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分子植物育种
(
网络版
), 2012
年
,
第
10
卷
,
第
1092
-
1096
页
Fenzi Zhiwu Yuzhong (Online), 2012, Vol.10, 1092
-
1096
http://mpb.5th.sophiapublisher.com
1095
图
3
返回用户查询结果的表格
Figure 3 The form showing query result to users
3
数据查询
dbMarker
提供了两种查询方式：基本方式和快
速方式。
基本方式：即在查询页面内执行查询操作，该
方式提供了全面的查询方法。可在引物类型、引物
名称、前后引物序列、染色体、扩增产物长度、平
均退火温度、退火温度相差等字段设置查询条件，
可几个字段联合组成查询条件，各个查询条件之间
的逻辑关系为
“
与
(AND)”
。在需要设置条件的字段
内输入查询条件，留空即为不限制该字段，但查询
时必须选择一种引物类型。引物名称、前后引序列
的输入内容为文本信息，染色体和扩增产物长度只
接受正整数，平均退火温度和退火温度相差可接受
小数
(
大于
0)
。在设置扩增产物长度、平均退火温度
和退火温度相差字段时必须同时输入上限和下限。
快速方式：即利用主页的快速查询通道，直接
输入引物的名称或序列，然后按回车键开始查询。
针对用户已经知道引物的名称或者前后引物序列，
欲查看该引物其他信息的情况。查询时
dbMarker
自动在引物名称和前后引物序列字段内检索用户
提交的信息，其逻辑关系为
“
或
(OR)”
。
4
数据上传或更新
批量上传数据或更新数据时，需按如下格式整
理待上传或更新的数据信息：
“Name, Fwd, Res, Ftm,
Rtm, Fgc, Rgc, len, Chro, Type, Note”(
格式不包含引
号
)
，字段之间用半角状态的逗号分隔，输入完一条
记录后打回车键输入下一条记录。例如某标记的名
称为
mk1
，前引物序列
(5'
-
3')
为
AGACCTCATCAA
CAACCATCCA
，后引物序列
(5'
-
3')
为
GCTCCAGG
GCACGCTCTTCT
，前引物的退火温度为
52
℃，后
引物的退火温度为
57
℃，前引物
GC
含量
48%
，后
引物
GC
含量
65%
，扩增产物长度
418 bp
，位于
1
号染色体，标记的类型为
ILP
，备注无
(NA)
。批量
上传或更新时应将该引物的数据整理为
“mk1,
AGACCTCATCAACAACCATCCA, GCTCCAGGG
CACGCTCTTCT, 52, 57, 45, 65, 418, 1, ILP, NA”
。然
后输入到批量上传或更新页面相应文本框中，单击
提交按钮后开始上传或更新；逐条上传数据时，需
在逐条上传引物页面内按照提示信息，逐项输入相
应的内容，其中引物类型从下拉列表中选择，完整
填写表单后点击提交数据按钮完成该引物的数据
上传；仅需要修改某个引物的个别记录时，可以采
用逐项更新的方式。首先在逐项更新页面输入待更
新引物的名称，然后从下拉列表中选择要更新的字
段，并输入新的字段信息，最后点击提交按钮完成
数据更新。
5
讨论
云计算作为一种新兴的基于互联网的计算模
式，实现了本地计算机或远程计算机的网络化协同
工作，并且在生物信息学研究中得到了越来越广泛
的应用
(Dudley and Butte, 2010; Langmead et al.,
2009)
。
2008
年
4
月
Google
公司推出了一项名为
Google App Engine
的云计算服务，该云计算服务可
让开发者更加专注于产品的研发，提高开发效率，
降低技术风险。
dbMarke
正是基于该平台的云计算
应用，实现了大量分子标记信息的便捷存储和查
询。相比传统的保存方式
(
如利用
EXCEL
表格
)
，效
率更高，而且查询更加方便，能够满足当前高通量
研究手段对海量信息处理的要求。与当前大型生物
信息学网站的后台数据管理系统相比，
dbMarker
更
加专注实验室和个人级别的分子标记信息存储和
管理。首先，
dbMarker
软件起源于本研究实验室日
常分子标记的管理和应用，在人工管理已经无法适
应，而大型公共生物信息数据库又无法与日常研究