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张颖等
, 2011,
几种果树及拟南芥开花基因
LFY
密码子偏好性分析
,
分子植物育种
(online) Vol.9 No.94 pp.1673-1679 (doi: 10.5376/mpb.cn.2011.09.0094)
1675
1.2
LFY
同义密码子的使用频率
利用
Codon W
软件对
LFY
基因密码子使用的
具体情况进行了分析
(
表
2)
，其中，甜橙
RSCU
值
大于
1
的密码子有
26
个，桃有
25
个，葡萄有
25
个，芒果有
27
个，枇杷有
29
个，甜杏有
26
个，
苹果
28
个，砂梨有
27
个，拟南芥有
25
个
(7
个以
U
结尾
, 12
个以
A
结尾
)
。
RSCU
值大于
1
的密码子为
基因的偏爱密码子，果树中
LFY
基因
RSCU
值大于
1
的密码子多以
C
、
G
结尾，拟南芥中
LFY
基因多
偏好以
AU
结尾的密码子
(
表
3)
。
表
2
开花相关基因
LFY
编码氨基酸的同义密码子中相对使用频率
(RSCU)
Table 2 The relative synonymous (RSCU) codon usage of
LFY
genes that coding amino acid
氨基酸
密码子
甜橙
桃
葡萄
芒果
枇杷
甜杏
苹果
砂梨
拟南芥
Amino
Codon
Citrus
sinensis
Prunus
persica
Vitis
vinifera
Mangifera
indica
Eriobotrya
japonica
Prunus
dulcis
Malus Pyrus
pyrifolia
Arabidopsis
thaliana
Phe
UUU
0.33
0.62
0.18
0.53
0.62
0.62
0.50
0.50
0.86
Phe
UUC
1.67
0.38
1.82
1.47
1.38
1.38
1.50
1.50
1.14
Leu
UUA
0.36
0.19
0.39
0.22
0.19
0.00
0.00
0.00
1.00
Leu
UUG
1.64
1.31
0.58
1.78
1.50
1.50
1.31
1.31
1.17
Leu
CUU
1.09
1.12
1.35
1.56
1.69
1.12
2.06
2.06
0.82
Leu
CUC
1.27
1.88
1.35
0.67
1.50
1.88
1.31
1.31
1.09
Leu
CUA
0.00
0.94
0.39
0.00
0.38
0.94
0.91
0.19
1.09
Leu
CUG
1.64
0.56
1.94
1.78
0.75
0.56
1.12
1.12
1.00
Ser
UCU
1.50
1.50
0.95
1.76
1.89
1.50
2.33
2.33
1.64
Ser
UCC
0.75
1.20
1.26
0.35
1.26
1.20
1.00
1.00
0.82
Ser
UCA
0.75
0.30
0.32
0.71
0.32
0.30
0.00
0.00
1.09
Ser
UCG
0.75
0.60
0.63
1.06
0.63
0.60
0.67
0.67
0.55
Tyr
UAU
0.71
0.43
0.15
1.33
0.86
0.62
0.77
0.86
0.33
Tyr
UAC
1.29
1.57
1.85
0.67
1.14
1.38
1.23
1.14
1.67
Cys
UGU
0.29
0.86
1.00
0.33
1.14
1.00
1.25
1.25
0.89
Cys
UGC
1.71
1.14
1.00
1.67
0.86
1.00
0.75
0.75
1.11
Pro
CCU
0.38
0.86
0.40
0.95
1.18
0.86
0.53
0.75
1.20
Pro
CCC
0.38
1.14
1.00
0.76
0.71
1.14
1.07
1.00
0.20
Pro
CCA
1.90
0.57
2.00
1.52
1.18
0.57
1.33
1.00
1.20
Pro
CCG
1.33
1.43
0.60
0.76
0.94
1.43
1.07
1.25
1.40
His
CAU
0.91
1.08
1.11
1.25
0.91
0.91
1.00
0.89
1.17
His
CAC
1.09
0.92
0.89
0.75
1.09
1.09
1.00
1.11
0.83
Gln
CAA
0.75
0.94
0.80
0.82
0.59
0.89
0.75
0.88
0.87
Gln
CAG
1.25
1.06
1.20
1.18
1.41
1.11
1.25
1.12
1.13
Arg
CGU
0.86
1.00
0.51
1.33
0.88
1.00
1.12
0.97
2.18
Arg
CGC
0.69
0.67
1.20
0.17
1.24
0.67
1.12
1.35
0.36
Arg
CGA
0.51
0.50
0.51
0.33
0.00
0.50
0.19
0.19
0.55
Arg
CGG
0.51
0.67
0.86
0.50
1.41
0.67
1.31
1.55
0.91
Arg
AGA
1.20
1.17
1.54
1.67
1.06
1.33
0.94
0.77
1.64
Arg
AGG
2.23
2.00
1.37
2.00
1.41
1.83
1.31
1.16
0.36
Ile
AUU
1.91
1.00
0.69
1.07
1.09
1.00
1.36
1.36
0.82
Ile
AUC
0.82
1.25
1.85
0.43
1.36
1.50
1.09
1.09
1.09
Ile
AUA
0.27
0.75
0.46
1.50
0.55
0.50
0.55
0.55
1.09
Thr
ACU
1.09
0.80
0.36
0.92
0.62
0.80
1.25
1.25
0.42
Thr
ACC
1.45
1.87
0.73
0.92
1.54
1.87
1.00
1.00
0.63
Thr
ACA
0.36
0.27
0.73
0.92
0.31
0.27
0.25
0.50
0.84
Thr
ACG
1.09
1.07
2.18
1.23
1.54
1.07
1.50
1.25
2.11
Asn
AAU
1.08
1.14
0.43
0.77
0.71
1.14
0.80
0.67
0.50
Asn
AAC
0.92
0.86
1.57
1.23
1.29
0.86
1.20
1.33
1.50
Lys
AAA
0.55
0.48
0.27
0.32
0.36
0.40
0.38
0.52
0.80