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王俊峰等
, 2011,
山东省
12
份水稻种质的
DNA
指纹数据库构建
,
分子植物育种
(online) Vol.9 No.107 pp.1776-1783 (doi: 10.5376/mpb.cn.2011.09.0107)
1778
表
2 24
个
SSR
标记座位上的带型数据
Table 2 Alleles detected at 24 SSR loci
标记
染色体位置
等位基因
(
个
)
标记
染色体位置
等位基因
(
个
)
Marker
Chromosome
Allele
Marker
Chromosome
Allele
RM1195
1S
6
RM336
7L
5
RM297
1L
2
RM18
7L
2
RM71
2S
1
RM337
8S
4
RM208
2L
6
RM72
8L
6
RM232
3L
2
RM219
9S
3
RM85
3L
1
RM278
9L
1
RM5414
4S
3
RM311
10L
4
RM273
4L
3
RM258
10L
1
RM267
5S
1
RM209
11L
2
RM274
5L
7
RM224
11L
2
RM190
6S
5
RM19
12S
1
RM253
6S
3
RM17
12L
2
图
1 12
种山东省特有水稻品种中第五染色体长臂和短臂分子标记
RM274, RM267, RM17
和
RM19
的多态性分布
; 1~12
分别
代表
12
种不同的水稻品种
,
见表
1
注
: M:
为标准分子量
marker D2000;
箭头为不同的等位基因
; A: RM274
和
RM267
的多态性分布
; B: RM17
和
RM19
的多态
性分布
Figure 1 Polymorphism of markers RM274, RM267, RM17 and RM19 on the fifth chromosome for 12 kinds of unique r ice cultivars
in Shandong Province; 1~12: 12 kinds of unique rice cultivars, respectively, shown in table 1
Note: M: marker D2000; Arrows indicate bands of the alleles; A: Polymorphism of markers RM274 and RM267; B: Polymorphism
of markers RM17and RM19
1.2 12
种水稻种质资源的
DNA
指纹数据库的初步
构建
根据带型清晰、可重复的原则，由
24
个
SSR
标记中认定了
73
个等位基因，并依据
AlphaView
软件中条带与
Marker
的相对电泳位移计算出相应
的分子量，将等位基因按分子量从大到小按引物名
称加序号的方式进行编号，于是得到了
12
种水稻
材料的
DNA
指纹数据库
(
表
3)
，每种材料的指纹信
息分别包含
24
个
SSR
标记所检测到的不同等位基
因的所处染色体位置等基本信息
(
表
4)
。
1.3
品种相似性及聚类分析
根据
24
个
SSR
引物所检测出的
73
个等位基
因，对
12
份材料进行聚类分析。在图
2
中，遗传
相似系数的变异范围为
0.68~0.84
。在遗传相似系数
0.696
为阀值处，可以将
12
份材料均为粳稻，可分
为
3
个类群，第Ⅰ类群包含彩之恢、黑壳香稻、香
血稻、抗虫
1
和盐粳
8
号，它们都属于糯稻。第Ⅱ
类群包含临稻
10
号、临稻
11
号、红旗
16
号、鲁
粳
1
号和宫
808
，它们都属于粳型常规水稻。第Ⅲ
类群包含临稻
2
号和临稻
3
号它们属于粳型常规水