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关绚丽等
, 2011,
洋葱种质资源遗传多样性的
SSR
分析
,
分子植物育种
Vol.9 No.56 (doi: 10.5376/mpb.cn.2011.09.0056)
1419
等
, 2007)
。
我国洋葱种质资源主要依赖于国外进口，存在
种质资源的遗传背景不清楚。本研究采用
SSR
分子
标记技术，对国家蔬菜工程技术研究中心所保存的
63
份洋葱种质资源进行遗传多样性分析，判断其不
同品种之间的亲缘关系，以期为洋葱分子标记辅助
育种及其起源与演化研究提供科学依据，为种质资
源的筛选、保存、开发、利用提供有利基础。
1
结果与分析
1.1
洋葱基因组
DNA
的提取
用改良的
CTAB
法提取基因组
DNA
，所得
DNA
含量较高，质量较好，比较完整，符合
SSR-PCR
扩
增反应的要求
(
图
1)
。
1.2
引物的筛选与
PCR
扩增结果
对
40
对洋葱引物进行多态性分析，获得
8
对多
态性丰富、扩增谱带清晰的引物
(
表
1)
，总共获得
50
条条带，其中有
27
条清晰、重复性高的多态性条带
(
等位变异
)
，多态性条带百分率为
54%
，差异条带
的分子量范围为
300~700 bp
。
图
1
部分洋葱品种的基因组
DNA
琼脂糖凝胶电泳检测结果
注
: M: DNA marker D15000; 1~18
号依次是编号
1~18
号洋
葱品种
Figure 1 Parts test results of genomic DNA of onion use
Agarose gel electrophoresis
Note: M: DNA marker D15000; No.1~18 is Followed by No.
1~18 onion varieties
1.3
遗传多态性分析
依据
SSR
鉴定数据，计算出各引物遗传多样
性参数
(
表
2)
。
8
对引物的平均多态性信息量
(PIC)
为
0.497 3
，变化范围为
0.225 4~0.698 7
，
ACE044
引物最低，
ACE111
引物最高
(
图
2)
，表明引物
ACE111
的遗传多样性较丰富，引物
ACE044
的遗
传多样性较窄。
表
1
多态性
SSR
洋葱引物序列
Table 1 Sequences of the polymorphic SSR onion primer
引物
primer
上游引物
(5'→3')
Forward primer sequences
下游引物
(5'→3')
Reverse primer sequences
AMS03
TAACCCTAGGATGAGTTGAG
GGATTTCCTCTTGAGATGA
ACE039
ATGGTCGTCCATTTCTTATTGAAGT
TTGAGTATGAGGCAGCATTCTACTG
ACE044
ATGTACGCAGAATCTCCTTTT
TTCAAATTCTTTTGCTGATGGGTTC
ACM235
ACGCATTTTCAAATGAAGGC
TGAGTCGGCACTCACCTATG
ACE111
ACTTGGATGTAGAAACTTCACAACATT
TTGACCTAACAAATATAGTCCCACAAA
AMS30
CACTAATGGGGTAAATAATGTTCTAC
TTGCCTTGAAATCCAGAC
AMS12
AATGTTGCTTTCTTTAGATGTTG
TGCAAAATTACAAGCAAACTG
ACM154
CTTGTTTTGGCAGTTGGGAT
CGATGAATACACCGATGACG
图
2
引物
ACE111
在部分洋葱品种的扩增条带
注
: M: Trans DNA marker I; 1~46: 1~46
编号洋葱品种
Figure 2 The PCR amplification products in parts of onion varieties with primers ACE111
Note: M: Trans DNA marker I; 1~46: No.1~46 onion varieties