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分子植物育种
(
网络版
), 2012
年
,
第
10
卷
,
第
1278
-
1286
页
Fenzi Zhiwu Yuzhong (Online), 2012, Vol.10, 1278
-
1286
http://mpb.5th.sophiapublisher.com
1280
图
2
Cl
MYB4
是典型的
R2R3-MYB
基因
注
: A:
Cl
MYB4
与其它
R2R3-MYB
蛋白
DBD
区氨基酸序列的同源比对
; B: MEME
在线分析保守基序建立的氨基酸分布图
Figure 2 The R2 and R3 MYB repeats are highly conserved between
Cl
MYB4 and other MYB proteins
A: Domain alignments of
Cl
MYB4 with other MYB proteins from NCBI databases; B: The sequence logos of conservation motifs
are based on full-length alignments of 9 R2R3-MYB proteins
氨基酸基序
(Dubos, 2010)
，如图
2A
。
MEME
在线
分析这些蛋白发现了两个保守的氨基酸基序，它们
代表着
MYB
基因的
R2
和
R3
重复序列，在各个物
种中具有高度保守的氨基酸基序，如图
2B
，说明我
们克隆的
Cl
MYB4
基因具有典型的
R2R3
结构域氨
基酸基序。
用
SWISS-MODEL
对
Cl
MYB4
蛋白的三级结
构进行同源建模，见图
3
。结果表明在其
MYB
结
构域区域构成两个螺旋-转角-螺旋
(HTH)
结构，如
箭头所示，分别在空间上形成两个环状的沟槽，为
参与
DNA
识别及结合的部位；
Cl
MYB4
蛋白与
At
MYB46
和
Pt
MYB4
蛋白空间结构的比较发现，
这三个蛋白在
N
端
DNA
结合结构域上的空间结构
基本一致，只是参与的氨基酸数量不同，分别为
103
、
112
和
107
个氨基酸残基。与同源建模的模板
1H8CC
相比缺少
R1
-
repeat
，因此这些蛋白都少一
个与
DNA
结合的空间结构，说明
Cl
MYB4
蛋白是
典型的
R2R3
-
MYB
转录因子。