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盖红梅等
, 2011, SSR
数据处理宏程序
DataTrans 1.0,
分子植物育种
Vol.9 No.48 (doi: 10.5376/mpb.cn.2011.09.0048)
1361
图
2
毛细管凝胶电泳扩增片段峰图
(
橘黄色峰为分子量内标
)
Figure 2 The sequence trace files from ABI 3730 (The orange peak indicate molecular weight of internal standard)
表
1 SSR
数据
0, 1
格式示例
Table 1 The SSR data of “0, 1” type
Marker1
Marker2
Marker3
1 2 3 4 1 2 3 4 1 2 3
Line1 1 0 0 0 1 0 1 0 1 0 1
Line2 1 0 1 0 9 9 9 9 0 1 1
Line3 0 1 0 0 0 1 0 0 1 0 0
Line4 0 0 0 1 0 0 0 1 0 0 0
表
2 SSR
数据
bp
格式示例
Table 2 The SSR data of size (bp) type
Marker1
Marker2
Marker3
Line1 190
190 200
210 236
236
Line2 190
194 9
9
238
238
Line3 192
192 208
208 236
236
Line4 196
196 212
212 240
240
1.2
常用群体遗传学分析软件的输入格式
Ntsys
通常处理
0,1
格式的数据；
Popgene
的输
入文件通常以基因型数据为基础，例如
AA
代表一
个纯合位点，
AB
代表一个杂合位点；
PowerMarker
，
Structure
和
Tassel
等软件的数据输入格式都基于
bp
值。以下为上述软件的输入格式示例。
1.2.1 Ntsys
的输入文件格式
1 4b 11 1 9
Line1 1 0 0 0 1 0 1 0 1 0 0
Line2 1 0 1 0 9 9 9 9 0 1 0
Line3 0 1 0 0 0 1 0 0 1 0 0
Line4 0 0 0 1 0 0 0 1 0 0 1
1.2.2 Popgene
输入文件格式
/*Input your note here*/
Number of populations=1
Number of loci=3
Locus name: marker1 marker2 marker3
AA AC
AA
AC 99
BB
BB BB
AA
DD DD
CC
1.2.3 PowerMarker
输入文件格式
Code
Marker1 Marker2 Marker3
Line1
190/190 200/210 236/236
Line2
190/194 9/9 238/238
Line3
192/192 208/208 236/236
Line4
196/196 212/212 240/240
1.2.4 Structure
输入文件格式
Marker1 Marker2 Marker3
Line1
190
200
236
Line1
190
210
236
Line2
190
9
238
Line2
194
9
238
Line3
192
208
236
Line3
192
208
236
Line4
196
212
240
Line4
196
212
240
1.2.5 Tassel
输入文件格式
4 3:2
Marker1 Marker2 Marker3
Line1
190:190 200:210 236:236
Line2
190:194 ?:? 238:238
Line3
192:192 208:208 236:236
Line4
196:196 212:212 240:240