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王鹏凯等
, 2011,
鹅掌楸属植物高质量基因组
DNA
提取方法研究
,
分子植物育种
Vol.9 No.28 (doi: 10.5376/mpb.cn.2011.09.0028)
1204
活性从而在某些实验中无法应用。为此,本实验采
用鹅掌楸萌动芽和叶片为材料,比较了
CTAB
法、
PEG
法、
QIAGEN
试剂盒和
BioTeke
试剂盒的提取效
果。并根据
PEG
法中漂洗液的效果将其与
CTAB
试剂盒方法配合使用,以期找到一种提取鹅掌楸属
植物基因组
DNA
的最佳方法。
1
结果与分析
1.1
不同方法提取的
DNA
纯度和得率比较
7
种不同方法提取的基因组
DNA
Nanodrop
确计算
DNA
的纯度和得率,结果见表
1
高纯度
DNA
OD
260
/OD
280
值应介于
1.8~1.9
间。结果表明,以上
7
种方法所提取的
DNA
纯度不
同,
OD
260
/OD
280
1.8~2.1
之间。通过比较可以看出
QIAGEN
试剂盒所得的
DNA
纯度最好,
BioTeke
试剂
盒次之,
CTAB
法和
PEG
法所得的样品中都有不同
程度的
RNA
污染。从
DNA
的得率上看,用
CTAB
PEG+QIAGEN
试剂盒法每克样品可以获得
200
µg
左右的基因组
DNA
,明显高于另外几个方法,而
且比木本植物
DNA
提取常用的
CTAB
-硅珠法要高
许多
(
胥猛等
, 2008)
RNA
污染会影响
DNA
吸光度,
所以表中的
OD
260
/OD
280
高于
1.9
的样品得率都应该
比实际值偏高。
OD
260
/OD
230
也是
DNA
纯度指标,一
般在
2.0
以上都符合要求。而表中数据显示
BioTeke
试剂盒所得的
DNA OD
260
/OD
230
2
左右偏移,数值
稳定性较低。
1.2
不同方法提取的
DNA
完整性分析
由于
DNA
提取过程有蜗旋混匀和高温裂解等
操作,对
DNA
完整性有一定的损伤。因此在研究过
程中使用
1%
琼脂糖凝胶电泳检测
DNA
的完整性,
同时检测
OD
260
/OD
280
偏高的样品中
RNA
污染程度。
1
不同提取方法提取鹅掌楸基因组
DNA
纯度与得率比较
Table 1 Comparison of purity and quantity among different methods
提取方法
Extraction method
材料
Material
OD
260
/OD
280
OD
260
/OD
230
得率
(µg/g)
Yield (µg/g)
CTAB
CTAB method
Bud
2.12
2.32
217.6
Leaf
2.1
2.43
209.9
PEG
PEG method
Bud
2.06
2.16
122.4
Leaf
2.05
2.21
116.5
QIAGEN
试剂盒
QIAGEN kit
Bud
1.87
2.48
226.5
Leaf
1.85
2.33
235.8
BioTeke
试剂盒
BioTeke kit
Bud
1.98
2.08
167.6
Leaf
1.96
2.02
146.3
PEG+CTAB
PEG+CTAB method
Bud
1.98
2.4
177.5
Leaf
1.95
2.33
188.7
PEG+QIAGEN
试剂盒
PEG+QIAGEN kit
Bud
1.84
2.29
187.4
Leaf
1.84
2.32
190.2
PEG+BioTeke
试剂盒
PEG+BioTeke kit
Bud
1.88
2.04
110.6
Leaf
1.86
1.99
101.1