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刘娜等
, 2011,
苹果茎痘病毒梨
分离物外壳蛋白基因的克隆与分子变异分析
,
分子植物育种
(online) Vol.9 No.92 pp.1653-1661 (doi: 10.5376/mpb. cn.2011.09.0092)
1658
表
2 KL1, KL9, Y3 CP
基因与
ASPV
其它分离物氨基酸同源率比对
Table 2 Identities of CP amino acid sequences KL1, KL9 and Y3 with other isolates
序列号
Accession No.
KL1
同源率
Identity (aa)
KL9
同源率
Identity (aa)
Y3
同源率
Identity (aa)
序列号
Accession No.
KL1
同源率
Identity (aa)
KL9
同源率
Identity (aa)
Y3
同源率
Identity (aa)
NC_003462
70.3
71.0
71.3
AF438522
71.7
71.0
71.0
AB045371
71.9
71.4
71.4
EU314950
72.2
71.4
71.7
DQ003336
71.4
70.9
70.7
EU708018
72.2
72.7
72.9
AY572458
69.9
71.2
71.2
HM352726
71.2
72.0
72.0
AF345892
70.2
71.2
70.9
HM125156
70.4
70.2
70.4
AF345893
68.2
68.2
68.4
HM125157
72.9
72.2
72.2
AF345894
71.4
71.2
71.2
HM125158
70.2
70.4
70.4
AF345895
71.7
71.0
70.9
HM125159
71.7
70.9
70.9
AF491929
72.9
74.2
74.4
FJ619187
70.8
70.9
71.3
AF491930
73.7
72.9
72.9
FJ619188
72.7
72.7
73.2
AF491931
72.2
71.4
71.4
FR694922
70.4
70.2
70.2
AF495382
71.2
70.4
70.4
FN433599
70.9
70.7
70.7
AF438521
71.9
71.7
71.7
1.4.2
系统进化分析
我们对
3
个
ASPV
新疆分离物
CP
基因和
GenBank
上发布的
25
个
ASPV
分离物
CP
基因的氨
基酸序列构建了系统进化树
(
图
4)
，结果显示
25
个
ASPV
分离物分成明显的
3
个类群，Ⅰ类群是以苹
果为寄主，在该类群中有
4
个进化分支，
AB045371
(
日本
Japan)
、
HM125157 (
中国
China)
、
AF491931
(
波兰
Poland)
、
DQ003336 (
捷克
Czech Republic)
及
AF491930 (
波兰
Poland)
形成紧密的一簇，构成一个
分支；
FJ619188 (
波兰
Poland)
与
HM125156 (
中国
China)
构成第二个分支；
AF438521 (
波兰
Poland)
、
FJ619187 (
中国
China)
、
HM125158 (
中国
China)
、
FN430678 (
印度
Indian)
、
FR694922 (
印度
Indian)
形
成一簇，构成第三分支，
EU314950 (
中国
China)
、
AF438522 (
波兰
Poland)
和
AF495382 (
波兰
Poland)
构成了第四分支。Ⅱ类群是以梨为寄主，由四个分
支构成，第一分支由
HM352762 (
中国
China)
和
AF345892 (
波 兰
Poland)
构 成 ； 第 二 分 支 由
EU708018 (
中国
China)
和
AF491929 (
波兰
Poland)
构成；第三分支由
AF345893 (
波兰
Poland)
和
NC_003462 (
德国
Germany)
构成；
AY572458 (
巴西
Brasil)
、
AF345894 (
波兰
Poland)
和
AF345895 (
波兰
Poland)
形成一簇，构成第四分支。
ASPV-KL1
、
ASPV-KL9
及
ASPV-Y3
构成第Ⅲ类群，寄主为新疆
栽培的梨品种。
2
讨论
本研究扩增的
ASPV
分离物的
CP
基因分别来
图
4
基于
ASPV CP
基因氨基酸序列构建系统树
Figure 4 Phylogenetic tree of ASPV isolates constructed with
the complete coat protein-coding aa sequences
自库尔勒香梨和鸭梨。由于
ASPV
存在复杂的变异，
会对
ASPV CP
基因的扩增造成一定困难。本实验