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张永辉等
, 2011,
基于
ITS
和
cpDNA
序列的中国野生葡萄分子系统进化
,
分子植物育种
Vol.9 No.78 (doi: 10.5376/mpb.cn.2011.09.0078)
1577
3.3 DNA
分析方法
将得到的序列用
Contig Express Computer
Program (InforMax, Inc., Bethesda, MD)
软件进行拼
接，通过与
GeneBank
上已知葡萄的
cpDNA
全序列
(DQ424856.1)
比较后，确定扩增序列的正确性。用
Clustal X 1.83
软件对序列进行比对
(Thompson et al.,
1997)
，再用
Bioedit 7.0.9
进行序列手工校对
(Hall,
1999)
，使用
Mega 5.0
计算碱基组成，包括
GC
含
量、保守位点、变异位点和信息位点
(Tamura et al.,
2007)
。利用
PAUP * 4.0b10
软件，以圆叶葡萄亚属
Dixie
为外类群对比对后的序列采用最大简约数法
(Maximum Parasimony, MP)
进行系统发育分析
(Swofford, 2000)
，为搜索最简约
MP
树，采用启发
式搜索
(heuristic searches)
，树二等分再连接分支交
换
(TBR)
，各种核酸替代等同加权，对由于序列多
态性造成的空位
(Gaps)
处理作缺失
(Missing)
状态。
序列添加采用随机方式
(Random)
，拓扑结构的可靠
性用
1000
次重复的自展检验
(Bootstrap analysis)
来
评估
(Felsenstein, 1985)
。
作者贡献
张永辉、樊秀彩和张颖是本研究的实验设计和实验研
究的执行人；张永辉、孙海生及姜建福完成数据分析，论文
初稿的写作；刘崇怀是项目的构思者及负责人，指导实验设
计，数据分析，论文写作与修改。全体作者都阅读并同意最
终的文本。
致谢
本研究由现代农业产业技术体系建设专项资金
(CARS-30-yz-1)
资助。作者感谢中国农业科学院郑州果树研
究所鲁振华老师和彭斌老师在本实验过程中的技术支持和
有益的建议。感谢两位匿名的同行评审人的评审建议和修改
建议。
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