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分子植物育种
(
网络版
), 2012
年
,
第
10
卷
,
第
1422
-
1430
页
Fenzi Zhiwu Yuzhong (Online), 2012, Vol.10, 1422
-
1430
http://mpb.5th.sophiapublisher.com
1424
图
1
AGPsma
引物
PCR
扩增得到的
2
种片段
注
: M: BM2000 marker; 1:
元江野生稻
; 2:
南
34; 3:
榆密
15; 4:
93
-
11
Figure 1 Two PCR fragments amplified by the primer of
AGPsma
Note: M: BM2000 marker; 1: Wild rice from Yuanjiang; 2:
Nan34; 3: Yumi15; 4: 93
-
11
1.2
AGPsma
PCR
片段序列比对及序列聚类分析
对元江野生稻、
93
-
11
、南
34
和榆密
15
这
4
份
种质的
AGPsma
PCR
片段序列比对后发现：水稻的不
同种质间在该基因的序列上发生较大分化。
(1)
元江
野生稻与榆密
15
、
93
-
11
、南
34
的相似度分别为
100%
，
99.54%
和
85.19%
；南
34
与
93
-
11
的相似度为
85.65%
。
(2)
元江野生稻和榆密
15
与南
34
和
93
-
11
相比，在
109 bp
处，存在一个
T/C
碱基变化，元江野生稻和榆密
15
为
T
，南
34
和
93
-
11
为
C
。
(3)
在
121~151 bp
处，
有该序列
(
图
6)
。从聚类结果来看，元江野生稻和榆密
1
南
34
缺失一个
31
个碱基的序列，其它三个材料均
5
聚合在一组，南
34
和
93
-
11
聚合在另一组
(
图
7)
。
1.3
AGPsma
的序列分化
本研究用
AGPsma
PCR
引物在所有的供试材
料中共检测出
A
和
B
两种等位基因
(
图
8)
。据此所
有的供试材料可分为
3
类，其中
2
类为
A
或
B
纯合
体，个别材料为杂合体
(
表
1)
。第一类具有
216 bp
大
小的条带，记为
A
型，此类型有
196
个材料，包括
了大多数材料，有
20
个野生稻材料，
38
个籼稻，还
有
138
个粳稻。在这类中，籼稻样本数占籼稻总样
本数的
95%
，另有籼稻地方品种共
6
个，占籼稻地
方品种总数的
75%
；粳稻数占粳稻总数的
83.6%
，另
有地方品种共
3
个，占粳稻地方品种总数的
60%
；第
二类具有
185 bp
的条带，记为
B
型。此类型有
28
个
材料，包括
2
个籼稻地方品种和
26
个粳稻，其中有
2
个粳稻地方品种。第三类材料为杂合型，同时具有
216 bp
和
185 bp
的带型，记为
C
型，此类型有
1
个
材料杂交粳稻滇杂
35
。由此可见，
AGPsma
序列在野
生稻中可能尚未出现分化，但在籼稻、粳稻和地方老
品种及改良品种中都出现了遗传分化。
2
讨论
本研究所得到的
AGPsma
片段与已报道的
AGPsma
的
DNA
序列比较，发现本研究所克隆的
AGPsma
片段与它们有很高的相似度，说明在不同
类型水稻或品种间
AGPsma
的保守性是非常高的。
通过序列比对后发现，
AGPsma
的片段序列在野生
稻和栽培稻间，籼稻与粳稻间有差异，此差异暗示
着它们在决定蛋白质序列、结构和
AGPase
功能方
面可能是有差异的，但是这种序列变异是否与该基
因的功能有关还有待于进一步研究。改良品种的杂
图
2
元江野生稻
215 bp
片段与
9308(
籼稻
)
的序列比对
Figure 2 Sequence blast between 215 bp fragment of wild rice from Yuanjiang and 9308 (
Indica
)