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分子植物育种
(
网络版
), 2012
年
,
第
10
卷
,
第
1171
-
1178
页
Fenzi Zhiwu Yuzhong (Online), 2012, Vol.10, 1171
-
1178
http://mpb.5th.sophiapublisher.com
1173
图
3 GeneMarker-BMSTC v1.0
软件
Panel
平移界面
(
引物
:
phi080k15)
注
: A: Panel
平移前
; B: Panel
平移后
Figure 3 Panel moving interface of GeneMarker-BMSTC v1.0
(Primer: phi080k15)
Note: A: Before moving Panel; B: After moving Panel
软件改进了荧光电泳中连续多峰的识别方法。如图
4
所示，杂交种及父本在
403
位点上为连续峰，使用
GeneMapper
软件分析时将父本连续峰位点计算成两
个峰，使用
GeneMarker
软件分析时，因为能自动识
别连续峰，因此亲本和杂交种在连续峰位点均只显
示同一等位基因位点，不需额外删减位点，提高了
数据分析的准确度与效率。
1.4
高低峰选择功能
在毛细管电泳图中，有时会出现两等位基因不
对称扩增的情况，导致出现高低峰。高低峰出现的
主要原因包括以下两点：一是
PCR
扩增时出现了不
对称扩增，这在玉米杂交种出现亲本互补带型时出
现的可能性较大，当杂交种某个位点上的条带也为
单带或者是自交系时，出现这种情况的可能性较
小；二是采用混株法提取
DNA
时，样品一致性出
现问题，导致最终混入杂带，这种情况的低峰峰高
通常较低，可通过人工看板去除掉。为了保证软件
分析时特异峰能够被软件保留，而非特异峰以及杂
带可被软件去掉，在
GeneMarker
软件中优化了高
低峰选择功能，可通过不同参数设置，自动识别峰
高偏低的特异峰。如图
5
所示，
Local Region
中可
设定峰高比值，在面对不同农作物中以及不同检测
对象时，应采取不同的比例。如图
6
所示，虽然峰
高有所差异，但峰高较低的连续峰在
GeneMapper
与
GeneMarker
中均可入选。
1.5 N+1
峰自动过滤功能
N+1
峰在毛细管电泳中比较常见，主要特征是
在同一位置上出现了相差
1 bp
的两个峰
(
易红梅等
,
2006)
。一般认为与
PCR
反应过程中普通
Taq
酶在
产物
3'
端自动加入一个碱基有关。使用
GeneMapper
分析时，为了避免
N+1
峰作为两个峰，需要不断加
宽
BIN
设置中此等位基因的范围，致使相邻等位基
因的范围可能出现交叉，降低了
SSR
的多态性。而
GeneMarker
软件可自动识别
N+1
峰，若两峰在同
一个等位基因范围内，则计算为同一位点；若不在
同一个等位基因范围内，则滤掉峰分值
(score
值
)
较
小的峰，将峰分值较大的峰作为主峰。如图
7
所示，
勾选“
Use Low-High Filter
”可使用此过滤算法。如
图
8
所示，两软件均可自动识别
N+1
峰。
1.6
二倍体筛选功能
玉米为二倍体植物，
SSR
标记是共显性标记，
如果采用单株提取
DNA
，则在同一引物只能出现两
个特异峰
(
杂合位点
)
或一个特异峰
(
纯合位点
)
。但在
混株提取
DNA
进行指纹分析时，由于各种原因有
时会出现三峰或多峰的情况
(
赵久然等
, 2003)
。使用
GeneMapper
分析时需要人工手动删除杂带，极大影
响分析速度，无法实现自动化，而
GeneMarker-BMSTC
v1.0
版增加了二倍体筛选
(
即三峰
,
多峰过滤
)
功
能。应用该算法后，同一引物范围内最多保留两个
峰。保留原则为在同一引物范围内，有多峰时仅保
留
Score
值最好的
2
个，其余都删除；当
Score
值
相同时，取强度较大的峰。具体方法为：运行
GeneMarker
，导入原始数据后，点击运行，出现如
图
9
所示的对话框，勾选“
Use Amphiploid Filter
”
即可。如图
10
所示，
PCR
扩增时出现少量杂带，
GeneMapper
需要人工删除杂带，而
GeneMarker
可
以自动识别并删除多余杂带，适合大规模的自动化
样品分析。
2
讨论
经过多年的研究、应用，
SSR
指纹鉴定技术在
玉米品种检测中的应用已趋向成熟，尤其是核心引
物、实验流程、判断标准等方面均已在全国各检测
机构被广泛应用，并且各步工作基本达到准确、适