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梁翠等
, 2011,
大白菜单一基因微卫星标记的电子遗传图谱
,
分子植物育种
Vol.9 No.59 (doi: 10.5376/mpb.cn.2011.09.0059)
1443
图
2
果胶酸裂解酶在大白菜基因组中的复制
Figure 2 Duplication of pectate lyase in the Chinese cabbage
genome
2
讨论
本研究对大白菜
38 753
条单一基因进行
SSR
搜索，共获得
5 537
个
SSR
。含
SSR
的单一基因占
总单一基因的
12.6%
，高于其他双子叶植物
(2.6%~10.6%) (Kumpatla and Mukhopadhyay, 2005;
Sharma et al., 2009)
和单子叶植物
(1.5%~4.7%)
的比
率
(Kantety et al., 2002; Parida et al., 2006)
。
SSR
在大
白菜转录区域中每
4.8 kb
出现
1
次。该结果与大白
菜基因组序列中
SSR
的分布密度
(1/4.7 kb)
相似
(Hong
et al
.
, 2007)
。
Parida
等
(2010)
利用大白菜
4 353
个单一基因分析了
SSR
的分布，结果显示
SSR
的
分布密度为
1/3.8 kb
。该密度高于本研究的
1/4.8 kb
。
这可能与单一基因的分析数量和
SSR
的界定标准
不一致有关。
目前，利用基因组
SSR
构建了多张大白菜遗传
图谱
(Suwabe et al., 2006; Kim et al., 2006; Choi et al.,
2007; Kim et al., 2009;
于仁波等，
2008)
。
Parida
等
(2010)
将
193
和
90
个大白菜
UGMS
标记分别定位
在
A03
和
A09
染色体。但尚未见利用功能标记如
UGMS
标记构建覆盖大白菜基因组遗传图谱的研
究。本研究利用
2 252
个
UGMS
标记构建了覆盖大
白菜
10
条染色体的电子遗传图谱。在该图谱的部
分连锁群中观察到大于
15 cM
的间隙，如
A01
连
锁群中
U_01_207-U_01_228
间的间隙。这是由于
JWF3p
遗传图谱中的相应区域也存在较大的间隙
而引起的。但大白菜基因组中广泛存在的
SSR
包括
基因组
SSR
和以及尚未定位的
3 285
个
UGMS
标
记，为定向的填充间隙以及进一步构建饱和的高密