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分子植物育种
(
网络版
), 2012
年
,
第
10
卷
,
第
1138
-
1144
页
Fenzi Zhiwu Yuzhong (Online), 2012, Vol.10, 1138
-
1144
http://mpb.5th.sophiapublisher.com
1138
研究报告
A Letter
元阳传统水稻品种月亮谷抽穗期控制候选基因的
SNP/InDel
多态性分析
毛如志
1
,
高东
1
,
魏富刚
2
,
杨香婷
1
1
云南农业大学农业生物多样性应用技术国家工程中心
,
教育部农作物多样性与病害控制重点实验室
,
植物病理重点实验室
,
昆明
, 650201
2
文山州植保站
,
文山
, 663000
通讯作者
:
gaodong521@yahoo.com.cn
作者
分子植物育种
, 2012
年
,
第
10
卷
,
第
19
篇
doi: 10.5376/mpb.cn.2012.10.0019
收稿日期：
2012
年
04
月
16
日
接受日期：
2013
年
04
月
18
日
发表日期：
2012
年
05
月
15
日
这是一篇采用
Creative Commons Attribution License
进行授权的开放取阅论文。只要对本原作有恰当的引用
,
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件的使用与传播。
引用格式
(
中文
)
：
毛如志等
, 2012,
元阳传统水稻品种月亮谷抽穗期控制候选基因的
SNP/InDel
多态性分析
,
分子植物育种
(online) Vol.10 No.19 pp.1138-1144 (doi:
10.5376/mpb. cn.2012.10.0019)
引用格式
(
英文
)
：
Mao et al., 2012, Analysis of SNP and InDel in Candidate Genes Controlling Heading Date in Yuelianggu from Yuanyang Terrace Wetland, Fenzi Zhiwu
Yuzhong (online) (Molecular Plant Breeding) Vol.10 No.19 pp.1138-1144 (doi: 10.5376/mpb.cn.2012.10.0019)
摘
要
抽穗期是水稻的一种重要农艺性状，但其遗传控制机理还不清楚。本文基于本课题组对元阳传统水稻品种月亮谷
的全基因组重测序，利用数据库搜索的方法，搜索并分析了
62
个水稻中与拟南芥花期控制基因同源的基因。通过与典型的
籼粳品种
9311
和日本晴的比对得到了发生在这些基因如
Hd6
、
Ehd1
和
0sSOC1
上的
1 356
个
SNP
及
242
个
InDel
位点，其
中月亮谷特有的
SNP
为
165
个，占总
SNP 12.66%
；
InDel
为
3
个，占
0.83%
。结果显示，
SNP/InDel
位点不是平均分布到每
个基因上，含量较高的基因存在
SNP/InDel
的热点片段。
23.45
％的
SNP
位点及
9.92
％的
InDel
位点分布在基因的编码区。
其中月亮谷中特有的
SNPs
分布在
CDS
中的为
50
个，占月亮谷所有特异
SNP
位点总数的
30.03
％。本文同时分析了侯选基
因侧翼
2Kbp
范围内的
SNP/InDel
多态性位点。按照侧翼多态性位点数目的分布可以将侯选基因分成
2
种类型，即保守型和
热点型。
关键词
水稻
;
侯选基因
;
抽穗期
;
单核苷酸多态性
;
哈尼梯田
Analysis of SNP and InDel in Candidate Genes Controlling Heading Date in
Yuelianggu from Yuanyang Terrace Wetland
Mao Ruzhi
1
, Gao Dong
1
, Wei Fugang
2
, Yang Xiangting
1
1. The National Center for Agricultural Biodiversity, Key Laboratory of Ministry of Education for Agricultural Biodiversity and Plant Disease Control, Key
Laboratory of Plant Pathology, Yunnan Agricultural University, Kunming 650201, P.R. China;
2. Plant Protection Station of Wensan Autonomous Prefecture, Wensan, 663000, P.R. China
Corresponding author, gaodong521@yahoo.com.cn;
Authors
Abstract
Heading stage is a very important agricultural trait of rice, but the genetic regulation mechanism of that remains unclear.
In this paper, based on the genome sequencing of Yuelianggu, the traditional rice varieties from Yuanyang terrace, 62 rice genes,
which are homologous to the flowering control genes in
Arabidopsis
, were analyzed by means of database searching. Compared with
rice varieties 9311 and Nipponbare, 1 356 SNPs and 242 InDels were found in these genes including
Hd6
,
Ehdl
,
OsSOC1
in rice
polymorphism database, and 12.66% (165) SNPs and 0.83% (3) InDels of them were specific to Yuelianggu. These polymorphic loci
distributed unevenly in each gene. Polymorphism rich genes contain SNP/InDel hot fragments. 23.45
％
SNPs and 9.92
％
InDels
are located in coding sequence. 30.03% (50) of the total specific SNPs for Yuelianggu distributed in the CDS. The polymorphic loci
in the 2Kbp flanking sequences of these genes were also analyzed. According to the number of the polymorphic loci distributed in
flanking sequences, there are two types of candidate genes
，
the conservative type and the hot type.
Keywords
Oryza sativa
L.; Candidate gene; Heading date; Single nucleotide polymorphisms (SNP); Hani terrace
研究背景
抽穗期是决定作物品种生育期及地区适应性
的重要性状，受自身遗传因子和外界环境因素两方
面决定，是开花基因时空顺序表达的结果
(Yano et
al., 2001)
。研究表明，拟南芥至少有
4
条调控开花
时间的信号途径，即光周期途径
(Photoperiod
pathways)
，春化途径
(Vernalization pathway)
，自主
途径
(Autonomous pathway)
和赤霉素途径
(Gibberellin