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分子植物育种
(
网络版
), 2011
年
,
第
9
卷
,
第
1776
-
1783
页
Fenzi Zhiwu Yuzhong (Online), 2011, Vol.9, 1776
-
1783
http://mpb.
5th
.sophiapublisher.com
1776
研究报告
A Letter
山东省
12
份水稻种质的
DNA
指纹数据库构建
王俊峰
1
,
李娜娜
1
,
张煜
1
,
马玉敏
1
,
姚方印
2
,
余华
1
,
丁汉凤
1
1
山东省农作物种质资源中心
,
济南
, 250100
2
山东省农业科学院高新技术中心
,
济南
, 250100
通讯作者
:
dinghf2005@163.com
作者
分子植物育种
, 2011
年
,
第
9
卷
,
第
107
篇
doi: 10.5376/mpb.cn.2011.09.0107
收稿日期：
2011
年
08
月
24
日
接受日期：
2011
年
10
月
08
日
发表日期：
2011
年
10
月
12
日
这是一篇采用
Creative Commons Attribution License
进行授权的开放取阅论文。只要对本原作有恰当的引用
,
版权所有人允许并同意第三方无条
件的使用与传播。
引用格式
(
中文
)
：
王俊峰等
, 2011,
山东省
12
份水稻种质的
DNA
指纹数据库构建
,
分子植物育种
(online) Vol.9 No.107 pp.1776-1783 (doi: 10.5376/mpb.cn.2011.
09.0107)
引用格式
(
英文
)
：
Wang et al., 2011, Construction of DNA Fingerprinting Database for 12
Oryza
Species
in Shandong, Fenzi Zhiwu Yuzhong (online) (Molecular Plant
Breeding) Vol.9 No.107 pp.1776-1783 (doi: 10.5376/mpb.cn.2011.09.0107)
摘
要
本文以
12
份山东省特有、优异的水稻种质资源为材料，根据国家水稻数据中心公布的水稻
DNA
指纹数据库构建
标准，通过
SSR
技术对其进行了
DNA
指纹数据库的构建。结果显示，所采用的
24
对引物在本实验材料中共检测到
73
个等
位基因，有较好的多态性。利用
NTSYS
进行
UPGMA
聚类分析后，发现这
12
种材料在遗传相似系数
0.696
为阀值处可以分
为
3
个类群。实验证明该方法能够分辨各个种质间的亲缘关系，能够较好满足水稻
DNA
指纹数据库的构建要求，对保护山
东省特有的水稻种质资源具有重要意义。
关键词
水稻
; SSR; DNA
指纹数据库
Constructionof DNAFingerprinting Database for 12
Oryza species
in Shandong
Wang Junfeng
1
, Li Nana
1
, Zhang Yu
1
, Ma Yumin
1
, Yao Fangyin
2
, Yu Hua
1
, Ding Hanfeng
1
1. Crop Germplasm Resources Centres of Shandong, Jinan, 250100, P.R., China
2. Bioscience Net of Shandong Academy of Agricultural Sciences, Jinan, 250100, P.R., China
Corresponding author, dinghf2005@163.com;
Authors
Abstract
SSR technique was used to construct DNA fingerprint database of 12
Oryza species
in Shandong Province according to
the criteria proposed by China Rice Data Center. The results showed that 73 alleles were detected with considerable polymorphism
by 24 pairs of primers. For UPGMA cluster analysis, 12
Oryza species
were classified into three cluster groups with the similarity
coefficient of 0.696 using the software NTSYS. SSR technique could effectively detect the genetic relationships among the
Oryza
species
, and meet the requirements for the construction of rice DNA fingerprint database. This is facilitating the conservation for rice
germplasm respurces of Shandong Province.
Keywords
Rice; SSR; DNAfingerprint database
研究背景
电泳指纹图谱技术，特别是
DNA
指纹图谱技
术，具有不受环境、遗传稳定，多态性高，且不影
响目标性状等优点，目前已被广泛用于农作物种质
资源的鉴定
(
陈杰等
, 2007,
农业考古
, 3: 69-71)
，并
在农作物种质资源的亲缘关系鉴定、品种审定和杂
优类群划分等方面发挥着巨大的作用
(
滕海涛等
,
2009, 1: 1-6)
。通过计算机对可见的条码式的
DNA
指纹图谱进行系统管理而构建的数据库就被称为
DNA
指纹数据库。国际植物品种权保护组织
(UPOV)
于
2005
年拟定的
BMT
测试指南草案中将简单序列
重复
(Simple Sequence Repeats, SSR)
和单核苷酸多
态性
(Single Nucleot ide Polymorphisms, SNP)
等分子