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分子植物育种
(
网络版
), 2011
年
,
第
9
卷
,
第
1653
-
1661
页
Fenzi Zhiwu Yuzhong (Online), 2011, Vol.9, 1653
-
1661
http://mpb.
5th
.sophiapublisher.com
1653
研究报告
A Letter
苹果茎痘病毒梨分离物外壳蛋白基因的克隆与分子变异分析
刘娜
,
牛建新
石河子大学农学院园艺系
,
石河子
, 832003
通讯作者
:
njx105@163.com
作者
分子植物育种
, 2011
年
,
第
9
卷
,
第
92
篇
doi: 10.5376/mpb.cn.2011.09.0092
收稿日期：
2011
年
06
月
17
日
接受日期：
2011
年
07
月
05
日
发表日期：
2011
年
07
月
12
日
这是一篇采用
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引用格式
(
中文
)
：
刘娜等
, 2011,
苹果茎痘病毒梨分离物外壳蛋白基因的克隆与分子变异分析
,
分子植物育种
(online) Vol.9 No.92 pp.1653-1661 (doi: 10.5376/mpb.
cn.2011.09.0092)
引用格式
(
英文
)
：
Liu et al., 2011, Cloning and Sequencing and Molecular Variability of
Apple stem pitting virus
CP Gene from Pear, Fenzi Zhiwu Yuzhong (online)
(Molecular Plant Breeding) Vol.9 No.92 pp. 1653-1661 (doi: 10.5376/mpb.cn.2011.09.0092)
摘
要
本研究利用
RT-PCR
技术扩增了来自新疆地区的库尔勒香梨、鸭梨的苹果茎痘病毒外壳蛋白基因，克隆测序结果表
明，
ASVP CP
基因全长
1 194 bp
，编码
397
个氨基酸，分子量约
42 KDa
。与
GenBank
上公布的
25
个
ASVP CP
基因编码的
氨基酸序列的同源率为
70%
左右。多重氨基酸序列比对结果显示，
aa1
-
177
之间变异较大，为高变区，而后
130
个氨基酸高
度保守。对
CP
基因位点扫描发现，
CP
基因的活性和识别位点主要分布在高度保守区域，位点包括：
Cys
位于
aa292
，
ProProXXTrp
位于
aa309
-
313
，
AryXPheAspPhe
位于
aa325
-
329
及
Pro
位于
aa349
。系统进化分析结果表明，来自世界各地
的
ASPV
分离物可分为
3
大类群，分别为：第一类群是以苹果为寄主的类群，第二类群是以梨为寄主的类群，第三类群是
以新疆栽培的梨品种为寄主的类群。呈现一定的寄主相关性。
关键词
苹果茎痘病毒
;
库尔勒香梨
;
外壳蛋白基因
;
序列分析
Cloning and Sequencing and Molecular Variability of
Apple stem pitting virus
CP
Gene from Pear
Liu Na , Niu Jianxin
Department of Horticulture, Agricultural College of Shihezi University, Shihezi, 832003, P.R., China
Corresponding author, njx105@163.com;
Authors
Abstract
Xinjiang Korla pears and Ya pears were detected for Apple stem pitting virus (ASPV) by RT-PCR, cloned and sequenced.
Sequence analysis showed that the full-length sequence of CP gene consist of 1 194 nt and encode a polypeptide of 397 amino acid
(aa) with molecular mass (Mr) of 42 kDa. Identities of aa sequences between 3 isolates of Xinjiang and other isolates in GenBank
were about 70%. Alignment of the amino acid sequences showed that aa1
-
177 is the domain of high variability and at the end of aa
130 is the highly conserved domain. Motif scan showed that the motifs of CP gene were distributed in conserved domain, the motif
includes: Cys (aa292), ProProXXTrp (aa309
-
313), AryXPheAspPhe (aa325
-
329) and Pro (aa349). Phylogenetic analysis showed
that all isolates of ASPV can form three groups, host of group
Ⅰ
is apple, host of group
Ⅱ
is pear and the host of group
Ⅲ
is
pear which cultivated in Xinjiang. The groups were slightly related to host.
Keywords
Apple stem pitting virus; Korla pear; Coat protein gene; Sequencing analysis
研究背景
苹果茎痘病毒
(
Apple stem pitting virus
, ASPV)
是凹陷病毒属
(
Foveavirus
)
的典型代表，为线状弯曲
病毒
(Martelli and Jelkmann, 1998)
。
ASPV
是一种严
重危害果树生产的潜隐性病毒，主要侵染苹果和
梨，广泛分布于世界各地的苹果和梨种植区。由
ASPV
引起的梨树病害有梨石痘病
(Pear stony pit)
、
梨茎痘病
(Pear stem pitting)
、梨脉黄病
(Pear vein
yellow)
等多种病害，并常伴随苹果褪绿叶斑病毒
(
Apple chlorotic leaf spot virus
, ACLSV)
和苹果茎
沟病毒
(
Apple stem groove virus
, ASGV)
进行复合
式侵染，引起果实品质变劣，产量降低，造成严
重的经济损失。
目前在
GenBank
上登录
ASPV
分离物全基因组
序列仅有
4
条，分别为德国分离物
PA66
，登录号
为
NC_003462 (Jelkmann, 1994)
；日本分离物
IF38
，