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分子植物育种
(
网络版
), 2011
年
,
第
9
卷
,
第
1291
-
1296
页
Fenzi Zhiwu Yuzhong (Online), 2011, Vol.9, 1291
-
1296
http://mpb.
5th
.sophiapublisher.com
1291
研究报告
A Letter
柽柳
EST-SSRs
标记开发与群体检测
张如华
,
李锐
,
赵景奎
,
徐立安
南京林业大学
,
林木遗传与生物技术省部共建教育部重点实验室
,
南京
, 210037
通讯作者
:
laxu@njfu.edu.cn
作者
分子植物育种
, 2011
年
,
第
9
卷
,
第
38
篇
doi: 10.5376/mpb.cn.2011.09.0038
收稿日期：
2010
年
11
月
18
日
接受日期：
2011
年
02
月
28
日
发表日期：
2011
年
04
月
02
日
这是一篇采用
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,
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引用格式：
张如华等
, 2011,
柽柳
EST-SSRs
标记开发与群体检测
,
分子植物育种
Vol.9 No.38 (doi: 10.5376/mpb.cn.2011.09.0038)
摘
要
利用柽柳属植物
22 712
条
EST
序列拼接得到
9 439
条无冗余独立基因序列。其中
202
条独立基因序列中发现有
206
个
EST-SSR
位点，
SSR
发生频率为
2.14%
。二核苷酸和三核苷酸重复为柽柳属植物
EST-SSR
的主要重复类型，分别占
33.01%
和
40.29%
。通过
PRIMER5.0
软件设计了引物
164
对，随机合成
75
对，在柽柳中有
40
对引物能扩增出清晰条带，其中
14
对具有多态性，多态比率为
35%
。说明从柽柳属植物
EST
中开发
SSR
标记是行之有效的。以
14
对引物对
5
个柽柳天然群
体进行了遗传多样性检测，结果表明，开发的
SSR
标记能较好地揭示柽柳群体遗传多样性和区分群体间的差异性。这些标
记也能成为其它柽柳遗传分析的良好工具。
关键词
EST-SSR
标记
;
柽柳属植物
;
柽柳
;
群体检测
Development and Population Detection of Microsatellite Markers from
Expressed Sequence Tags for
Tamarix
spp.
Zhang Ruhua , Li Rui , Zhao Jingkui , Xu Li'an
Nanjing Forestry University, Key Laboratory of Forest Genetics & Biotechnology, Ministry of Education, Nanjing, 210037, P.R. China
Corresponding author, laxu@njfu.edu.cn;
Authors
Abstract
9 439 Unigenes were obtained from 22 712
Tamarix
spp. ESTs. 206 SSRs were distributed in 202 Unigenes, which
accounts for 2.14% of the total number of unigenes. Dinucleotide and trinucleotide repeats were the dominant types among the
obtained unigenes, accounting for 33.01% and 40.29%, respectively. 164 primer pairs were designed by PRIMER5.0 and 75 primer
pairs were synthesized. Among them, 40 primer pairs amplified DNA fragments and 14 primer pairs were polymorphic in
T.
chinensis
accounting for 35%. It was showed that it is an effective and feasible way to develop EST-SSR markers from EST in
T.
chinensis
, Genetic diversity of 5 populations were detected with these primer pairs, and the results indicated that population genetic
diversity and differences among populations can be revealed well with these EST-SSR markers in
T. chinensis
. And they can become
a good tool in other genetic analyses of
Tamarix
spp.
Keywords
EST-SSR marker;
Tamarix
spp.;
Tamarix chinensis
; Population detection
研究背景
微卫星
(
又称简单重复序列
(simple sequence
repeats, SSR))
标记具有共显性、多态性丰富、重复
性好等优点，是遗传图谱构建、基因定位、亲缘关
系鉴定、比较基因组等，尤其是遗传多样性研究的
理想标记。近些年来，随着基因组研究的发展，通
过寻找
EST
序列中的重复序列开发
SSR
标记已成为
最主要途径之一
(Eujayl et al., 2002)
。与传统的基因
组
SSR
标记相比，通过
EST
序列开发的
SSR
(EST-SSR)
标记有很多优点，包括在近缘种间具有
高通用性，且开发过程简单、成本低，通常还与某
种基因功能有关，还可反映出转录区的差异等
(Pashley et al., 2006)
。
柽柳科
(Tamaricaceae)
柽柳属
(
Tamarix
L.)
植物
共
90
余种，其中，我国有
18
种
2
变种。柽柳属植物
种间极易发生杂交而形成复杂的多型现象，柽柳属
植物的种内遗传变异及扩散机制、种间天然杂交及
基因渐渗等已成为目前国内外研究的热点。柽柳
(
T.
chinensis
Lour.)
是我国该属分布最广的种，除新疆、
西藏、海南等省区外的我国大部分地区有分布，常