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分子植物育种
(
网络版
), 2012
年
,
第
10
卷
,
第
1505
-
1510
页
Fenzi Zhiwu Yuzhong (Online), 2012, Vol.10, 1505
-
1510
http://mpb.5th.sophiapublisher.com
1505
研究报告
Research Report
美洲南瓜
WRKY4
基因克隆与序列分析
徐岭贤
,
赵福宽
,
孙清鹏
,
郝芮
北京农学院生物技术学院
,
北京
, 102206
通讯作者
:
zhaofukuan@sina.com
作者
分子植物育种
, 2012
年
,
第
10
卷
,
第
69
篇
doi: 10.5376/mpb.cn.2012.10.0069
收稿日期：
2012
年
07
月
01
日
接受日期：
2012
年
08
月
17
日
发表日期：
2012
年
12
月
19
日
本文首次发表在《分子植物育种》
(2012
年第
10
卷第
6
期
701-706
页
)
上。现依据版权所有人授权的许可协议，采用
Creative Commons Attribution
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,
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引用格式
(
中文
)
：
徐岭贤等
, 2012,
美洲南瓜
WRKY4
基因克隆与序列分析
,
分子植物育种
(online) Vol.10 No.69 pp.1505-1510 (doi: 10.5376/mpb. cn.2012.10.0069)
引用格式
(
英文
)
：
Xu et al., 2012, Cloning and Sequence Analysis of
WRKY4
Gene in Zucchini (
Cucurbita pepo
), Fenzi Zhiwu Yuzhong (online) (Molecular Plant Breeding)
Vol.10 No.69 pp.1505-1510 (doi: 10.5376/mpb.cn.2012.10.0069)
摘
要
美洲南瓜
(
Cucurbita pepo
)
幼叶为材料，采用
Trizol
方法进行总
RNA
的提取。根据
GenBank
上已提交的黄瓜
WRKY4
基因序列保守区域设计特异性引物，扩增得到
1
条长度为
497 bp
的
WRKY4
转录因子基因片段，利用已知中间序列，通过
RT-PCR
和
RACE (rapid amplification cDNA ends)
等技术，克隆得到美洲南瓜
WRKY4
的
cDNA
全长序列，长度为
1 722 bp
，
5'
非翻译区为
185 bp
，
3'
非翻译区为
118 bp
，开放阅读框为
1 419 bp
，编码
472
个氨基酸，分子量约为
51.40 kD
，等电点约为
8.36
，
GenBank
登录号为
JX096811
。用
Blast
和
DNAMAN
软件对其核苷酸序列进行分析，结果显示，美洲南瓜
WRKY4
与黄瓜
WRKY4
同源性达到
87%
。美洲南瓜
WRKY4
基因克隆及序列分析为以后研究此基因的功能奠定了基础。
关键词
美洲南瓜
;
WRKY4
;
田间验证
;
田间验证
;
田间验证
Cloning and Sequence Analysis of
WRKY4
Gene in Zucchini (
Cucurbita pepo
)
Xu Lingxian , Zhao Fukuan , Sun Qingpeng , Hao Rui
College of Biotechnology, Beijing University of Agriculture, Beijing, 102206, P.R. China
Corresponding author, zhaofukuan@sina.com
Authors
Abstract
Total RNA was extracted from leaves of zucchini (
Cucurbita pepo
) byusing Trizol method. A cDNA fragment with
497 bp in length was amplified by specific primers designed based on the conserved domains of published
WRKY4
sequences of
cucumber in GenBank. Then full length of zucchini
WRKY4
was obtained by RT-PCR and RACE that was deposited in GenBank
with Accession No JX096811. The zucchini
WRKY4
cDNA has 1 722 bp in length including 5' untranslated region of 185 bp, 3'
untranslated region of 118 bp with poly A, and an open reading frame of 1 419 bp encoding putative protein of 472 amino acids, the
molecular weight of putative protein is 51.40 kD and its pI is 8.36. The nucleotide sequences were analyzed by using BLAST and
DNAMAN software and the results showed that identity between zucchini
WRKY4
and cucumber
WRKY4
reached 87%. The cloning
of
WRKY4
gene from zucchini might provide the basis for further studying the role of
WRKY4
.
Keywords
Zucchini (
Cucurbita pepo
);
WRKY4
; Accession No.JX096811; Sequence analysis
WRKY
蛋白是植物特有的超级转录因子家族，
属于锌指型转录调控因子，其家族成员含有
1~2
个
与
DNA
结合的
WRKY
域，该
WRKY
域由
60
个氨
基酸组成。
WRKY
在拟南芥、水稻、杨树中分别有
74
、
109
和
104
个成员
(Pandey and Somssich, 2009)
。
WRKY
转录因子的
N
端有一段高度保守的
WRKY-
GQK
氨基酸序列，其
C
末端为一段锌指结构，组成
一般为
C
2
H
2
(CX
4~5
CX
22~23
HXH) (Eulgem et al., 2000;
Yamasaki et al., 2005)
。根据
WRKY
域的数量和锌
指结构的不同，可将
WRKY
转录因子分为
3
大类：
第一类通常含有
2
个
WRKY
域，其后的锌指结构
类型为
C
2
H
2
型；第二类和第三类通常只含有
1
个
WRKY
域，第二类的锌指结构为
C
2
H
2
型，第三类的
锌指结构与其他两类不同，为
C
2
HC
型
(CX
7
CX
23
H-
XC) (Eulgem et al., 2000)
。第三类成员在锌指结构
上也存在较大差异，就拟南芥和水稻
WRKY
转录因
子比较而言，还可以将第三类分为
2
个亚类，
A
亚类
为
CX
7
CX
23
HXC
，
B
亚类为
CX
7
CX
n
HXC (n≥24) (Wu
et al., 2005)
。最古老的
WRKY
转录调控因子拥有
2
个高度保守的
WRKY
结构域
,
可能起源于
15~20
亿