Basic HTML Version
张如华等
, 2011,
柽柳
EST-SSRs
标记开发与群体检测
,
分子植物育种
Vol.9 No.38 (doi: 10.5376/mpb.cn.2011.09.0038)
1294
图
1
引物
Estssr
-
6
对部分浙江慈溪群体的扩增
Figure 1 SSR amplification profiles for genomic DNA of ZCX population of
T. chinensis
L.
表
4
柽柳群体的遗传距离
(I)
和遗传相似度
(D)
Table 4 Nei's unbiased (1978) measures of genetic identity and genetic distance
群体名称及编号
Pop ID
1
2
3
4
5
浙江慈溪
(CIXI.Z)
Zhejiangcixi (CIXI.Z)
****
0.9726
0.9069
0.8904
0.8716
浙江海盐
(HAIYAN.Z)
Zhejianghaiyan (HAIYAN.Z)
0.0277
****
0.9382
0.8840
0.8941
浙江余姚
(YUYAO.Z)
Zhejiangyuyao (YUYAO.Z)
0.0977
0.0638
****
0.8847
0.8921
山东东营河口
(HEKOU.S)
Shandongdongyinghekou (HEKOU.S)
0.1161
0.1233
0.1225
****
0.9487
山东东营垦利
(KENLI.S)
Shandongdongyingkenli (KENLI.S)
0.1374
0.1120
0.1142
0.0527
****
注
:
右上为遗传相似度
(I);
左下为遗传距离
(D)
Note: Nei's genetic identity (above diagonal) and genetic distance (below diagonal)
处将不同群体分成
A
、
B
两组，
A
组来自山东，
B
组
来自浙江
(
图
2)
。
图
2
柽柳群体的
Nei
无偏遗传距离
UPGMA
聚类结果
Figure 2 Dendrogram generated by UPGMA analysis of 6
populations of
T. chinensis
L. based on Nei’s unbiased genetic
idensity
2
讨论
2.1
柽柳属植物
EST-SSR
的分布及特点
与其它植物相比，柽柳
EST
序列中含有
SSR
的
比例及
SSR
的基序组成既有共性，也有特异性。从
柽柳属植物
EST
拼接的
9 439
条独立基因序列中，共
发现
202
条
EST
有精确
SSR
，
SSR
的发生频率为
2.14%
，在其它植物的研究中也得到相似的结果
(Cordeiro et al., 2001)
。柽柳属植物
EST-SSR
的主体
是二、三核苷酸，这点与大部分植物类似
(Cardle et
al., 2000; Kota et al., 2001)
。其中三核苷酸重复类型
最多，占总量的
40.29%
，多于二核苷酸重复，这与
小麦、葡萄、咖啡、柑橘、苜蓿、棉花等植物中分
布相似
(
安泽伟等
, 2009)
。对许多植物的研究发现，
在
EST-SSR
中，二核苷酸基序中以
AG/TC
为最多
(
安
泽伟等
, 2009; Holton et al., 2002)
，而本研究的结果
表明，柽柳的基序分布有所不同，是以
AT/TA
为最
多
(11.65%)
，其次才是
AG/TC (9.22%)
。在柽柳中未
发现
CG/GC
重复单元，而在许多植物中也有相似的
结果——该重复单元很少或不存在
(Holton et al.,
2002)
。与油菜、黄瓜、柑橘、橡胶树等植物中主要
为三核苷酸重复类型
CTT/GAA
有所不同，柽柳三核
苷酸占优势的种类为
AAT/TTA
，占总
EST-SSR
的
7.28%
，不过
CTT/GAA
也是柽柳中较多的三核苷酸
重复类型
(
占
2.42%)
。