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关绚丽等
, 2011,
洋葱种质资源遗传多样性的
SSR
分析
,
分子植物育种
Vol.9 No.56 (doi: 10.5376/mpb.cn.2011.09.0056)
1420
表
2 63
份洋葱材料基于
8
对
SSR
引物的遗传多样性分析
Table 2 Analysis of genetic diversity for 63 onion accessions using 8 SSR primer pairs
引物
Primer
多态性信息量
PIC
等位变异数
NA
有效等位变异数
NE
Shannon
信息
指数
I
观察杂合度
Ho
期望杂合度
He
Nei's
基因多样
性指数
H
AMS03
0.491 2
3
2.036 4
0.847 4
0.603 2
0.513 0
0.508 9
ACE039
0.335 3
2
1.610 5
0.566 8
0.278 7
0.382 2
0.379 1
ACE044
0.225 4
2
1.211 9
0.317 9
0.161 3
0.176 2
0.174 8
ACM235
0.344 2
2
1.621 3
0.571 3
0.350 0
0.386 4
0.383 2
ACE111
0.698 7
5
3.446 0
1.370 9
0.790 3
0.715 6
0.709 8
AMS30
0.618 2
4
2.961 3
1.193 3
0.084 7
0.668 0
0.662 3
AMS12
0.571 2
3
2.505 7
0.998 2
0.688 5
0.605 9
0.600 9
ACM154
0.694 4
4
3.861 4
1.366 9
0.564 5
0.747 0
0.741 0
8
对引物的等位变异数
(NA)
变幅为
2~5
条，平均
3.125
条；有效等位变异数
(NE)
范围为
1.211 9~3.861 4
，
平均为
2.406 8
。
Shannon
信息指数
(I)
变幅为
0.317 9
~1.370 9
，平均为
0.904 1
；观察杂合度
(Ho)
变幅为
0.084 7~0.790 3
，平均为
0.440 1
，反映杂合位点在基
因组中所占比例高；期望杂合度
(He)
的变化幅度为
0.176 2~0.747 0
，平均为
0.524 3
。结果表明洋葱试材
的普遍存在杂交，杂交率较高。
Nei's
基因多样性指
数
(H)
的变化幅度为
0.174 8~0.741 0
，平均为
0.520 0
。
表明所选引物扩增的多态性存在较大的差异，遗传多
样性丰富。
1.4
聚类分析
基于遗传相似系数，利用
UPGMA
法对试验材
料进行聚类分析
(
图
3)
，结果表明，种质资源在遗传
相似系数
0.65
为阈值时聚为两大类
5
个组群。
A
类中
的
A1
和
A2
分别为中日照早熟品种和短日照品种。
B
类中的
B11
组包括
24
份种质资源，
5
份国内品种，剩
余
19
份为国外品种，其中
11
份美洲品种，
6
份欧洲
品种，日本和澳大利亚各
1
份；
B12
组包括
13
份种质
资源，主要是
Spanish
的长日照品种，编号
62
、
63
的
两个洋葱品种的遗传相似系数都达到了
1.00
，说明
这两个品种的亲缘关系很近，或者两份样品可能就
是同一品种；
B2
组包含
8
份种质资源，为中日照晚
熟品种，
5
份国内品种，其它为国外品种；结果显
示
63
份洋葱品种可分为两。大类，其中短日照洋葱
与部分中日照早熟洋葱品种聚一大类，长日照与部
分中日照晚熟洋葱品种另聚一大类，而在长日照类
型中
Yellow Globe Danvers
耐贮性品种聚为一个类
群，
Spanish
长日照类型品种聚为一个类群；就品种
的外皮颜色而言，每一类里都有紫皮、红皮、黄皮
或白皮品种。上述结果与生态学的分类相一致，表
明了中日照类型洋葱起源分化的复杂性，同时较好
的揭示了洋葱种质资源遗传多样性与种内亲缘关
系，为遗传育种和选择杂交亲本提供科学依据。
2
讨论
关于洋葱的种质资源遗传多样性研究已有报
道，研究方法一般有形态学鉴定
(D'ennequin et al.,
1997)
、细胞学鉴定
(Ricroeh et al., 1992)
、生化学鉴
定
(Peffley et al., 1987;Rouamba et al., 1993; Bradeen
et al., 1995; Bark et al., 1995)
、分子鉴定
(Sangeeta et
al., 2006)
等。
Kutty
等用
RAPD
标记评价了
24
个短
日照洋葱的遗传多样性
(Kutty et al., 2006)
；崔成日
等用
RAPD
技术对
41
份长日照洋葱的种质资源的遗
传多样性进行了分析
(Cui et al., 2006)
；徐启江等应
用
4
条扩增产物条带清晰、多态性高的
ISSR
引物对
32
份长日照洋葱种质资源的遗传多样性进行了分
析，共扩增出
39
条带，其中
31
条带为多态性位点，
多态性条带比率
(PPB)
为
79.48%
，为洋葱遗传育种
和杂交选择提供科学依据
(
徐启江等
, 2007)
。
Fischer
等利用
30
个
STMs
位点对
83
个洋葱品种进行遗传多
样性分析，发现一些多态性位点可用来区分亲缘关
系很近的品种，认为
SSR
是进行品种基因型鉴定和
分析种内关系的有效工具
(Fischer et al., 2000)
。上述
以往的研究多集中在仅对洋葱的短、中、长日照三
个类群中的一个类群进行分析，而本研究同时对包
括三个类群中的
63
份洋葱材料进行分子聚类分析，