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分子植物育种
(
网络版
), 2012
年
,
第
10
卷
,
第
1401
-
1407
页
Fenzi Zhiwu Yuzhong (Online), 2012, Vol.10, 1401
-
1407
http://mpb.5th.sophiapublisher.com
1403
表
1
对大豆
JINF
群体的
112
个株系中
, 3
个与豆荚开裂特性相关性状定位到的
SSR
标记
Table 2 Putative independent SSR markers associated with QTLs for the traits related to the PD in the 112 plants of JINF population
性状
Trait
QTL
座位
QTL location
染色体及位
/cM
The positionn of
Chromo-some/ cM
最近的
SSR
标记
The nearest SSR
marker
LOD
值
The value
of LOD
遗传距
(cM)
Genetic distance (cM)
加性效应
Additive
表型变异率
R
2
(%)
豆荚的开裂特性
Pod dehiscence
(PD)
qPD6
-
1
6/2.01
Sat_062
12.15
3.1
-
2.75
49.44
豆荚厚
/
宽比
The rate of thi-
ckness/ Width of
the pod (RT-W)
qRTW11
-
1
qRTW4
-
1
qRTW8
-
1
11/0.03
4/52.01
8/31.21
Satt426
Satt361
Satt187
3.00
2.77
2.14
5
0.5
0.5
-
0.014
0.013
0.012
9.03
8.20
7.02
大豆完熟天数
The days of full
maturity (TFM)
qTFM6
-
1
qTFM6
-
2
qTFM18
-
1
6/0.05
6/22.51
18/42.91
Sat_062
Satt291
Satt217
6.59
2.85
2.81
7
9
1.5
2.57
1.60
1.44
21.77
9.74
7.74
图
1
大豆豆荚开裂性状
QTL
在第
6
染色体上的位置
Figure 1 Location of the QTL for PDH on chromosome 6 in the
JINF RIL population
1.3
大豆豆荚的厚宽比的
QTL
定位
我们利用
WinQTLCart 2.5
软件的复合区间作
图法
(CIM
法
)
对大豆
JINF
群体的
112
个株系的豆荚
厚宽比进行定位分析，设定
LOD
值
>2.0
，共检测到
3
个
QTL
座位，分别命名为
qRTW11
-
1
、
qRTW4
-
1
和
qRTW8
-
1
(
图
2,
表
1)
。
qRTW11
-
1
位于连锁群
B1 (
第
11
染色体
)
上的标
记
Satt426
和
Satt509
之间，
LOD
值为
3.00
，可解释
的表型变异率为
9.03%
，遗传距离为
10.0 cM
；
qRT-
W4
-
1
位于连锁群
C1 (
第
4
染色体
)
上的标记
Satt361
和
Satt399
之间，
LOD
值为
2.77
，可解释的表型变异
率为
8.20%
，遗传距离
0.4 cM
；
qRTW8
-
1
位于连锁群
A2 (
第
8
染色体
)
上的标记
Satt187
和
Satt377
之间，
LOD
值为
2.14
，可解释的表型变异率为
7.02%
，遗
传距离
3.7 cM
。
1.4
大豆完熟天数的
QTL
定位和分析
采用
WinQTLCart 2.5
软件的复合区间作图法
(CIM
法
)
，对大豆
JINF
群体中的
112
个株系进行完熟
天数的
QTL
定位分析，设定
LOD
值
>2.0
，共检测到
3
个
QTL
座位，分别命名为
qDFM6
-
1
、
qDFM6
-
2
以
及
qDFM18
-
1
(
图
3,
表
1)
。
qDFM6
-
1
和
qDFM6
-
2
座位都位于连锁群
C2
(
第
6
染色体
)
上，分别位于标记
Sat_062
和
Satt520
之
间以及
Satt291
和
Satt305
之间，
LOD
值分别为
6.59
和
2.85
，可解释的表型变异率分别为
21.77%
、
9.74%
，
遗传距离分别为
7.2 cM
和
12.3 cM
；
qDFM18
-
1
座位
则位于连锁群
G (
第
18
染色体
)
上
Satt217
和
Satt130
标记之间，
LOD
值为
2.81
，可解释的表型变异率为
7.74%
，遗传距离为
0.6 cM
。
1.5
相关
QTL
座位的基因组信息分析
根据大豆基因组网站
(http://www.phytozome.
net/cgi-bin/gbrowse/soybean/)
上的基因组注释信息，
我们发现
qPDH6
-
1
座位附近有一个具有生长素反
应蛋白活性的基因
Glyma06g00860.1
，以及一个编码
水解酶活性的基因
Glyma06g01500.1
。在
qRTW4
-
1
座位附近发现了一个编码生长素转移蛋白基因活
性的
Glyma04g43150.1
，
以及一个编码多聚半乳糖醛
酸酶的基因
Glyma04g43340.1
。在
qDFM18
-
1
座位
附近发现了一个编码多聚半乳糖醛酸酶的基因
Gly-
ma18g16870.1
。