Basic HTML Version
分子植物育种
(
网络版
), 2012
年
,
第
10
卷
,
第
1171
-
1178
页
Fenzi Zhiwu Yuzhong (Online), 2012, Vol.10, 1171
-
1178
http://mpb.5th.sophiapublisher.com
1171
技术主题
Technology Feature
玉米
DNA
指纹鉴定中两种
SSR
数据分析软件
GeneMapper
和
GeneMarker
的
应用比较
王蕊
1,2*
,
田红丽
2*
,
王凤格
2
,
赵久然
2
,
易红梅
2
,
王璐
2
,
李楠
3
,
霍永学
3
1.
首都师范大学
,
北京
, 100089
2.
北京市农林科学院玉米研究中心
,
北京
, 100097
3.
北京华生恒业科技有限公司
,
北京
, 100083
*
第一共同作者
通讯作者
:
maizezhao@126.com
作者
分子植物育种
, 2012
年
,
第
10
卷
,
第
24
篇
doi: 10.5376/mpb.cn.2012.10.0024
收稿日期：
2012
年
04
月
24
日
接受日期：
2012
年
05
月
16
日
发表日期：
2012
年
06
月
05
日
这是一篇采用
Creative Commons Attribution License
进行授权的开放取阅论文。只要对本原作有恰当的引用
,
版权所有人允许并同意第三方无条
件的使用与传播。
引用格式
(
中文
)
：
王蕊等
, 2012,
玉米
DNA
指纹鉴定中两种
SSR
数据分析软件
GeneMapper
和
GeneMarker
的应用比较
,
分子植物育种
(online) Vol.10 No.24
pp.1171-1178 (doi: 10.5376/mpb. cn.2012.10.0024)
引用格式
(
英文
)
：
Wang et al., 2012, The Application Comparison of Two SSR Data Analysis Softwares GeneMapper and GeneMarker Used in the Identification of Maize
Variety, Fenzi Zhiwu Yuzhong (online) (Molecular Plant Breeding) Vol.10 No.24 pp.1171-1178 (doi: 10.5376/mpb.cn.2012.10.0024)
摘
要
GeneMapper
与
GeneMarker
均是
SSR
数据分析的主要软件。本文使用
40
对引物对
11
套亲子组合分析可发现，
GeneMapper
与
GeneMarker
分析结果吻合度达
99%
，说明两种软件可靠性均很高。其中
GeneMarker
在二倍体筛选、去除
Pull-up
峰、平移
Panel
等功能上进一步优化，减少了人工分析的时间，同时降低了人工操作出现的误差。
GeneMarker
软件的升级为
构建玉米
DNA
指纹数据库的标准化与自动化提供重要辅助作用。
关键词
玉米
; SSR; GeneMarker; DNA
指纹鉴定
The Application Comparison of Two SSR Data Analysis Softwares GeneMapper
and GeneMarker Used in the Identification of Maize Variety
Wang Rui
1,2*
, Tian Hongli
2*
, Wang Fengge
2
, Zhao Jiuran
2
, Yi Hongmei
2
, Wang Lu
2
, Li Nan
3
, Huo
Yongxue
3
1. Capital Normal University, Beijing, 100089
2. Maize Research Center, Beijing Academy Agriculture and Forestry Sciences, Beijing, 100097
3. Beijing Todaysoft Limited, Beijing, 100083
*These authors contributed equally
Corresponding author, maizezhao@126.com;
Authors
Abstract
GeneMapper and GeneMarker are main softwares in the analysis of SSR data. 40 pairs of primers were used to analysis
11 groups of hybrids and their parents, and the parallel degree reached 99% between GeneMapper and GeneMarker, therefore this
could conclude that the reliability of two softwares were reliability. Some functions were updated in GeneMarker, such as amphiploid
filter, removing Pull-up peaks, shifting Panels. These changes reduced the manual work, as well as decreased the manual errors. The
updating of GeneMarker made an important effort for the standardization and automatic construction of maize DNA fingerprint
database.
Keywords
Maize; SSR; GeneMarker; DNA fingerprint identification
研究背景
SSR
标记作为近年来发展较快的分子标记技
术，具有多态性高、重复性高、共显性遗传、操作
简单快速等优点，并在品种
DNA
指纹鉴定中被广
泛应用。基于毛细管电泳的
SSR
检测平台被各研究
单位、检测机构所青睐。北京市农林科学院玉米研
究中心从
2002
年起开展基于
SSR
标记的玉米品种
DNA
指纹技术研究，目前已经建立简单快速、准确
高效的毛细管荧光电泳检测技术。
随着毛细管电泳检测技术日益成熟，检测样品
量急剧增加的情况下，对数据分析也提出了更高的
要求，急需操作简单、自动化程度高、准确性高的
数据分析软件来支持
DNA
指纹鉴定技术。目前用于
分析
SSR
扩增片段的主流分析软件为
GeneMapper