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王月志等
, 2011,
砂梨
MYB
基因启动子克隆、生物信息学预测与等位变异分析
,
分子植物育种
(online) Vol.9 No.110 pp.1799-1806
(doi: 10.5376/mpb. cn.2011.09.0110)
1801
MdMYBx2
，
MdMYBx3
/
MdMYBx4
同源基因的启动子
序列。
图
1
苹果基因组中
EgMyb2
同源基因的系统发生分析
注
:
MdMYBx1
、
MdMYBx2
、
MdMYBx3
和
MdMYBx4
分别代
表苹果基因组中
4
个不同的
EgMyb2
同源基因
;
它们对应蔷
薇科基因组数据库
(GDR, Genome Database for Rosaceae)
序
列 编 号 分 别 为
MDP0000736994, MDP0000296109,
MDP0000722954
和
MDP0000204495
Figure 1 Phylogenesis of
EgMyb2
homologues in apple
genome
Note:
MdMYBx1
、
MdMYBx2
、
MdMYBx3
and
MdMYBx4
represent the four different
EgMyb2
homologues in apple
genome; Their accessions in the GDR (Genome Database for
Rosaceae) are MDP0000736994, MDP0000296109, MDP000-
0722954 and MDP0000204495, respectively
扩增产物克隆测序后获得长度分别为
821 bp
、
874 bp
、
972 bp
和
914 bp
的
4
条序列。序列比较发现，
这
4
条砂梨序列分别与苹果
MdMYBx1
、
MdMYBx2
、
MdMYBx3
和
MdMYBx4
启动子序列间存在
94.6%
，
95.6%
，
97.6%
和
96.1%
的同源性，这
4
条序列已提交
GenBank (http://www.ncbi.nlm.nih.gov/genbank/)
，其序
列号分别为
JF900710
、
JF900709
、
JF900707
和
JF900708
，我们将这
4
条启动子序列对应的砂梨基
因分别命名为
PpMYBx1
、
PpMYBx2
、
PpMYBx3
和
PpMYBx4
。
对苹果和砂梨的启动子序列进行系统发生分
析发现，这
8
条序列共分化成
2
组，每组又分化
成
2
个亚组，每个亚组均包含
1
个苹果序列和
1
个砂梨序列
(
图
2)
，据此可以推测
MYB1
与
MYB2
，
MYB3
与
MYB4
间的复制在苹果与梨物种分化前
已经发生。
图
2
梨与苹果
EgMyb2
同源基因启动子序列的系统发生
注
:
启动子
:
MdMYBx1
,
PpMYBx1
,
MdMYBx2
,
PpMYBx2
,
MdMYBx3
,
PpMYBx3
,
MdMYBx4
,
PpMYBx4
Figure 2 Phylogenesis of the promoters of pear and apple
EgMyb2
homologues
Note: Promoter:
MdMYBx1
,
PpMYBx1
,
MdMYBx2
,
PpMYBx2
,
MdMYBx3
,
PpMYBx3
,
MdMYBx4
,
PpMYBx4
1.3
砂梨
EgMYB2
同源基因启动子预测
对所克隆的
4
条砂梨序列的启动子预测结果
显示，各序列中均存在启动子、增强子和
TATA-box
特征序列，其中
PpMYBx3
的启动子序列中预测存
在
2
个
TATA-box
和
2
个启动子特征序列
(
表
1)
。
表
1
砂梨木质素合成相关转录因子基因
MYB
启动子区特征序列位置预测
Table 1 Predicted position of the characteristic sequence in the promoter regions of sand pear putative transcription factor gene
MYB
related to lignin biosynthesis
启动子
(
对应基因
)
Promoter (Corresponding gene)
预测项
Predicted item
PpMYBx1
PpMYBx2
PpMYBx3
PpMYBx4
TATA box
位置
TATA box position
578 bp
664 bp
753 bp, 288 bp
709 bp
启动子位置
Promoter position
612 bp
677 bp
787 bp, 322 bp
741 bp
增强子位置
Enhancer position
484 bp
541 bp
527 bp
594 bp
克隆长度
Clone length
821 bp
874 bp
972 bp
914 bp