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许莹修
:
番茄基因组逆转座子的鉴定与演化分析
1183
对
2 086
个人工确认的完整转座子的
LTR
序列
进行聚类分析，依据其遗传聚类和相似程度，共得
到
330
个家族，其他元件根据其最初鉴定所依据的
完整
LTR
序列划分到相应的家族，其中
182
个
copia
类，
80
个
gypsy
类，其他
68
个未能鉴定
(not determined,
ND)(
表
2)
。有
29
个家族含有
100
个以上元件
(
表
3)
，
其中
3
个家族
SL_RT_F94
、
SL_RT_F324
和
SL_RT_F-
322
含有超过
1 000
个元件，均是
gypsy
类型。
表
2
番茄中
LTR
逆转座子的家族分类
Table 2 Families of LTR retrotransposons in tomato
聚类元件数量
Element num
家族数量
Family num
Copia
家族数量
Copia
type
Gypsy
家族数量
Gypsy
type
未鉴定家族数量
ND family
2086
330
182
80
68
表
3 100
个以上元件家族列表
Table 3 Families with more than 100 elements
超家族名称
Super family
家族名称
Family name
完整
LTR
元件数
Intact element
Trunc
元件数
Truncated element
Solo
元件数
Solo element
总数
Sum
Gypsy
SL_RT_F94
197
1376
576
2149
Gypsy
SL_RT_F324
65
1084
260
1409
Gypsy
SL_RT_F322
72
999
308
1379
Gypsy
SL_RT_F218
21
380
178
579
Copia
SL_RT_F159
29
168
333
530
Copia
SL_RT_F113
63
258
85
406
Gypsy
SL_RT_F314
25
256
78
359
Copia
SL_RT_F108
90
162
82
334
Copia
SL_RT_F160
50
132
141
323
Gypsy
SL_RT_F166
6
259
20
285
Gypsy
SL_RT_F307
35
179
51
265
Gypsy
SL_RT_F209
2
26
221
249
Copia
SL_RT_F132
68
114
48
230
Copia
SL_RT_F149
18
139
72
229
Copia
SL_RT_F164
21
134
55
210
Copia
SL_RT_F123
12
149
39
200
Copia
SL_RT_F120
21
147
30
198
Copia
SL_RT_F124
11
123
34
168
Copia
SL_RT_F299
35
111
21
167
Gypsy
SL_RT_F139
10
135
22
167
Copia
SL_RT_F169
27
99
40
166
Copia
SL_RT_F118
4
76
55
135
Gypsy
SL_RT_F318
16
88
30
134
Gypsy
SL_RT_F325
13
94
27
134
Copia
SL_RT_F119
20
61
44
125
Gypsy
SL_RT_F203
25
69
25
119
Gypsy
SL_RT_F326
6
92
20
118
Gypsy
SL_RT_F225
13
91
10
114
Copia
SL_RT_F163
14
68
21
103
总数
Sum
/
989
7069
2926
10984