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王鹏凯等
, 2011,
鹅掌楸属植物高质量基因组
DNA
提取方法研究
,
分子植物育种
Vol.9 No.28 (doi: 10.5376/mpb.cn.2011.09.0028)
1204
活性从而在某些实验中无法应用。为此，本实验采
用鹅掌楸萌动芽和叶片为材料，比较了
CTAB
法、
PEG
法、
QIAGEN
试剂盒和
BioTeke
试剂盒的提取效
果。并根据
PEG
法中漂洗液的效果将其与
CTAB
和
试剂盒方法配合使用，以期找到一种提取鹅掌楸属
植物基因组
DNA
的最佳方法。
1
结果与分析
1.1
不同方法提取的
DNA
纯度和得率比较
7
种不同方法提取的基因组
DNA
用
Nanodrop
准
确计算
DNA
的纯度和得率，结果见表
1
。
高纯度
DNA
的
OD
260
/OD
280
值应介于
1.8~1.9
之
间。结果表明，以上
7
种方法所提取的
DNA
纯度不
同，
OD
260
/OD
280
在
1.8~2.1
之间。通过比较可以看出
QIAGEN
试剂盒所得的
DNA
纯度最好，
BioTeke
试剂
盒次之，
CTAB
法和
PEG
法所得的样品中都有不同
程度的
RNA
污染。从
DNA
的得率上看，用
CTAB
法
和
PEG+QIAGEN
试剂盒法每克样品可以获得
200
µg
左右的基因组
DNA
，明显高于另外几个方法，而
且比木本植物
DNA
提取常用的
CTAB
-硅珠法要高
许多
(
胥猛等
, 2008)
。
RNA
污染会影响
DNA
吸光度，
所以表中的
OD
260
/OD
280
高于
1.9
的样品得率都应该
比实际值偏高。
OD
260
/OD
230
也是
DNA
纯度指标，一
般在
2.0
以上都符合要求。而表中数据显示
BioTeke
试剂盒所得的
DNA OD
260
/OD
230
在
2
左右偏移，数值
稳定性较低。
1.2
不同方法提取的
DNA
完整性分析
由于
DNA
提取过程有蜗旋混匀和高温裂解等
操作，对
DNA
完整性有一定的损伤。因此在研究过
程中使用
1%
琼脂糖凝胶电泳检测
DNA
的完整性，
同时检测
OD
260
/OD
280
偏高的样品中
RNA
污染程度。
表
1
不同提取方法提取鹅掌楸基因组
DNA
纯度与得率比较
Table 1 Comparison of purity and quantity among different methods
提取方法
Extraction method
材料
Material
OD
260
/OD
280
OD
260
/OD
230
得率
(µg/g)
Yield (µg/g)
CTAB
法
CTAB method
芽
Bud
2.12
2.32
217.6
叶
Leaf
2.1
2.43
209.9
PEG
法
PEG method
芽
Bud
2.06
2.16
122.4
叶
Leaf
2.05
2.21
116.5
QIAGEN
试剂盒
QIAGEN kit
芽
Bud
1.87
2.48
226.5
叶
Leaf
1.85
2.33
235.8
BioTeke
试剂盒
BioTeke kit
芽
Bud
1.98
2.08
167.6
叶
Leaf
1.96
2.02
146.3
PEG+CTAB
法
PEG+CTAB method
芽
Bud
1.98
2.4
177.5
叶
Leaf
1.95
2.33
188.7
PEG+QIAGEN
试剂盒
PEG+QIAGEN kit
芽
Bud
1.84
2.29
187.4
叶
Leaf
1.84
2.32
190.2
PEG+BioTeke
试剂盒
PEG+BioTeke kit
芽
Bud
1.88
2.04
110.6
叶
Leaf
1.86
1.99
101.1