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分子植物育种
(
网络版
), 2012
年
,
第
10
卷
,
第
1080
-
1086
页
Fenzi Zhiwu Yuzhong (Online), 2012, Vol.10, 1080
-
1086
http://mpb.5th.sophiapublisher.com
1080
研究报告
Research Report
菊芋
SRAP-PCR
反应体系优化及引物筛选
韩睿
,
赵孟良
,
马胜超
,
李莉
青海省农林科学院菊芋研发中心
,
青海省蔬菜遗传与生理重点实验室
,
西宁
, 810016
通讯作者
:
yyslili@163.com;
作者
分子植物育种
, 2012
年
,
第
10
卷
,
第
10
篇
doi: 10.5376/mpb.cn.2012.10.0010
收稿日期：
2012
年
02
月
17
日
接受日期：
2012
年
03
月
06
日
发表日期：
2012
年
04
月
23
日
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引用格式
(
中文
)
：
韩睿等
, 2012,
菊芋
SRAP-PCR
反应体系优化及引物筛选
,
分子植物育种
(online) Vol.10 No.10 pp.1080-1086 (doi: 10.5376/mpb. cn.2012.10.0010)
引用格式
(
英文
)
：
Han et al., 2012, Optimization of SRAP-PCR Reaction System and Selection of Primers for Jerusalem Artichoke, Fenzi Zhiwu Yuzhong (online) (Molecular
Plant Breeding) Vol.10 No.10 pp.1080-1086 (doi: 10.5376/mpb.cn.2012.10.0010)
摘
要
本研究以菊芋为材料，通过单因子优化试验和
L
16
(4
5
)
正交试验设计对影响
SRAP-PCR
扩增结果的重要参数进行探
讨，建立了适合菊芋
SRAP-PCR
分析的反应体系，即
20 uL
反应体系中含
10×PCR
扩增缓冲液，
2.5 mmol/L Mg
2+
，
0.24 mmol/L
dNTPs
，
0.25 umol/L
正反引物，
0.8 U
Taq
DNA
聚合酶和
80 ng
模板
DNA
。利用该优化体系进行稳定性检测，并从
110
个
SRAP
引物组合中筛选出
100
个具有扩增条带清晰丰富且重复性好的引物组合和
22
个清晰且多态性高的引物组合，表明
该体系稳定可靠，并且能够有效地用于菊芋种质资源鉴定及遗传多样性分析等研究。
关键词
菊芋
; SRAP-PCR;
反应体系
;
优化
;
引物筛选
Optimization of SRAP-PCR Reaction System and Selection of Primers for
JerusalemArtichoke
Han Rui , Zhao Mengliang , Ma Shengchao , Li Li
Research and Development Center of Jerusalem artichoke; Qinghai Provincial Laboratory of Vegetable Genetics and Physiology, Qinghai Academy of
Agriculture and Forestry, Xining, 810016
Corresponding author: yyslili@163.com;
Authors
Abstract
In this research, the genome DNA of Jerusalem artichoke (
Helianthus tuberosus
L.) was used to be a template for
establishing a suitable SRAP-PCR reaction system through optimizing the significant parameters in SRAP reaction. The optimizing
methods were single factor test and orthogonal design. The result shows that the optimal PCR (20 μL) mixture contains 10×PCR
buffer, 2.5 mmol/L Mg
2+
, 0.24 mmol/L dNTPs, 0.25 umol/L forward and reverse primers, 0.8 U
Taq
DNA polymerase and 80ng
template DNA. After the system stability was tested, the 100 primer combinationswhich have clear, abundant and stable bands, and
the 22 primer combinations which have highly polymorphic bands, were screened out from the total 110 primer combinations
through the optimized system. . This shows the optimized system is stable and reliable, and it can be effectively used for the
germplasm identification and the analysis of genetic diversity in Jerusalem artichoke.
Keywords
Jerusalem artichoke (
Helianthus tuberosus
L.); SRAP-PCR; Reaction system; Optimization; Primer screening
研究背景
菊芋
(
Helianthus tuberosus
L.)
俗称洋姜、鬼子
姜，为菊科向日葵属多年生草本植物。菊芋具有很
强的生态适应性，耐寒、耐旱、耐贫瘠、耐盐碱，
地下块茎和地上茎叶除了可做优良的饲料外，块茎
富含菊糖，有特殊的保健和抗癌作用，茎秆富含纤
维可以做成高密度纤维板
(
薛延丰等
, 2006)
，具有
很高的推广应用和研究价值。目前国内外对菊芋的
相关研究大多集中在新品种选育与生态治理
(
孔涛
等
, 2009)
、食品加工
(
周正等
, 2008)
、栽培技术、生
理生化基础
(
钟启文等
, 2009;
黄高峰等
, 2011)
等方
面，在分子水平上对其种质资源进行遗传多样性的