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何建文等
, 2011, 48
个辣椒地方品种
SSR
和
SRAP
标记的遗传多样性和指纹分析
,
分子植物育种
Vol.9 No.30 (doi: 10.5376/mpb.cn.2011.09.0030)
1219
1
结果与分析
1.1 SSR
和
SRAP
标记位点的多态性检测
从网址
(http://www.sgn.cornell.edu/index.pl)
上
查得
75
个
SSR
标记的
PCR
引物，从
(
杜晓华
, 2006)
文
献中查得
SRAP
标记的
PCR
引物。选用不同果型的遵
义朝天椒
(ZYCTJ)
和
J1
羊角型椒的
DNA
样品做模
板，用前述引物进行
PCR
扩增，筛选具有多态性的
标记位点。结果有
15
个
SSR
位点具有多态性，即：
CA514272
、
Hpms2-21
、
BM61910
、
CB164897
、
CA525390
、
Hpms1-69
、
CA516439
、
Hpms1-139
、
Hpms1-3
、
Hpms1-155
、
CA524065
、
BM64867
、
CA525274
、
Hpms1-43
、
CA519548
。
SRAP
标记的
30
对
PCR
引物组合中，有
11
对引物组合的
PCR
扩增
位点具有多态性，这
11
对引物组合是：
me4+em6
、
me5+em6
、
me3+em3
、
me1+em3
、
me1+em6
、
me5+em7
、
me2+em8
、
me1+em7
、
me2+em7
、
me5+em8
、
me7+em5
。每对
SRAP
的
PCR
引物组合构
成一个
SRAP
标记。上述具有多态性的
SSR
和
SRAP
标记，将用于下述检测分析。
15
个
SSR
标记在
48
个品种中共检测到
41
个
等位基因
(
表
1)
，其中
38
个具有多态性，多态性比
率为
92.68%
，每个标记可检测
2~4
个等位基因，平
表
1 48
个辣椒地方品种
15
个
SSR
标记位点的多态性
Table 1 Polymorphism of 15 SSR markers among the 48 local capsicum varieties
序号
No.
SSR
标记
SSR marker
引物序列
The sequence of primer
染色体
Chromosome
等位基
因数
Allele
多态信息量
PIC
标记索
引系数
MI
1
Hpms1-139
F:CCAACAGTAGGACCCGAAAATCC
R:ATGAAGGCTACTGCTGCGATCC
1
4
0.64
2.56
2
BM64867
F:TCTGGGAATTTTGGAACTGC
R:TCCAGTTTTGATCATCTCCAAC
2
3
0.53
1.59
3
CA514272
F:TTCTCATGTTGACTCCCAAG
R:TCCATCTTTATCAGCTGGCCT
2
3
0.56
1.68
4
BM61910
F:ATTGTGATAGCAACCCCTGG
R:CACAGATGAGGGCACAAATG
3
2
0.5
1
5
Hpms1-69
F:CGGTGGCATGTAGTTTCTGGAG
R:AAGACATGAAATCCACAAGTTTTC
4
4
0.61
2.44
6
CB164897
F:GGGACGTATTTTCGAAGAGG
R:CTTCGCCTTGTTGACTAGGG
5
2
0.44
0.88
7
CA524065
F:TCTCTCTCTACATCTCTCCGTTG
R:TGTCGTTCGTCGACGTACTC
5
2
0.47
0.94
8
CA525274
F:TTCTCATGTTGACTCCCAAG
R:TCCATCTTTATCAGCTGGCCT
7
3
0.60
1.8
9
Hpms1-43
F:AACCAGCAATCCCATGAAAACC
R:GGGCTTTGGGGAGAATAGTGTG
8
3
0.50
1.5
10
Hpms1-155
F:ACGAGGCCCAAGCTGTTATGTC
R:TTGTCCCGACTCTCCATTGACC
8
2
0.49
0.98
11
Hpms1-3
F:TGGGAAATAGGATGCGCTAAACC
R:AACTTTAAGACTCAAAATCCATAACC
9
2
0.46
0.92
12
CA516439
F:GACAGTCTTTCAAGAACTAGAGAGAG
R:TGGAGCAAACACAGCAGAAC
10
4
0.60
2.4
13
Hpms2-21
F:TTTTTCAATTGATGCATGACCGATA
R:CATGTCATTTTGTCATTGATTTGG
10
3
0.64
1.92
14
33CA525390
F:GGAAACTAAACACACTTTCTCTCTC
R:ACTGGACGCCAGTTTGATTC
11
2
0.50
1
15
CA519548
F:TTTCTTCTCTGGCCCTTTTG
R:GGTTTCTCGATGTGAGGGTTGGTCTTG
11
3
0.50
1.5