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匡猛等
, 2011,
基于棉花
SSR
的多色荧光标记检测技术
,
分子植物育种
Vol.9 No.31 (doi: 10.5376/mpb.cn.2011.09.0031)
1241
本课题在已有的研究基础上，采用
36
对
SSR
荧
光标记引物拟构建我国主栽棉花品种的
DNA
指纹
数据库，对试验中出现的各种荧光峰型，杂交种杂
合峰的表现形式及多色荧光组合的建立进行了总
结，对多色荧光标记检测技术与常规聚丙烯酰胺凝
胶电泳检测进行了比较分析。
1
结果与分析
1.1
主要荧光峰型表现形式
常规
PAGE
电泳银染检测中，扩增产物以谱带的
形式表现。而在荧光检测中，扩增产物以荧光峰的
形式表现，理想的特异峰峰型应为尖锐单峰，在本
研究的
36
对荧光标记引物中，
15
对标记扩增产物表
现为尖锐单峰
(
图
1A)
，占
41.7%
，其他标记的扩增产
物特异峰主要表现为以下两种类型的荧光峰：①连续
多峰，即在同一等位基因位置上出现相差
2 bp
的递减
重复序列的峰，这种峰型一般具有最高峰，数据统
计时只需取最高峰峰值即可
(
图
1B)
。表现为连续多
峰的标记有
11
个，占
30.6%
，这种情况在常规
PAGE
电泳检测时表现为宽带或弥散带。分析这
11
个标记
对应的重复序列均以两碱基为重复基序，这可能是
由于以两碱基为重复基序的标记在
PCR
扩增时容易
造成滑移所致。②
N+1
峰，即在同一位置出现了两
个相差
1 bp
的两个峰，且这两个峰的峰高差异不大，
且不同的扩增批次较高峰可能不固定
(
图
1C)
。表现
为
N+1
峰的标记有
10
个，占
27.8%
。这可能是由于普
通
Taq
DNA
聚合酶在扩增产物
3′
端自动添加一个碱
基所造成的。在进行数据取值时一般统计较大峰值
即可。而关于非特异峰的甄别，主要是从峰型、峰
高和峰面积三个方面对比同一批次中主要特异峰
的表现形式，如果相差较大则可判定为非特异峰。
1.2
杂交种的杂合峰表现形式
棉花作为异源四倍体作物，其杂交种的基因型
组合较二倍体作物的表现形式要相对复杂。对于具
有双亲共显性标记的品种而言，杂交种的杂合峰主
要表现为以下三种类型：①当亲本均表现为单峰
时，其对应杂交种的杂合峰表现为双峰
(
图
2A)
；②
当亲本均表现为双峰时，其对应杂交种的杂合峰表
现为三峰
(
图
2B)
；③当亲本均表现双峰时，其对应
杂交种的杂合峰表现为四峰
(
图
2C)
。在实际检测中
发现，以上三种杂合峰表现形式以前两种为主，第
图
1
三种主要特异峰峰型
注
: A:
尖锐单峰
; B:
连续多峰
; C: N+1
峰
Figure 1 Three main types of special peak
Note: A: Sharp peak; B: Consecutive multi-peak; C: N+1 peak
图
2
三种杂交种杂合峰峰型
注
: A:
双峰
; B:
三峰
; C:
四峰
Figure 1 Three heterozygous peak types of hybrid
Note: A: Double peak; B: Three peak; C: Four peak