分子植物育种
(
网络版
), 2012
年
,
第
10
卷
,
第
1577
-
1582
页
Fenzi Zhiwu Yuzhong (Online), 2012, Vol.10, 1577
-
1582
http://mpb.5th.sophiapublisher.com
1581
结束后在
Bio Imaging System (GeneGenins
公司
)
上
观测并拍照和分析,再
3730XL
测序列分析仪
(
美
国
ABI
公司
)
自动检测
SSR
样本,分析
Hardy-Weinberg
和多态性。
3.4
扩增体系及程序
反应体系
10 μL
,其中模板
DNA 30.0 ng
,
Taq
DNA
聚合酶
1.0 U
,
Mg
2+
2.0 mmol/L
,
dNTPs 0.4 mmol/L
,
正反引物各
0.2 μmol/L
。在下列程序下扩增程:
94
℃
预变性
4 min
;
94
℃变性
30 s
,最适退火温度
(
依不同
引物而异
) 40 s
,
72
℃延伸
45s
,
30
个循环;
72
℃延长
10 min
,
4
℃保存
(
张瑞丽等
, 2012)
。
3.5
数据分析
对自动荧光检测获得的结果,采用
GeneMar-
ker1.85
软件包提取
DNA
片段信息,根据
ABI GS500
Standard
,计算出扩增片段大小,获得各位点的扩增
片段。将各位点的扩增进行汇总,利用
Convert 1.31
(Glaubitz et al., 2004)
将结果软件转化成
Popgene
格式,用
Popgene 32 (Yeh et al., 1999, http://www.
ualberta.ca/~ fyeh/popgene.pdf)
进行统计分析。
作者贡献
张瑞丽、白青松是本研究的实验设计和实验研究的执行
人;许玉兰参与实验设计,数据分析,论文写作与修改;田斌、
王大玮参与实验设计,试验结果分析及论文的修改;段安安
是项目的构思者及负责人,指导实验设计。全体作者都阅读
并同意最终的文本。
致谢
本研究在西南山地森林保育与利用省部共建教育部重
点实验室和上海生物工程有限公司完成,得到云南省自然科
学基金项目
(2010CD065)
、云南省教育厅重点项目
(2010Z
-
042)
、国家自然科学基金项目
(31260191)
、云南省教育厅研究
生项目
(2011J053)
和云南省省院省校教育合作咨询共建重点
学科
(211015)
的共同资助。
参考文献
Chen H.Q., Sui C., and Wei J.H., 2009, Summary of strategies
for developing SSR primer, Fenzi Zhiwu Yuzhong (Mole-
cular Plant Breeding), 7(4): 845-851 (
陈怀琼
,
隋春
,
魏建
和
, 2009,
植物
SSR
引物开发策略简述
,
分子植物育种
,
7(4): 845-851)
Cai J.J., and Ji K.S., 2009, Diversity of SSR markers and
strategy of genetic linkage map making with masson's
pine megagametophyte, Fenzi Zhiwu Yuzhong (Molecular
Plant Breeding), 7(5): 934-940 (
蔡娟娟
,
季孔庶
, 2009,
马尾松大配子体的
SSR
多样性及其遗传作图策略研究
,
分子植物育种
, 7(5): 934-940)
Devey M.E., Bell J.C., Uren T.L., and Moran G.F., 2002, A set
of microsatellite markers for fingerprinting and breeding
application in
Pinus radiata
, Genome, 45(5): 984-989
http://dx.doi.org/10.1139/g02-064 PMid:12416633
Eckert A.J., Eckert M.L., and Hall B.D., 2010, Effects of
historical demography and ecological context on spatial
patterns of genetic diversity within foxtail pine (
Pinus
balfouriana
; Pinaceae) stands located in the klamath
mountains, California, Am. J. Bot., 97(4): 650-659 http://
dx.doi.org/10.3732/ajb.0900099 PMid:21622427
Elsik C.G., Minihan V.T., Hall S.E., Scarpa A.M., and Williams
C.G., 2000, Low-copy microsatellite markers for
Pinus
taeda
L., Genome, 43(3): 550-555 PMid:10902720
Elsik C.G., and Williams C.G., 2001, Low-copy microsatellite
recovery from a conifer genome, Theor. Appl. Genet., 103(8):
1189-1195 http://dx.doi.org/10.1007/s001220100725
Glaubitz J.C., 2004, CONVERT: A user-friendly program to
reformat diploid genotypic data for commonly used
population genetic software packages, Mol. Ecol. Not., 4(2):
309-310 http://dx.doi.org/10.1111/j.1471-8286.2004.00597.x
Guo J.J., Zeng J., Zhou S.L., and Zhao Z.G., 2008, Isolation
and characterization of 19 microsatellite markers in a
tropical and warm subtropical birch,
Betula alnoides
Buch.-Ham. ex D. Don, Mol. Ecol. Resour., 8(4): 895-897
http://dx.doi.org/10.1111/j.1755-0998.2008.02101.x PMid:
21585922
Guo Y.S., Wang Z.D., Liu C.W., Chen Z.M., and Liu Y., 2010,
Isolation and genetic diversity analysis of microsatellites
from nine species of familiar snappers, Redai Haiyang
Xuebao (Journal of Tropical Oceanography), 29(3): 82-86
(
郭昱嵩
,
王中铎
,
刘楚吾
,
陈志明
,
刘筠
, 2010, 9
种常
见笛鲷微卫星位点筛选与遗传多样性分析
,
热带海洋
学报
, 29(3): 82-86)
Kalia R.K., Rai M.K., Kalia S., Singh R., and Dhawan A.K.,
2011, Microsatellite markers: an overview of the recent
progress in plants, Euphytica, 177(3): 309-334 http://dx.
doi.org/10.1007/s10681-010-0286-9
Koskinen M.T., Hirvonen H., Landry P., and Primmer C.R.,
2004, The benefits of increasing the number of microsate-
llites utilized in genetic population studies: An empirical
perspective, Hereditas, 141(1): 61-67 http://dx.doi.org/10.
1111/j.1601-5223.2004.01804.x PMid:15383073
Krapal A.M., Popa O.P., Iorgu E.I., Costache M., and Popa
L.O., 2012, Isolation and characterization of new micro-
satellite markers for the invasive softshell clam,
mya
arenaria
(L.) (bivalvia: myidae), Int. J. Mol. Sci., 13(2):
2515-2520 http://dx.doi.org/10.3390/ijms13022515 PMid: