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分子植物育种
(
网络版
), 2012
年
,
第
10
卷
,
第
1171
-
1178
页
Fenzi Zhiwu Yuzhong (Online), 2012, Vol.10, 1171
-
1178
http://mpb.5th.sophiapublisher.com
1172
和
GeneMarker
，这两个软件算法不同、具有各自的
优缺点。
本文使用我国推广面积较大的
11
个杂交种及其
父母本作为研究材料，对
GeneMapper
和
GeneMarker
两个软件从数据分析准确性、操作简便性、自动化
分析程度等全方面进行比较分析，以期为从事
DNA
指纹鉴定研究的人员提供软件选择的依据。
1
结果与分析
根据本实验材料
40
对
SSR
引物的数据分析结
果，从以下
6
个方面对
GeneMapper
和
GeneMarker
两个软件进行应用比较，分析比较两软件在解决方
案上的差异。
1.1
去除
Pull
-
up
峰
在毛细管电泳中，引物标记的颜色有
4
种，当
多重组合电泳时，某一色荧光引物某一位置的特异
峰较高引起同一位置的其它颜色荧光峰值升高，这
种峰称之为
Pull-up
峰。
Pull-up
峰是影响数据分析的
重要因素，进行数据分析时易将峰高较高的
Pull-up
峰判为特异峰，同时也了影响分析效率。针对于此
GeneMarker
软件设计了便利的矩阵算法，可批量完
成去除
Pull-up
峰的功能。如图
1
所示，使用
GeneMarker
分析，可根据每次电泳结果，根据图像
设定不同荧光峰高比值，可直接将大部分
Pull-up
峰
去除，设置的比值越精确，
Pull-up
峰消除效果越好。
如图
2
所示，在
GeneMapper
软件分析中，黑色对红
色、绿色对黑色等均有
Pull-up
峰，其中最高的
Pull-up
峰高接近
1 000
，易与特异峰混淆。而
GeneMarker
软件中去除得较为彻底。
图
1 GeneMarker-BMSTC v1.0
去除
Pull-up
峰设置界面
Figuer 1 The setup interface of removing Pull-up peaks of
GeneMarker-BMSTC v1.0
图
2
毛细管电泳中
Pull-up
峰去除前后图
注
: A:
去除
Pull-up
峰前
(GeneMapper v3.7); B:
去除
Pull-up
峰后
(GeneMarker-BMSTC v1.0)
Figure 2 Before and after removing Pull-up peaks in the
capillary electrophoresis
Note: A: Before removing Pull-up peaks (viewed by GeneMapper
v3.7); B: After removing Pull-up peaks (viewed by Gene-
Marker-BMSTC v1.0)
1.2 Panel
平移功能
不同批次的电泳可能会出现峰的微小滑移现
象
(
差异在
0.5 bp
以内
)
。数据库为了保证不同批次
数据能够有效整合，需要使用固定
Panel
进行数据
分析，当数据出现滑移时，可能出现大量数据不能
进入
BIN
的范围，只有重新设定
Panel
或加宽
Panel
来解决。
GeneMarker
软件具备
Panel
整体平移的功
能，如图
3A
所示，当峰大多不在
BIN
内，可将此
引物的
Panel
作为一个整体平移，使峰最大化进入
BIN
设置范围内，调整后如图
3B
所示。
1.3
连续多峰识别功能
连续多峰一般在扩增片段大于
300 bp
时易出现，
主要是由于扩增片段长度过长，
Taq
酶在模板链上滑
动引起的，多是由一系列相差
2 bp
的连续峰峰组成，
峰高普遍偏低。连续峰是荧光检测大片段位点时的常
见峰形，而且容易引起软件识别的问题，容易将峰高
较低的连续峰去除或将连续峰计算为多峰，这两种分
析结果都要尽力避免，因此
GeneMarker-BMSTC v1.0