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孙小艳等
, 2011,
杂种马褂木
EST-SSR
引物开发及多态性分析
,
分子植物育种
(online) Vol.9 No.98 pp.1706-1712 (doi: 10.5376/mpb.cn. 2011.09.0098)
1709
表
3
部分有多态性的
EST-SSR
引物
Table 3 Part of polymorphic EST-SSR markers
SSR
引物
SSR
重复基序
左端引物
(5'
－
3')
右端引物
(5'
－
3')
SSR marker
SSR Motif
Left primer (5'
－
3')
Right primer (5'
－
3')
HL6
(GA)16
GAGCTTTTGCCACCTTTCAC
AAATCCCGGGAATATGAAAAA
HL13
(AAG)6
CTTTCACGGAGATAGCAGGG
GGGCGTCCGAGTAGATGTTA
HL18
(CT)12
AATGTGGTTGTTGGCTCTCC
TTTCAAACCCCATGACACAA
HL54
(AG)19
TCCCTTCTTCTGTCCGTTTG
TTCACTGGATGTGGATGGAA
HL356
(TCT)6tt(TTC)7
GGGAAAGCTACCTCAACGAA
CCATCCCTGATCTCCTTCAA
HL440
(CT)11ca(CT)10
ACAGATTGGGTTTCCTGCTG
GATGGTCGAGTAGCCCAAAA
HL641
(CTT)7t(TTC)7
AGCGAAAGCTACCTCAACGA
CCATCCCTGATCTCCTTCAA
HL667
(CT)13
AATGTGGTTGTTGGCTCTCC
TTTCAAACCCCATGACACAA
HL809
(TC)17
GAGTGAAGGACAGGTCTCGG
TCAGCAAGGCACAACAGTTC
HL821
(GA)16c(AG)17
CTCTCTCCTCTCCCCTTCGT
TCCTTGGAAACGACACACAG
HL838
(AG)9
TCACGTGTGTGAGGAATGGT
GGCATAGAGATCCGCACATT
HL951
(CCAAAG)4
GTCTCCCTCAGCCTCCTCTT
CTTCCCCAACCCTAGCAAGT
HL943
(CT)10
TGAGATCGATGGATGTTGGA
TTATGGAAAATTGCCTTCGG
HL1090
(TCTGGG)4
TAGGCCTTGGTGTTGGTGTT
CGTGACCATAACCAGATCCC
HL1134
(TC)9
ACCCGTTAAGGAGCTGGTCT
TTTTTGTTCCAAGCAGGCTC
HL1168
(AGG)6
AGTAAATGTGATTTGGGGCG
CCCTTACGATGCGTTTGATT
HL1192
(TG)14
CTCGACCCTGGGAGTTGATA
GAACAAGGAGACTGGCGTGT
HL1217
(AAG)6
TTTCTGGTGTCGATGTTGGA
TCCCTCTTTTTCTGCCTCAA
HL1256
(TC)11
TCTCCCTCTCGCTGTATCGT
ATTCCACTCGTTCCAAGTCG
HL1311
(AT)9
GGAGACCGCAAGAAGTCATC
CGAAACAACTACCACCCCAT
HL1387
(AG)10
GCCCGGGTTACATTATACCTC
TCGTATTAGGGGTCTGCACC
HL1504
(CT)11
CTCCACCAACACTCCCTTGT
TCAAACCCCATAACACGACA
HL1544
(AG)14
GTGGGCCCGAAGATAAAATC
CATGTGGTCACTAGCATGGG
图
1
引物筛选的部分扩增银染图
Figure 1 Part of SSR amplification products of screening SSR loci
2.
讨论
一般，
EST-SSRs
的分布特征和频率是通过搜索
数据库的
EST
序列估算出來的，但由于研究者研究
材料的差异，搜索标准
(
即规定的
SSR
重复基序类型
和长度
)
的不同，数据统计分析方法的选择，以及各
物种现有的
ESTs
数量不足于覆盖全基因组等原因
,
导致现有文献报道的
SSR
分布特诊和出现频率差异
较大。如
Varshney (2002)
采用二核苷酸重复次数大
于≥
6
次，三核苷酸、四核苷酸、五核苷酸、六核
苷酸重复次数≥
5
次的标准对多种谷类作物的
EST
序列进行
SSR
搜索，发现大麦每
7.5 kb
出现一个
SSR
，玉米每
7.5 kb
出现一个
SSR
，小麦为
6.2 kb
出
现一个
SSR
，黑麦和高粱为
5.5 kb
出现一个
SSR
，
水稻为
3.9 kb
出现一个
SSR
，除水稻的分布特征与已
报道的相近外，其它作物均有一定差异。但
Gao
(2003)
把
SSR
搜索标准提高到重复序列最小长度必
须≥
18 bp
，则水稻
EST
中平均
11.8 kb
出现一个
SSR
。
而且，不同物种其
SSR
出现频率也有较大差异，如
白菜
SSR
出现频率为
10.34% (
忻雅等
, 2006)
，芝麻为
8.68% (
魏利斌
, 2008)
，百合为
5.98% (
杨素丽
, 2008)
，