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分子植物育种
(
网络版
), 2012
年
,
第
10
卷
,
第
1087
-
1091
页
Fenzi Zhiwu Yuzhong (Online), 2012, Vol.10, 1087
-
1091
http://mpb.5th.sophiapublisher.com
1088
部遗传异质性与其适应性差异
(
高东等
, 2010)
等。
迄今为止，对元阳梯田水稻地方品种分子遗传图
谱构建，有益基因的定位及克隆的研究未见报
道。本试验利用
387
对
SSR
标记，旨在对元阳
梯田代表品种月亮谷和测序品种日本晴基因组
的多态性
SSR
标记进行筛选，构建分子遗传图
谱，为定位和克隆月亮谷中有益性状的基因及
QTL
奠定基础。
1
结果与分析
1.1 SSR
标记扩增结果
供试
387
对
SSR
引物及多态性筛选结果见表
1
，
其中
325
对为有效扩增引物，占
84.0%
；各染色体有
效扩增率变幅为
67.6~94.7%
，其中
2
号染色体最高，
5
号染色体最低。多态
SSR
引物有
164
对，占总有
效扩增引物的
50.5%
；多态性标记百分率变幅为
39.1~69%
，其中
3
号染色体最高，
11
号染色体最低。
表
1
供试
SSR
标记扩增结果
Table 1 Summary of researched loci
染色体
供试位点数
有效位点数
多态性位点数
有效扩增位点百分率
(%)
多态性位点百分率
(%)
Chromosome No. of loci
No. of effective
loci
No. of polymorphic
loci
Percentage of effective loci
(%)
Percentage of polymorphic loci
(%)
1
44
39
19
88.6
48.7
2
38
36
17
94.7
47.2
3
41
29
20
70.7
69.0
4
26
21
9
80.8
42.9
5
34
23
10
67.6
43.5
6
36
32
13
88.9
40.6
7
38
34
19
89.5
55.9
8
32
27
15
84.4
55.6
9
24
22
11
91.7
50.0
10
24
18
8
75.0
44.4
11
25
23
9
92.0
39.1
12
25
21
14
84.0
66.7
合计
387
325
164
84.0
50.5
Total
1.2 SSR
标记在日本晴基因组中的位置
参照微卫星标记在日本晴基因组中的位置，将
供试
SSR
标记在遗传图谱中的位置分类标注，其中
具多态性的标记用红色标记表示，非多态性的标记
用蓝色标记，未扩增出的用绿色标记。由图
1
看出，
本研究中所用的微卫星标记均匀覆盖了整个基因
组，并且多态性标记间隔均匀，可选作用来构建遗
传图谱
(
图
1)
。
2
讨论
同源克隆和图位克隆是目前水稻基因克隆采
用的主要方法。利用近缘生物的基因组
DNA
具有
的保守性的特征，借助已知序列信息，把未知基因
克隆出来的方法称为同源克隆，这种方法简单，但
是需要事前知道类似基因的序列。通过染色体减数
分裂时的交换特性，利用表型和染色体上标记的交
换数目确定标记与基因的连锁及远近，一步步地靠
近目的基因，直至找到目的基因的方法称为图位克
隆，这种方法不需要知道目的基因的任何信息。在
遗传材料之间筛选多态性的分子标记是构建分子
遗传图谱的首要任务。本研究利用
387
对
SSR
引物
开展了元阳梯田月亮谷与测序水稻日本晴多态性
SSR
标记筛选，发现多态性标记的比例较高，反映
了两者之间遗传多样性较丰富。获得的多态性标记
较均匀地分布于整个基因组，能较好地适用于构建
分子遗传图谱。
近年来，在元阳梯田稻作生态系统中发现了白
脚老粳、红脚老粳和月亮谷等栽种历史悠久的优良
稻谷地方品种
(
高东等
, 2010)
，这些稻谷地方品种在
低肥水、低农药的栽培管理条件下至少连续栽种了
上百年，相反，由于产量或病虫害的原因，现代品
种一般
3~5
年就需要更换品种
(
高东等
, 2011a)
。要
研究这些品种可持续栽种能力的形成机制，对其基
因组的
DNA
研究是必不可少的，本研究获得的多
态性标记为构建分子遗传图谱，月亮谷有益基因定
位、克隆和利用奠定了基础。