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宋慧等
:
‘甬榨
1
号’、‘甬榨
2
号’和‘甬榨
3
号’
SSR
指纹图谱的构建
1096
表
1
供试榨菜品种编号、名称和
SSR
指纹图谱
Table 1 Code, name, and SSR fingerprinting of mustard tuber varieties
编号
Code
位点
(
等位
/
差异
)
Loci
(Allelic/Polymorphic)
引物名称及差异片段
Primer name and
polymorphic size
鲜榨
1
号
Xianzha
No.1
余姚缩头种
Yuyao
suotouzhong
甬榨
1
号
Yongzha
No.1
甬榨
2
号
Yongzha
No.2
甬榨
3
号
Yongzha
No.3
1
9/1
S8005/8006
-
180 bp
1
0
1
0
0
2
5/1
S8021/8022
-
80 bp
0
1
0
1
1
3
10/1
S8051/8052
-
110 bp
0
1
1
1
1
4
11/1
S8071/8072
-
300 bp
1
0
1
1
0
5
10/1
S8125/8126
-
120 bp
0
0
0
0
1
6
8/1
S8159/8160
-
180 bp
0
0
1
0
0
2
讨论
SSR
分子标记多态性丰富，扩增稳定，是国
际植物新品种保护联盟
(UPOV)
规定使用的分子
标记类型之一
(
滕海涛等
, 2009)
。但是
SSR
标记具
有种属特异性，开发成本高，目前有关榨菜
SSR
的开发利用报道较少。本研究参照文献报道，合
成
90
对榨菜
SSR
引物，揭示供试材料的多态性
比例为
6.67%
。这个多态性结果，远远低于付杰
(2005)
和陈发波
(2010)
利用相同
SSR
标记，分析
29
份中国芥菜和
220
份茎瘤芥种质遗传多样性
时，获得的
82.1%
和
85.0%
的多态性研究结果。
这主要是由于，本研究所选试材为仅凭外观不易
区分的市售同类型榨菜品种，材料之间的相似程
度高，多态性降低。付杰
(2005)
和陈发波
(2010)
研究中的供试材料多源于芥菜起源中心或近源植
物，材料之间差异明显，多态性比例高。同样的，
这也与水稻
(
从夕汉等
, 2010)
和甜瓜
(
王美荣等
,
2010)
等作物构建指纹图谱时，得到的低多态性比
例
(2.92%
和
3.28%)
的结论是一致的。
甬榨系列是我院自主选育的榨菜新品种，本研
究最终利用
6
对榨菜
SSR
引物组合，构建了供试榨
菜品种特有的分子指纹图谱，能够逐一区分甬榨
1
号、甬榨
2
号和甬榨
3
号及其市售同类型对照品种
‘
鲜榨
1
号
’
和
‘
余姚缩头种
’
，图谱出现概率小，为榨
菜新品种真实性检验提供了新方法。同时，随着榨
菜品种日益丰富，品种间表型差异越来越小，不断
筛选新的分子标记，以补充和扩展现有指纹图谱，
是增强该技术鉴定和保护力度的重要措施。
3
材料与方法
3.1
榨菜材料
供试材料包括
‘
甬榨
1
号
’
、
‘
甬榨
2
号
’
和
‘
甬榨
3
号
’
，以市售同类型品种
‘
鲜榨
1
号
’
和
‘
余姚缩头种
’
作为对照。上述各材料外观相似，不易区分。
3.2
试验方法
植株长至三叶一心时，
10
个单株混合采集嫩叶
1 g
，-
80
℃保存。利用
CTAB
法
(Murray and
Thompson, 1980)
，提取新鲜叶片总基因组
DNA
。
参照文献报道，合成
90
对榨菜
SSR
引物
(
陈发波
,
2010;
付杰
, 2005)
。
PCR
反应体系为
15 μL
，包括
1.25 mmol/L Dntp (3.24 µL)
，
10×buffer (1.5 μL)
，
25 mmol/LMgCl
2
(2.43 μL)
，
5 mmol/L
引物
(1.35 μL)
，
10 ng/μL DNA (5 μL)
，
1 U
Taq
(0.05 μL)
。
PCR
扩增
程序为：预变性
94
℃
(4 min)
；变性
93
℃
(15 s)
，退
火
37
℃
(1 min 30 s)
，延伸
72
℃
(2 min) (40
个循
环
)
；延伸
72
℃
(6 min)
。扩增产物在
2.5%
的
MS-6
高分辨率琼脂糖凝胶上电泳检测。
3.3
数据分析
观察统计差异引物产生的等位位点数目和差
异位点数目，通过公式
2/n(n+1) (n
表示等位基因的
数目
)
，计算图谱出现概率。同时，对差异位点进行
数字化处理，即
“1”
表示该差异位点有扩增，
“0”
表
示该差异位点无扩增，构成供试材料指纹图谱。
作者贡献
宋慧、张香琴和孟秋峰是本研究的试验设计和实验研究
的执行人；宋慧完成数据分析和论文实验设计和论文写作与
修改；孟秋峰和王毓洪参与试验研究和结果分析。全体作者
都阅读并同意最终的文本。
致谢
本 研 究 由 国 家 农 业 成 果 转 化 资 金 项 目
(2011GB2C220003)
、国家自然基金
(31000907)
、宁波市国际
合作项目
(2010D10011)
和宁波市农业重大攻关项目