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分子植物育种
(
网络版
), 2011
年
,
第
9
卷
,
第
1706
-
1712
页
Fenzi Zhiwu Yuzhong (Online), 2011, Vol.9, 1706
-
1712
http://mpb.
5th
.sophiapublisher.com
1706
研究报告
A Letter
杂种马褂木
EST-SSR
引物开发及多态性分析
孙小艳
1
,
李彦强
1
,
江聪
2
,
徐立安
2
,
余发新
1
1
江西省科学院
,
南昌
, 330029
2
南京林业大学林木遗传与生物技术重点实验室
,
南京
, 210037
通讯作者
:
fxyu2000@126.com
作者
分子植物育种
, 2011
年
,
第
9
卷
,
第
98
篇
doi: 10.5376/mpb.cn.2011.09.0098
收稿日期：
2011
年
06
月
20
日
接受日期：
2011
年
07
月
21
日
发表日期：
2011
年
08
月
22
日
这是一篇采用
Creative Commons Attribution License
进行授权的开放取阅论文。只要对本原作有恰当的引用
,
版权所有人允许并同意第三方无条
件的使用与传播。
引用格式
(
中文
)
：
孙小艳等
, 2011,
杂种马褂木
EST-SSR
引物开发及多态性分析
,
分子植物育种
(online) Vol.9 No.98 pp.1706-1712 (doi: 10.5376/mpb.cn.
2011.09.0098)
引用格式
(
英文
)
：
Sun et al., 2011, Development and Characterization of Microsatellite Markers from Expressed Sequence ags for
Liriodendron chinese
×
Liriodendron
tulpifera
, Fenzi Zhiwu Yuzhong (online) (Molecular Plant Breeding) Vol.9 No.98 pp. 1706-1712 (doi: 10.5376/mpb.cn.2011.09.0098)
摘
要
为了加速分子标记在杂种马褂木研究中的应用，利用本实验室构建的杂种马褂木不定根均一化
cDNA
文库获得
的
2 921
条非冗余
ESTs
序列进行
EST-SSR
标记的开发，在
166
条
ESTs
中发现了
181
个
EST-SSR
，占全部
ESTs
的
5.683%
，
杂种马褂木
EST-SSR
平均长度为
25.22 bp
。
EST-SSR
的分布频率和特征分析表明，二核苷酸和三核苷酸重复基序的
SSRs
数量最多，占总数的
91.16%
。在二核苷酸重复类型的
EST-SSRs
中，含
GA/TC
基序的数量最多，共
103
个，占二核苷酸
重复基序的
98.095%
；在
60
个三核苷酸重复类型的
EST-SSRs
中，
AAG/CTT
基序出现频率最高，共
27
个，占三核苷酸
重复基序数的
45%
。利用
SSR-ESTs
序列共设计
152
对
EST-SSR
引物，选用中国马褂木、北美鹅掌楸及选育的优良杂种
马褂木品种进行多态性研究。其中
115
对在鹅掌楸上有扩增产物，
61
对扩增出多态，多态性引物占所设计引物的
40.10%
。
本研究证实杂种马褂木基因组中含有大量
SSR
，利用
EST
序列开发的
SSR
标记将在杂种马褂木遗传多样性分析、遗传图
谱构建以及比较基因组等研究方面具有广阔的利用前景。
关键词
杂种马褂木
; EST-SSR;
标记
;
多态性
Development and Characterization of Microsatellite Markers from Expressed
Sequence ags for
Liriodendron chinese
×
Liriodendron tulpifera
Sun Xiaoyan
1
, Li Yanqiang
1
, Jiang Cong
2
, Xu Li’an
2
, Yu Faxin
1
1. Jiangxi Academy of science, Nanchang, 330029, P.R. China;
2. Key Laboratory of Forest Genetics & Biotechnology, Nanjing Forestry University, Nanjing, 210037, P.R. China
Corresponding author, fxyu2000@126.com;
Authors
Abstract
For improvement the application of molecular markers in
Liriodendron chinese
×
Liriodendron tulpifera
, ESTs of
adventitious root of
Liriodendron chinese
×
Liriodendron tulpifera
, used to be developmented of EST-SSR markers. 166 ESTs
Containing 181 EST-SSRs identified, had 5.683% of all ESTs, including perfect di-, tri-, tetra-, penta- and hexanucleotide motifs. The
average length of EST-SSR was 25.22 bp. The distribution characteristics of the EST-SSR markers was analysised. Among them, the
dinucleotide and trinucletide repeats were the most abundant SSRs detected, accounting for 91.16%. In dinucleotide repeats, GA/TC
motif as the most amount had 103 EST-SSRs, accounting for 91.16% of total dinucleotide repeats. In 60 EST-SSRs of trinucleotide
repeats, the frequency of AAG/CTT motif was highest, and had 27 EST-SSRs account for 45%. 152 EST-SSR markers were designed
from 154 selected SSR-ESTs for polymorphic analysis by
Liriodendron Chinese
,
Liriodendron tulpifera
, and six selected best
cultivars of
Liriodendron chinese
×
Liriodendron tulpifera
. Of these, 115 primer pairs amplified DNA fragments and 61 primer pairs
were polymorphic in Liriondendron tuliplifera, accounting for 40.10% of the total designed SSR-markers. The study effectively
proved that genome of
Liriodendron chinese
×
Liriodendron tulpifera
has many SSR, and their EST-SSRs is valuable for genetic
analysis, linkage mapping and comparation genome study.
Keywords
Liriodendron chinese
×
Liriodendron tulpifera
; EST-SSR marker; polymorphic