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关绚丽等
, 2011,
洋葱种质资源遗传多样性的
SSR
分析
,
分子植物育种
Vol.9 No.56 (doi: 10.5376/mpb.cn.2011.09.0056)
1421
图
3 63
份洋葱品种
SSR
统计结果聚类图
Figure 3 The tree plot of clustering analysis on SSR result of 63
onion varieties accessions
更好的揭示了洋葱种质资源遗传多样性。
3
材料和方法
3.1
试验材料
本试验研究的
63
份洋葱种质资源
,
其中
30
份种
植于国家蔬菜工程技术研究中心农场大棚，采取洋
葱嫩叶，其余洋葱品种直接采用种子作为试材，均
由国家蔬菜工程技术研究中心提供
(
表
3)
。
3.2
基因组
DNA
的提取
采用改良的
CTAB
法
(
王永勤等
, 2010)
进行试材基因
组
DNA
的提取，利用分光光度计及琼脂糖凝胶电泳
法进行
DNA
浓度和纯度检测。
3.3
引物筛选与
PCR
扩增
以
9
个形态差异显著的洋葱样品
DNA
为模板对
40
对洋葱
SSR
引物进行筛选，引物由北京奥科生物
技术有限公司合成。
PCR
扩增体系是为
20 µL
，包含
30 ng DNA
模板、
200 µmol/L dNTP
、
1.5 µmol/L
引
物、
1.5 mmol/L Mg
2+
、
0.3 U
Taq
DNA
聚合酶，补水
到
20 µL
。
PCR
反应程序：
94
℃预变性
2.0 min
；
94
℃
变性
0.5 min
；
62
℃
~50
℃
(
-
1
℃
/1
个循环
)
退火
0.5 min
；
72
℃延伸
0.5 min
，
12
个循环；
94
℃变性
0.5 min
；
55
℃
退火
0.5 min
；
72
℃延伸
0.5 min
，
22
个循环；
72
℃延伸
4.0 min
；最后
4
℃保存。
3.4
电泳与银染检测
PCR
扩增产物在
6%
的聚丙烯酰胺凝胶电泳分离
后，
ddH
2
O
快速清洗
2
次，
0.2%
硝酸银染色
12 min
，
ddH
2
O
再清洗
2
次，显影液
1.5% NaOH
，
1%
甲醛溶液
显色。电泳缓冲液为
1×TBE
，电压
70 V
，电泳
1.5~2.0 h
。
3.5
数据统计分析
SSR
扩增以
0
、
1
、
9
统计建立数据库，在相同迁
移位置上，有带记为
“1”
，无带或带极弱记为
“0”
，
缺失记为
“9”
，得到原始数据。应用
Popgene Ver. 1.32
软件计算参试资源的等位基因数
(NA)
、有效等位基
因数
(NE)
、
Shannon-Weaver
信息指数
(I)
、观察杂合
度
(Ho)
、期望杂合度
(He)
、
Nei's
基因多样性指数
(H)
等参数。用
PIC-CALC
分析多态性信息量
PIC
。采用
非加权平均法
(UPGMA)
进行聚类分析，得到遗传相
似系数，并建立聚类图。统计数据在
NTSYS-pcVer.