陈丽静等
, 2011,
百合
SRAP-PCR
反应体系的建立与优化
,
分子植物育种
Vol.9 No.24 (doi: 10.5376/mpb.cn.2011.09.0024)
1178
3.4.3
最佳
Mg
2+
浓度的确立
最佳引物浓度与最佳
Mg2+
浓度的确立显得十
分重要,考虑到引物浓度与
Mg2+
浓度互作的影响,
在初步确定引物浓度之后,在前期所做的工作基础
上,开展引物浓度和
Mg2+
浓度的二因素交叉实验,
引物组合采用
me10+em4
,浓度梯度设计如表
4 (
重
复两次
, A, a
重复,
B, b
重复
, C, c
重复
)
所示。
3.4.4 dNTP
浓度
对
PCR
扩增的影响
针对
dNTP
浓度和
Mg
2+
的互作效应,进行了二
因素试验设计,浓度梯度设置见表
5
。
反应体系:
Taq
Enzyme 0.3 μL
Taq
Buffer
1.5 μL
Mg
2+
1.8 μL
dNTP Mix
1.2 μL
PrimersFR
1.5+1.5 μL
DNA
1.5 μL
ddH
2
O
5.7 μL
3.5
优化体系的稳定性检测
选择另外
5
对
SRAP
引物作为检测引物,用优
化的百合
SRAP
反应体系,对百合基因组
DNA
进
行
PCR
扩增
,
每对引物重复
3
次。扩增产物经变性
聚丙烯酰胺凝胶电泳后观察结果。检测引物的序列
如表
6
。
表
4
引物浓度与
Mg
2+
浓度梯度设置
Table 4 Designed gradients of Mg
2+
and primer
序号
NO.
引物浓度
(umol/L)
Primer concentrations
Mg
2+
浓度
(mmol/L)
Mg
2+
concentrations
序号
NO.
引物浓度
(umol/L)
Primer concentrations
Mg
2+
浓度
(mmol/L)
Mg
2+
concentrations
A1
0.11
0.83
a1
0.11
0.83
A2
0.11
1.67
a2
0.11
1.67
A3
0.11
2.5
a3
0.11
2.5
A4
0.11
3.33
a4
0.11
3.33
A5
0.11
4.17
a5
0.11
4.17
A6
0.11
5
a6
0.11
5
B1
0.13
0.83
b1
0.13
0.83
B2
0.13
1.67
b2
0.13
1.67
B3
0.13
2.5
b3
0.13
2.5
B4
0.13
3.33
b4
0.13
3.33
B5
0.13
4.17
b5
0.13
4.17
B6
0.13
5
b6
0.13
5
C1
0.16
0.83
c1
0.16
0.83
C2
0.16
1.67
c2
0.16
1.67
C3
0.16
2.5
c3
0.16
2.5
C4
0.16
3.33
c4
0.16
3.33
C5
0.16
4.17
c5
0.16
4.17
C6
0.16
5
c6
0.16
5