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王俊峰等
, 2011,
山东省
12
份水稻种质的
DNA
指纹数据库构建
,
分子植物育种
(online) Vol.9 No.107 pp.1776-1783 (doi: 10.5376/mpb.cn.2011.09.0107)
1777
前已有少数农作物在
DNA
指纹数据库的构建方面
形成了一个统一的标准
(
王凤格等
, 2006, 2007;
王
俊芳等
, 2009,
中国棉花
, 36(3): 26-24)
，水稻是为数
不多的几种农作物之一。尽管中国水稻研究所国家
水稻数据中心
(http://www.ricedata.cn)
目前已公布了
一系列的水稻分子标记的信息和技术标准，但是由
于我国拥有比较丰富的水稻种质资源，目前我国仍
处于进行种质资源的调查和整理阶段。
当前我国的水稻种质资源的来源地多集中于
种质资源丰富的南方和东北等地区，所以目前关于
水稻的研究大多集中在此范围内。
2009
年，陈英华
等从
500
对
SSR
引物中筛选出
10
对核心引物，用
于构建东北地区近两年区域试验的水稻品种的
DNA
指纹图谱，并在
100
对多态性位点上检测到
300
个
等位基因
(
陈英华等
, 2009)
。同年马红勃等以福建省
三明市农科所选育，福建六三种业有限责任公司经
营的
24
份杂交稻品种和
18
份杂交稻亲本为材料，
依据中国水稻研究所推荐的
12
个
SSR
标记，建立
了
42
份材料的
12
个
SSR
标记的
DNA
指纹图谱
(
马
红勃等
, 2009,
三明农业科技
, 3(115): 1-4)
。也是在
2009
年，中国水稻研究所的程本义等，利用前期研
究建立的一套水稻品种
DNA
指纹检测技术体系，
对
2002
-
2006
年浙江省主要的
98
个水稻品种、以
及
2007
-
2008
年
155
个浙江省区试水稻品种
(181
个
,
含
26
个续试品种
)
进行了
DNA
指纹检测，构建了
279
个次水稻品种×
12
个微卫星标记的
DNA
指纹
图谱数据库
(
程本义等
, 2009)
。
2010
年，贵州大学马
琳等，从
145
对
SSR
引物中筛选出
21
对，对
24
份
贵州地方水稻品种
/
禾
0
品种进行遗传多样性分析，
初步建立了其
DNA
指纹图谱，并通过聚类分析将
所有材料分为
5
类，聚类结果表明品种间的亲缘关
系与地理来源关系不大
(
马琳等
, 2010)
。而对于黄淮
海地区，特别是山东等非水稻传统种植区域，由于
水稻种质资源不多，对其所属地域中的水稻的研究
相对于其他地区还比较少。本文根据中国水稻研究
所国家水稻数据中心公布的信息和技术标准，对当
前山东省特有的几种优异水稻种质资源进行了
SSR
分析，构建了其
DNA
指纹图谱数据库。由于山东
省特有的水稻种质资源是国家水稻种质资源的有
效补充，所以本研究对保护水稻种质资源的丰富性
具有重要意义。现将主要结果公布如下。
1
结果与分析
1.1 SSR
引物标记多态性分析
在本实验采用的
12
份品种中
(
表
1)
，所用
24
对引物共检测到
73
个等位基因，每个
SSR
位点检
测到的等位基因为
1~7
个，平均每对引物的等位基
因
3.04
个
(
表
2)
。其中引物
RM71
、
RM85
、
RM267
、
RM278
、
RM258
和
RM19
检测到的等位基因数最少
(
各
1
个
)
，引物
RM274
检测的等位基因数最多
(7
个
)
。实验表明，上述的
24
对引物在实验材料中有
较好的多态性，基本上能够满足水稻
DNA
指纹数
据库的构建要求。
在与国家水稻数据中心公布的等位基因的信息
进行比对时，我们发现在本实验中个别
SSR
位点检
测到的等位基因数目比国家水稻中心公布的要多。
如
RM274
在本实验中分别检测到
7
个等位基因，
比国家水稻中心公布的等位基因多出
5
个
(
图
1)
。
表
1
试验材料名称
,
来源及编号
Table 1 List of cultivars used
编号
品种
品种来源
编号
品种
品种来源
Serial number
Cultivars
Cultivar origin
Serial number
Cultivars
Cultivar origin
1
彩之恢
7
临稻
3
号
山法师
/
黄金选系
Caizhihui
Lindao 3
Shanfashi/Huangjinxuan
2
黑壳香稻
8
临稻
10
号
临
89
-
27
-
1/
日本晴
Black shell fragrant
Lindao 10
Lin89
-
27
-
1/Japqing
3
香血稻
9
临稻
11
号
镇稻
88 (
变异株
)
Xiang xue
Lindao 11
Zhendao 88
4
抗虫
1
10
红旗
16
号
野地黄金
Insect-Resistant 1
Hongqi 16
Yedihaungjin
5
盐粳
8
号
11
鲁粳
1
号
福稔
/
桂花黄
Yanjing 8
Lujing 1
Funian/Guihuahuang
6
临稻
2
号
桂花黄
12
宫
808
Lindao 2
Guihuahuang
Gong 808