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张颖等
, 2011,
几种果树及拟南芥开花基因
LFY
密码子偏好性分析
,
分子植物育种
(online) Vol.9 No.94 pp.1673-1679 (doi: 10.5376/mpb.cn.2011.09.0094)
1676
续表
2
Continuing table 2
氨基酸
密码子
甜橙
桃
葡萄
芒果
枇杷
甜杏
苹果
砂梨
拟南芥
Amino
Codon
Citrus
sinensis
Prunus
persica
Vitis
vinifera
Mangifera
indica
Eriobotrya
japonica
Prunus
dulcis
Malus Pyrus
pyrifolia
Arabidopsis
thaliana
Lys
AAG
1.45
1.52
1.73
1.68
1.64
1.60
1.62
1.48
1.20
Ser
AGU
0.75
0.30
0.63
0.35
0.32
0.30
0.33
0.00
1.36
Ser
AGC
1.50
2.10
2.21
1.76
1.58
2.10
1.07
2.00
0.55
Val
GUU
0.89
0.67
0.76
1.19
0.86
0.64
0.91
0.91
1.71
Val
GUC
0.44
0.67
0.57
0.15
0.86
0.64
0.91
0.91
0.57
Val
GUA
0.15
0.17
0.76
0.15
0.29
0.32
0.00
0.18
0.38
Val
GUG
2.52
2.50
1.90
2.52
2.00
2.40
2.18
2.00
1.33
Ala
GCU
1.36
0.78
1.04
1.37
0.72
0.73
0.70
0.70
1.89
Ala
GCC
0.77
1.48
1.11
0.59
1.33
1.64
1.30
1.22
0.33
Ala
GCA
0.94
1.13
1.26
1.07
0.82
1.09
0.96
1.04
0.44
Ala
GCG
0.94
0.61
0.59
0.98
1.13
0.55
1.04
1.04
1.33
Asp
GAU
1.24
0.71
1.00
1.36
0.88
0.77
1.15
1.20
0.80
Asp
GAC
0.76
1.29
1.00
0.64
1.12
1.23
0.85
0.80
1.20
Glu
GAA
0.63
0.36
0.46
0.72
0.32
0.40
0.26
0.26
1.03
Glu
GAG
1.37
1.64
1.54
1.28
1.68
1.60
1.74
1.74
0.97
Gly
GGU
1.33
0.88
1.38
1.33
0.98
0.98
0.76
0.76
1.65
Gly
GGC
0.85
1.07
0.00
0.74
0.59
1.07
0.95
0.86
0.96
Gly
GGA
0.61
0.39
1.50
0.74
0.59
0.39
0.86
0.86
0.87
Gly
GGG
1.21
1.66
1.12
1.19
1.85
1.56
1.43
1.52
0.52
注
:
数值带下划线表示
RSCU
值大于
1
的密码子为相应果树
LFY
的偏好密码
Note: The data underline means the RSCU value is more than 1
表
3
欧氏距离系数检测开花相关基因
LFY
间相对密码子相对使用频率
Table 3 Codon usage bias between samples of
LFY
genes evaluating by Squared Euclidean distance
甜橙
桃
葡萄
芒果
枇杷
甜杏
苹果
砂梨
拟南芥
Citrus
sinensis
Prunus
persica
Vitis
vinifera
Mangifera
indica
Eriobotrya
japonica
Prunus
dulcis
Malus Pyrus
pyrifolia
Arabidopsis
thaliana
甜橙
0.000
Citrus sinensis
桃
3.213
0.000
Prunus persica
葡萄
3.918
4.024
0.000
Vitis vinifera
芒果
2.652
3.695
4.295
0.000
Mangifera indica
枇杷
3.187
2.573
3.327
3.560
0.000
Eriobotrya japonica
甜杏
3.035
1.240
3.747
3.622
2.237
0.000
Prunus dulcis
苹果
3.089
2.947
3.614
3.525
1.776
2.668
0.000
Malus
砂梨
3.410
2.924
3.663
3.681
1.780
2.619
1.313 0.000
Pyrus pyrifolia
拟南芥
4.500
4.992
4.625
4.257
4.409
4.981
4.452 4.784
0.000
Arabidopsis thaliana