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梁翠等
, 2011,
大白菜单一基因微卫星标记的电子遗传图谱
,
分子植物育种
Vol.9 No.59 (doi: 10.5376/mpb.cn.2011.09.0059)
1442
如分布有
228
个
UGMS
的
A01
，在
111.3~146.3 cM
范围内无
UGMS
标记的分布。间隙在
20~30 cM
的
有
2
个区域，分别位于
A07
的
0~20.1 cM
和
A09
的
129.6~151.3 cM
之间。在
15~20 cM
范围内无
UGMS
标记的共有
5
处。其中
A01
有
1
个、
A03
的
1
个、
A06
的
1
个、
A07
的
1
个和
A10
的
1
个。
此外，我们也发现连锁群中
UGMS
标记的密集区。
如在
A03
的
32.8~42.7 cM
内存在
54
个
UGMS
标记，
平均每
1 cM
存在
5.5
个
UGMS
。
1.3 UGMS
标记在大白菜基因组中的重复
通过对大白菜
10
个连锁群中标记序列的同源
性分析，我们发现在
2 252
个
UGMS
标记中，
837
个表现为单一位点。在连锁群中有
2
、
3
、
4
及
4
个
以上匹配位点的标记分别为
756
、
249
、
136
和
274
个，并称之为多位点
UGMS
。多位点
UGMS
的重
复次数为
2~77
次，平均重复次数为
2.7
。重复
4
次
以上的
UGMS
标记均同时出现在同一和不同连锁
群
(
表
3)
。
根据
UGMS
标记在连锁群中的位置分布，将重
复出现的标记划分为
3
类。分别是
Ⅰ
类：在同一连
锁群中多次重复的
UGMS
；
Ⅱ
类：不同连锁群中多
次重复的
UGMS
；
Ⅲ
类：在同一连锁群和不同连锁
群中同时重复多次的
UGMS
。
Ⅰ
类
UGMS
标记在
各连锁群均有分布，共有
213
个。其中分布在
A09
的有
97
个，
A05
中只有
2
个。
Ⅱ
类的有
705
个
UGMS
标记，占多位点
UGMS
标记的
49.8%
。其中
2
次重
复的标记最多
(578)
。
Ⅲ
类
UGMS
标记共有
497
个，
占多位点标记的
35.1%
。其中
4
次及其以上重复的
UGMS
标记有
374
个。定位分析发现
U_01_001
在
电子遗传图谱中重复次数达到
77
次，分布于
10
个
连锁群。其中
A09
中的分布最多，达
12
个；
A04
中最少，只有
4
个
(
图
2)
。功能预测结果显示该基因
编码果胶酸裂解酶
(Pectate lyase)
，具有促进花粉萌
发和花粉管延伸、降解花柱道细胞壁展的活性
(Wu
et al., 1996)
。
表
3
多位点
UGMS
在大白菜基因组中的重复特征
Table 3 Duplication of multi-locus UGMS on the genome of Chinese cabbage
重复次数
No. of
duplication
重复类型
Class of
duplication
A01 A02 A03 A04 A05 A06 A07 A08 A09 A10
总计
(
百分比
)
Total (Percentage)
1
93
80
173
42
61
86
67
49
120
66
837 (37.2%)
Ⅰ
28
12
24
8
2
10
4
16
68
6
178 (7.9%)
2
Ⅱ
49
42
103 22
51
58
43
53
109 48
578 (25.7)
Ⅰ
0
6
0
0
0
0
0
0
21
0
27 (1.2%)
Ⅱ
13
11
18
7
6
4
5
11
16
8
99 (4.4%)
3
Ⅲ
9
16
33
4
10
3
5
8
35
0
123 (5.5%)
Ⅰ
0
0
0
0
0
0
0
0
8
0
8 (0.4%)
Ⅱ
4
3
6
1
1
3
1
1
7
1
28 (1.2%)
4
Ⅲ
9
9
13
5
2
11
4
4
40
3
100 (4.4%)
4
次以上
More than 4
Ⅲ
23
34
54
18
16
20
18
13
61
17
274 (12.2%)