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分子植物育种
(
网络版
), 2013
年
,
第
11
卷
,
第
1190
-
1196
页
Fenzi Zhiwu Yuzhong (Online), 2013, Vol.11, 1190
-
1196
http://mpb.5th.sophiapublisher.com
Copyright © 2013 5
th
Publisher 1190
研究报告
Research Report
金花茶植物物种鉴定的
dCAPS
标记开发及其应用
宋云
1,2
,
徐晗
1
,
许瑾
1,2
,
赵竹
1,2
,
李明福
1,2
1.
中国检验检疫科学研究院植物检疫研究所
,
北京
, 100029
2.
国家质检总局生物物种资源检测鉴定研究中心
,
北京
, 100029
通讯作者：
sydef1016@163.com
；
作者
分子植物育种
, 2013
年
,
第
11
卷
,
第
26
篇
doi: 10.5376/mpb.cn.2013.11.0026
这是一篇采用
Creative Commons Attribution License
进行授权的开放取阅论文。只要对本原作有恰当的引用
,
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引用格式
(
中文
)
：
宋云等
, 2013,
金花茶植物物种鉴定的
dCAPS
标记开发及其应用
,
分子植物育种
(online), 11(26): 1190-1196 (doi: 10.5376/mpb.cn.2013.11.0026)
引用格式
(
英文
)
：
Song et al., 2013, Study of dCAPS Marker Technique in
Camellia nitidssiam
Based on the SNP, Fenzi Zhiwu Yuzhong (online) (Molecular Plant Breeding),
11(26): 1190-1196 (doi: 10.5376/mpb.cn.2013.11.0026)
摘
要
金花茶是世界珍稀濒危的观赏植物，属国家一级保护物种。为了防止金花茶重要基因资源流失，便于口岸准确快
速鉴定，本文探索了基于
SNP
位点建立金花茶植物物种鉴定的
dCAPS
分子标记体系。本研究选取了山茶属金花茶组的
7
个
种及属内近缘的
10
个种的材料，对这些材料的
4
个
DNA
片段
(
psbA-trnH
,
rbcL
,
trnL-F
和
GBSSI
）进行了测序，通过生物信
息学方法对基因序列进行分析，筛选
SNP
位点，设计适当的错配引物进行
PCR
扩增，选择合适的限制性内切酶进行酶切，
最终将
SNPs
转化为
dCAPS
标记进行检测，建立了适用于口岸查验的金花茶物种的快速鉴定方法。
关键词
金花茶
;
物种鉴定
; SNP
位点
;
错配引物
; dCAPS
标记
Study of dCAPS Marker Technique in
Camellia nitidssiam
Based on the SNP
Song Yun
1,2
, Xu Han
1
, Xu Jin
1,2
, Zhao Zhu
1,2
, Li Mingfu
1,2
1. Institute of Plant Quarantine, Chinese Academy of Inspection and Quarantine, Beijing, 100029, PR. China
2. Biological Germplasm Resources Identification Center of AQSIQ, Beijing, 100029, PR. China
Corresponding author, sydef1016@163.com;
Authors
Abstract
Camellia nitidissima
Chi is a famous ornamental species that has rare and endangered status in the world. The dCAPS
molecular markers system is established on the basis of the SNP to prevent the loss of important genetic resources and facilitate the
fast
、
accurate identification of
Camellia nitidissima
. We sampled 7 species representing
Sect. chrysantha and 10 closely-related
species in Camellia.
The nucleotide sequences of
psbA-trnH
,
rbcL
,
trnL-F
and
GBSSI
gene were analyzed by bioinformatics software
to search for SNP loci for designing appropriate mismatch primer(s), allowing relevant endonuclease enzymes digestion and
eventually transformed SNP into dCAPS markers, suitable for the rapid identification of species at Entry-Exit ports.
Keywords
Camellia nitidissima
; Species identification; Single nucleotide polymorphism (SNP); Mismatched primer; Derived
cleaved amplified polymorphic sequence (dCAPS)
研究背景
金花茶
(
Camellia nitidissima
Chi)
属于山茶科
(Theaceae)
山 茶 属
(Camellia)
金 花 茶 组
(Sect.
Chrysantha)
的常绿灌木。据文献报道，目前全球共
有金花茶组植物
24
种
5
变种，其中
21
种
5
变种分布于
中国南部及西南部地区
(
梁盛业
, 1993,
林业出版社
,
pp.1-5),
因其花冠黄色而具有重要的园艺价值，被
誉为
“
茶花皇后
”
。近年来，由于栖息地的丧失，濒
危物种资源的过度采集和非法出口贸易，其自然种
群急剧下降。金花茶被列为国家一级重点保护植
物，
IUCN
红色名录中最濒危的植物种类之一。建
立准确的金花茶植物鉴定方法是其生物多样性保
护和研究的关键。
单核苷酸多态性
(single nucleotide polymorphism,
SNP)
是指由于单个核苷酸的变异所形成的遗传标
记，其数量多、多态性丰富、适于快速、自动化分
收稿日期：
2013
年
07
月
02
日
接受日期：
2013
年
07
月
03
日
发表日期：
2013
年
08
月
14
日
基金项目：本研究由国家质检总局科技计划项目
(2012IK295)
、
国家科技支撑计划项目
(2012BAK11B01)
、中国检验检疫科学
研究院基本科研业务费专项
(2012JK004)
、国家质检总局物种
资源检验检疫业务工作专项共同资助