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分子植物育种
(
网络版
), 2012
年
,
第
10
卷
,
第
1265
-
1277
页
Fenzi Zhiwu Yuzhong (Online), 2012, Vol.10, 1265
-
1277
http://mpb.5th.sophiapublisher.com
1277
3.2.4
数据统计分析
SSR
扩增产物以
0
、
1
和
9
统计建立数据库。
在相同迁移率位置上，有带标记为
1
，无带标记为
0
，缺失数据标记为
9
。采用
Popgene1.32
软件
(Yeh
and Yang, 1999)
分别计算：
(1)
总等位变异数
(number
of alleles, na)
；
(2)
有效等位变异数
(effective number
of alleles, ne)
；
(3)Shannon-Weaver
指数
(Shannon's
information index, I)
；
(4)
基因流
(gene flow, Nm)
；
(5)Nei
期望杂合度
(expected heterozygosity, He)
；
(6)
多
态性信息量
(polymorphism information content, PIC)
。
计算材料间的遗传相似系数
(Genetic similarity,
GS)
和遗传距离
(Genetic distance, GD)
采用软件
NTSYpce
-
2.11 (Exeter Software, Setauket, NY)
。
根据材料间的遗传相似系数矩阵以及中心化
(Double-center)
后的相似系数矩阵，按
UPGMA
(Unweighted pair Group Method Arithmetic Average)
方法进行聚类分析，构建树状图。中心化数据是指
将矩阵
X
的每一个元素减去相应变量
(
即列
)
的平均
值所得的矩阵。本研究中所采用
NTSYpce
-
2.11
软
件中
Dcenter
模块对
GS
矩阵进行中心化处理
(
赵泽
双等
, 2012)
。
用软件
Structure2.3.1
对常规种群体结构进行分
析
(Pritchard et al., 2000)
。设置“
Burnin Period
”和
“
after Burnin
”两
Structure
参数为
10 000
次，
K
值
1~10
，每个
K
重复
10
次。画出基于模型的群体遗传
结构图，并计算各常规材料的
Q
值
(
第
i
常规材料其
基因组变异源于第
k
群体的概率
) (
赵泽双等
, 2012)
。
作者贡献
李晓辉和王凤华负责实验设计和论文修改；杨德光参
与实验设计和数据分析；郝彩环和周海涛整理和收集实验材
料；张春宵和王晶是本研究的具体执行人，共同开展试验、
数据分析和论文写作。全体作者都阅读并同意最终的文本。
致谢
本研究由农业部“
DUS
测试品种、信息
DNA
测试技
术研究”项目
(200903008)
，“
DNA
指纹图谱鉴定技术方法研
究和数据采集”课题
(200903008
-
07)
，“高梁
DNA
指纹图谱
鉴定技术标准研制及数据库构建”子课题
(200903008
-
07
-
08)
共同资助。感谢吉林省农业科学院作物育种研究所、农业部
植物新品种测试
(
公主岭
)
分中心等单位为本研究提供实验
材料。感谢匿名的同行评审人的评审建议和修改建议。
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