907 9
0.566 2
0.2650
0.560 8
RM190
1.358 8
1.039 7
1.356 3
0.735 8
0.625 0
0.734 9
RM336
1.352 4
1.262 9
1.373 0
0.687 6
0.665 0
0.696 6
RM72
1.274 2
1.319 5
1.293 3
0.681 6
0.715 0
0.687 1
RM219
1.314 0
0.500 4
1.318 3
0.676 8
0.320 0
0.684 6
RM311
0.631 8
0.693 1
0.640 7
0.439 9
0.500 0
0.448 5
RM209
1.421 4
1.345 2
1.427 3
0.716 2
0.730 0
0.720 0
RM19
1.066 4
1.366 2
1.146 4
0.608 7
0.740 0
0.634 4
平均值
1.106 0
0.975 4
1.133 6
0.593 3
0.537 9
0.605 5
Mean