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分子植物育种
(
网络版
), 2012
年
,
第
10
卷
,
第
1287
-
1296
页
Fenzi Zhiwu Yuzhong (Online), 2012, Vol.10, 1287
-
1296
http://mpb.5th.sophiapublisher.com
1292
种纯度低于
90%
，这一方面是
SSR
较为灵敏，另
一方面
SSR
标记不是检测功能基因区域所致。
2.3
品种的遗传多样性
UPGMA
聚类分析果表明，在遗传相似性系
数为
0.560 4
处，
134
个供试品种划分为
1
个大类
群和
7
个小类群。根据
8 911
个品种对组成的遗传
相似度表中
(
本文未给出
)
，可以得出遗传相似性系
数
<0.500 0
的品种对只有
1 747
个，占品种对总数
的
19.60%
，其中遗传相似系数
<0.300 0
的品种对
只有
50
个；遗传相似性系数
>0.700 0
的品种对有
1 568
个，占品种对总数的
17.60%
，其中遗传相
似性系数
>0.900 0
的品种对只有
21
个，而其中有
4
个品种对之间的遗传相似性系数
>0.960 0
；遗传
相似性系数位于
0.500 0
和
0.600 0
之间的品种对
为
2 448
个，占供试品种对总数的
27.47%
，遗
传相似性系数
0.600 0
和小于
0.700 0
的品种对为
2 681
个，占供试品种对总数的
30.09%
，表明大
部分供试品种之间的遗传相似性系数分布在这个
区间内。综上所述，占供试品种对总数的
77.06%
的品种之间的遗传相似性系数大于
0.500 0
，表
明大部分供试品种之间的亲缘关系较近，遗传基
础较单一。
进一步分析图
1
，发现中优系列
(
包括
5
品种
)
、
冈系列
(
包括
5
个品种
)
和Ⅱ优系列
(
包括
4
个品种
)
分布亚群
IA
中，结合中国水稻品种及其系谱数据
库
(http://www.ricedata.cn)
和中国杂交水稻品种资
源数据库
(http://www.hybridrice.com.cn/)
的品种来
源信息分析，表明这三个系列内各个品种间的母
本来源相似，其中富优
4
号因和Ⅱ优系列具有相
同的母本
(
Ⅱ-
32A)
，也被聚在亚群
IA
中。另外，
内系列品种
(
包括
13
个品种
)
也因具有相同遗传基
础而分布在亚群
IB
中。说明相同的不育系或恢复
系因其很好的广义配合力等优良的性状，而被不
同育种者或单位所引用，结果使采用这些亲本育
成的新品种
(
跨区域
)
大幅度增加，造成了生产上同
一作物的遗传基础趋于单一化。品种遗传基础单
一性的结果不仅降低了品种抗病虫害和抵御不良
环境的能力，而且容易在大范围内引发新的病虫
害等灾害的发生从而影响水稻生产的稳定性。因
此构建
134
个水稻新品种的指纹图谱，分析其遗
传多样性对云南省的水稻品种的育种工作，品种
保护和水稻生产实践有重要的指导作用。
3
材料与方法
3.1
供试材料
供试品种为
2011
年云南水稻新品种，共
134
个，由云南省种子管理站和云南农大稻作所等单
位送样
(
表
5)
。其中
10
个品种为粳稻，分别是滇
优
37
、滇优
38
、滇杂
42
、滇杂
43
、滇杂
44
、滇
杂
47
、滇杂
49
、滇杂
701
、两优
5519
、保粳杂
2
号，剩余
124
个品种，全为籼稻。
3.2
方法
3.2.1 DNA
提取
每份材料分别取
2~3
片新鲜幼嫩的叶片，用
CTAB
法
(Murray and Thompson, 1980)
提取水稻基
因组
DNA
。
3.2.2 SSR
扩增
反应体系：
10 µL
反应液中包括：
1×easy taq
polymerase DNA buffer (+Mg
2+
)
，
0.2 mmol/L
dNTP
，
0.25 µmol/L SSR
引物
(
由上海生工生物公
司合成
)
，
1
单位
Taq
DNA
聚合酶，
0.5 µl DNA
模
板。反应液上加盖
15 µL
矿物油，防止反应过程
中水分蒸发。实验中所使用的
12
对
SSR
基本核
心引物信息，请参见
http://www.gramene.org
和
NY/T1433
-
2007
。
反应程序参照
NY/T1433
-
2007
。
PCR
扩增在
基因扩增仪
WD
-
9402A (
北京六一仪器厂
)
和
L96+(
杭州朗基科学仪器有限公司
)
进行。
3.2.3
电泳检测
扩增产物在
6.0%
聚丙烯酰胺凝胶上分离。电泳
结束后用
0.007 5%AgNO
3
溶液染色，
1.5% NaOH
和
0.4%
甲醛溶液显影，观察结果。
3.3
数据统计与分析
采用人工读带的方式，同时参照程本义等
(2007)
的读带方式，按照分子量的大小对各标记的
多态性片段编号，对于统计过程中新发现的多态性
片段，按上述规则插入或追加并编号，以
1
和
0
分
别代表某个基因座相应的等位基因位点扩增
DNA
条带的有无，
9
代表缺失带型，记录所有品种等位
基因的类型
(
带型
)
，并构建
(0, 1)
的数据矩阵，然后
转换为基因型矩阵。种子纯度的计算公式为：
%100 )
-1( (%)
种子纯度
1
m
n
V
n
i
i