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盖红梅等
, 2011, SSR
数据处理宏程序
DataTrans 1.0,
分子植物育种
Vol.9 No.48 (doi: 10.5376/mpb.cn.2011.09.0048)
1363
3 DataTrans1.0
的使用方法
3.1
开启
Excel
宏
在运行该程序前应确保
Excel
已经开启宏，否则需要
手动开启。方法为：在
Excel 2003
中，进入“工具
/
宏
/
安全性”将其设置为“低”；在
Excel 2007
中，进
入“
Excel
选项
/
信任中心
/
信任中心设置
/
宏设置”选
择“启用所有宏”。
3.2 bp
型原始数据输入格式
按照多数用户的
SSR
原始数据保存习惯，将引物名
称放在第一行，材料编号放在第一列，材料
n
在引
物
m
的
bp
值则放在
n
和
m
的交界处，由于输入的为二
倍体数据，因此引物以空白间隔排列，将整理好的
原始数据放在
sheet1(
图
4)
。
图
4 bp
型原始数据输入格式
Figure 4 Input data pattern of DataTrans1.0 from band size (bp)
3.3 0,1
型原始数据输入格式
以
0, 1
记载的
SSR
原始数据，需将引物名称放在第一
行，每个引物的扩增条带数放在第二行，与相应的
标记对齐，材料编号放在第一列。材料
n
在引物
m
的
第
j
条带处有带标为
1
，无带标为
0
，缺失标为
9
，将
整理好的原始数据放在
sheet1(
图
5)
。
3.4
不同
SSR
数据类型间的转换
打开
DataTrans1.0
软件，将需要转换的原始数据放入
sheet1(
图
4-5)
。如果原始保存数据为
bp
型
(
图
4)
，则
单击用户交互窗口的“
bp
型数据”选项卡，点击相
应的命令按钮即可进行格式转换。比如：需要生成
Structure
软件所需数据，则单击“
bp
型数据”选项卡
下的“转换成
Structure
格式”命令按钮，转换后的数
据将自动保存在
sheet 2
中。如果原始保存数据为
0, 1
型
(
图
5)
，则单击用户交互窗口的“
0, 1
型数据”选项
卡，单击“转换成基因型数据”命令按钮，则
Popgene
软件所需的数据格式便在
sheet 2
中生成
(
图
6)
。
3.5
数据后期处理
利用
DataTrans 1.0
实现了在
Excel
中进行
SSR
数据主
体的格式转换，其生成数据存储在
sheet 2
中。而后
仅需将
sheet2
中的数据拷贝到文本文件编辑器
(
如记
事本
, Editplus
等
)
中，加入相应的参数即可。
图
5 0, 1
型原始数据输入格式
Figure 5 Input data pattern of DataTrans1.0 from 0, 1 data