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饶龙兵
, 2011,
冷杉基因组
DNA
遗传标记芯片的构建与分析
,
分子植物育种
(online) Vol.9 No.101 pp.1726-1734 (doi: 10.5376/mpb. cn.2011.09.0101)
1729
图
2
Pst
Ⅰ未添加选择性碱基引物扩增图
注
: M: GeneRuler 100 bp DNA ladder marker;
采用
7
种不同的限制性内切酶组合酶切冷杉基因组
DNA
后
,
用未添加选择性碱
基的
Pst
Ⅰ引物扩增图
,
每种酶切处理
8
个冷杉样品
; A: 1~8:
Pst
Ⅰ
+
Taq
Ⅰ
; B: 1~8:
Pst
Ⅰ
+
Bst
N
Ⅰ
; 9~16:
Pst
Ⅰ
+
Alu
Ⅰ
; 17~24:
Pst
Ⅰ
+
Hae
3; C: 1~8:
Pst
Ⅰ
+
Hha
Ⅰ
; 9~16:
Pst
Ⅰ
+
Msp
Ⅰ
; 17~24:
Pst
Ⅰ
+
Taq
Ⅰ
+
Mse
Ⅰ
Figure 2 The picture after PCR using primer
Pst
Ⅰ
Note: M: GeneRuler 100 bp DNA ladder marker; Using 7 different restriction endonucleases
Hin
d
Ⅲ
fir combination of genomic
DNA was added, selectively base
Pst
Ⅰ
primers for amplification of graph, each enzyme processing 8 fir samples; A: 1~8:
Pst
Ⅰ
+
Taq
Ⅰ
; B: 1~8:
Pst
Ⅰ
+
Bst
N
Ⅰ
; 9~16:
Pst
Ⅰ
+
Alu
Ⅰ
; 17~24:
Pst
Ⅰ
+
Hae
3; C: 1~8:
Pst
Ⅰ
+
Hha
Ⅰ
; 9~16:
Pst
Ⅰ
+
Msp
Ⅰ
; 17~24:
Pst
Ⅰ
+
Taq
Ⅰ
+
Mse
Ⅰ
分析后得到重复性
100%
、召回率
85%
、
P
值大于
75%
、
Q
值大于
75%
的标记点共
821
个，有效标记
点约
17.8%
。
1.6 8
样品
821
个标记位点遗传多样性及遗传聚类
分析
将
8
个不同的样品，按上述方法经杂交检测后
取标记参数值均为
P
值、
Q
值均大于
75%
，重复性
为
100%
，召回率大于
85%
的标记点统计分析。分
析得到标记点的多态性位点百分比率
P
为
100%
，
8
样品多态性信息含量指数为
0.4
。采用
DARwin5
软
件对
8
样品聚类分析，如图
5
所示。用该种方法可
以有效分析样品间的遗传距离或亲缘关系，而且用
不同荧光标记的同一重复样品亲缘关系聚类支持
率为
100%
，说明该种方法切实可行，而且重复性，
可靠性均较理想。
2
讨论
遗传标记技术广泛应用于分子育种、图谱构建、
基因定位与克隆、物种分类与进化、多样性检测等。
目前常用的检测技术还都基于凝胶电泳技术，具有
产出率低、精度低、通量低的共性。基因芯片技术
具有检测系统微型化、样品需求的微量化、检测的
高效化及高通量化的优势和特点，从本实验结果看，