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刘娜等
, 2011,
苹果茎痘病毒梨
分离物外壳蛋白基因的克隆与分子变异分析
,
分子植物育种
(online) Vol.9 No.92 pp.1653-1661 (doi: 10.5376/mpb. cn.2011.09.0092)
1655
293
个
C
，各碱基在
CP
基因中的百分含量分别为
26.5%
、
24.4%
、
24.6%
和
24.5%
；
ASPV CP-Y3
中含
有
320
个
A
，
291
个
T
，
288
个
G
和
295
个
C
，各
碱基在
CP
基因中的百分含量分别为
26.8%
、
24.4%
、
24.1%
和
24.7%
；三条序列的碱基变化显示，
A
和
G
的变异较大，从而引起编码的氨基酸序列发生变化。
1.4 ASPV
外壳蛋白基因的序列分析
到目前为止，已经报道的
ASPVCP
基因完整编
码序列
25
条
(
表
1)
。通过
DNAMAN
、
Clustalx
及
MEGAR 4.0
等软件分析，对本研究得到的
3
个
ASPV CP
基因的分离物
(KL1, KL9, Y3)
同已报道的
ASPV CP
基因分离物的全序列进行同源性、系统进
化及分子变异分析。
1.4.1
同源性分析
KL1
与
KL9
、
Y3
，
KL9
与
Y3
的核苷酸序列同
源率分别为
90.5%
、
90.2%
和
96.7%
；氨基酸序列的
同源率分别为
93.0%
、
92.7%
和
97.3%
；与
GenBank
上公布的
20
多个
ASPV
分离物的
CP
基因氨基酸
序列进行比对分析，不论按其地理分布还是根据寄
主范围，三个分离物与其比对的同源率均为
68.2%~74.4% (
表
2)
。
氨基酸序列多重比对结果表明，
aa1
-
177
出现
较大变异，为高变区，其中在
aa28
-
46
，
NC_003462
多了
18
个氨基酸，
HM352767
在
aa37
-
50
多了
14
个
氨基酸，
KL1
、
KL9
及
Y3
在
aa129
-
130
处发生缺
失
(
图
3)
。而后
130
个氨基酸则为高度保守区域。研
究结果表明，
ASPV CP
基因的变异在每个分离物中
普遍发生，没有呈现一定的规律性。对
CP
基因的
氨基酸序列位点扫描分析发现，
CP
基因识别位点主
要分布在高度保守区，位点分别为：
Cys
位于
aa292
，
ProProXXTrp
位于
aa309
-
313
，
AryXPheAspPhe
位
于
aa325
-
329
和
Pro
位于
aa349
，这些位点是外壳蛋
白基因的活性和识别位点。
表
1 ASPV CP
基因分离物登录号及地理来源
Table 1 Accession number and geographical origin of the isolate of ASPV CP gene
序列号
Accession No.
分离物
Isolate name
寄主
Host
国家
Country
序列号
Accession No.
分离物
Isolate name
寄主
Host
国家
Country
NC_003462
PA66
苹果
Apple
德国
Germany
AY572458
br1
梨
Pear
巴西
Brasil
AB045371
IF38
苹果
Apple
日本
Japan
EU314950
WS
苹果
Apple
中国
China
DQ003336
MHczAp
苹果
Apple
捷克
Czech Republic
EU708018
p1
梨
Pear
中国
China
AF438521
MT32
苹果
Apple
波兰
Poland
HM352726
VY1
梨
Pear
中国
China
AF438522
MT24
苹果
Apple
波兰
Poland
HM125156
PV11
苹果
Apple
中国
China
AF345892
ST54
梨
Pear
波兰
Poland
HM125157
PV2
苹果
Apple
中国
China
AF345893
GNKVII/34
梨
Pear
波兰
Poland
HM125158
PV7
苹果
Apple
中国
China
AF345894
ST132
梨
pear
波兰
Poland
HM125159
PV5
苹果
Apple
中国
China
AF345895
ST113
梨
Pear
波兰
Poland
FJ619187
38
苹果
Apple
中国
China
AF491929
GNKVIII/45
梨
Pear
波兰
Poland
FJ619188
24
苹果
Apple
中国
China
AF491930
J335
苹果
Apple
波兰
Poland
FR694922
Palampur
苹果
Apple
印度
India
AF491931
N1
苹果
Apple
波兰
Poland
FN433599
Rohru
苹果
Apple
印度
India
AF495382
ST181
苹果
Apple
波兰
Poland