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分子植物育种
(
网络版
)
Fenzi Zhiwu Yuzhong (Online)
1193
图
3 dCAPS
标记鉴定金花茶的
PCR
分析
注
: M: DL500 DNA marker; A:
酶切前
PCR
产物
, DNA
片段为
254 bp; B:
Bst
XI
酶切后
PCR
产物
; 1~17:
对应样品名称见表
2;
1~7, 9~17: DNA
片段为
254 bp; 8: DNA
片段为
229 bp
Figure 3 PCR analysis for identification of
C. nitidissima
using dCAPS marker system
Note: M: DL500 DNA marker; A: Electrophoresis profiles of uncut PCR products
;
Molecular size of DNA fragments are 254
bp; B:
PCR products after digestion with
Bst
XI; 1~17: Corresponds to the voucher number in Table 2; 1~7, 9~17: Molecular size of DNA
fragments are 254 bp; 8: Molecular size of DNA fragments are 229 bp
引物中错配碱基的数目、距离引物
3′
端的位置都会
影响标记的应用
(Neff et al., 2002; Neff et al.,
1998)
。本实验选择了错配碱基数目为
1
个，距离
3′
端第
6
位置的引物，
PCR
产物经酶切后得到与预期
相同的结果。表明错配碱基在距离引物
3′
端较远的
位置能够引入
PCR
扩增产物中，从而在包含目的
SNP
的目标
DNA
中创建了一个特异性酶切位点。鉴
于此方法建立了基于
SNPs
的
dCAPS
标记技术鉴定
金花茶物种的方法体系，从而达到可以快速、准确
检测物种特异
SNPs
的目的，
dCAPS
标记的成功开
发，对于口岸物种查验工作及品种资源鉴别、种质
资源保护具有重大意义。
3
材料与方法
3.1
试剂与材料
DNA
提取所用试剂购自
TIANGEN
公司，
PCR
扩增所用试剂及限制性内切酶均购自
Takara
公司。
实验所用植物材料
(
表
2)
，所有供试植物材料均为
硅胶干燥保存的叶片。
3.2
方法
3.2.1 DNA
提取和条码基因扩增及测序
金花茶物种基因组
DNA
提取按照
TIANGEN
植
物基因组
DNA
提取试剂盒进行，并将提取的
DNA
置于-
20
℃下保存备用。
表
2
实验所用植物材料
Table 2 Plant materials in this study
凭证标本号
Voucher number
物种名
Species
采集地
Origin
GenBank
序列号
GenBank accession NO.
CAIQH01
毛瓣金花茶
Camellia pubipetala
广西南宁
Nanning, Guangxi
KC844915
CAIQH02
显脉金花茶
Camellia euphlebia
广西南宁
Nanning, Guangxi
KC878512
CAIQH03
凹脉金花茶
Camellia impressinervis
广西南宁
Nanning, Guangxi
KC878513
CAIQH04
东兴金花茶
Camellia tunghinensi
广西南宁
Nanning, Guangxi
KC878514
CAIQH05
平果金花茶
Camellia pingguoensi
广西南宁
Nanning, Guangxi
KC878515
CAIQH06
龙州金花茶
Camellia longzhouensis
广西南宁
Nanning, Guangxi
KC878516
CAIQH07
小瓣金花茶
Camellia parvipetala
广西南宁
Nanning, Guangxi
KC878517