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Susan R. McCouch & CGSNL (Committee on Gene Symbolization,
Nomenclature and Linkage, Rice Genetics Cooperative), 2008, Gene Nomenclature System for Rice, Rice, 1(1):72-84 (doi:10.1007/s12284-008-9004-9)
1029
T., Haberer G., Han B., Harada E., Hiraki A.T., Hirochika
H., Hoen D., Hokari H., Hosokawa S., Hsing Y.I., Ikawa
H., Ikeo K., Imanishi T., Ito Y., Jaiswal P., Kanno M.,
Kawahara Y., Kawamura T., Kawashima H., Khurana J.P.,
Kikuchi S., Komatsu S., Koyanagi K.O., Kubooka H.,
Lieberherr D., Lin Y.C., Lonsdale D., Matsumoto T.,
Matsuya A., McCombie W.R., Messing J., Miyao A.,
Mulder N., Nagamura Y., Nam J., Namiki N., Numa H.,
Nurimoto S., O'Donovan C., Ohyanagi H., Okido T., Oota S.,
Osato N., Palmer L.E., Quetier F., Raghuvanshi S., Saichi N.,
Sakai H., Sakai Y., Sakata K., Sakurai T., Sato F., Sato Y.,
Schoof H., Seki M., Shibata M., Shimizu Y., Shinozaki K.,
Shinso Y., Singh N.K., Smith-White B., Takeda J., Tanino
M., Tatusova T., Thongjuea S., Todokoro F., Tsugane M.,
Tyagi A.K., Vanavichit A., Wang A., Wing R.A.,
Yamaguchi K., Yamamoto M., Yamamoto N., Yu Y., Zhang
H., Zhao Q., Higo K., Burr B., Gojobori T., and Sasaki T.,
2007, Curated genome annotation of
Oryza sativa
ssp.
japonica
and comparative genome analysis with
Arabidopsis thaliana
, Genome Res., 17: 175-183
Jaiswal P., Ni J., Yap I., Ware D., Spooner W., Youens-Clark K.,
Ren L., Liang C., Zhao W., Ratnapu K., Faga B., Canaran
P., Fogleman M., Hebbard C., Avraham S., Schmidt S.,
Casstevens T.M., Buckler E.S., Stein L., and McCouch S.,
2006, Gramene: A bird’s eye view of cereal genomes,
Nucleic Acids Res., 34: D717-D723
Jaiswal P., Ware D., Ni J., Chang K., Zhao W., Schmidt S., Pan
X., Clark K., Teytelman L., Cartinhour S., Stein L., and
McCouch S., 2002, Gramene: Development and
integration of trait and gene ontologies for rice, Compar.
Funct. Genom., 3: 132-136
Karlowski W.M., Schoof H., Janakiraman V., Stuempflen V.,
and Mayer K.F.X., 2003, MOsDB: An integrated
information resource for rice genomics, Nucleic Acids
Res., 31: 190-192
Kinoshita T., 1986, Report of the committee on gene
symbolization, nomenclature and linkage groups, Rice
Genet. Newslett., 3: 4-8
McCouch S.R., Cho Y.G., Yano M., Paul E., Blinstrub M.,
Morishima H., and Kinoshita T., 1997, Report on QTL
nomenclature, Rice Genet. Newslett., 14: 11-13
McNally K.L., Bruskiewich R., Mackill D., Buell C.R., Leach
J.E., and Leung H., 2006, Sequencing multiple and diverse
rice varieties. Connecting whole-genome variation with
phenotypes, Plant Physiol., 141: 26-31
Mulder N.J., Apweiler R., Attwood T.K., Bairoch A., Bateman A.,
Binns D., Bradley P., Bork P., Bucher P., Cerutti L., Copley
R., Courcelle E., Das U., Durbin R., Fleischmann W., Gough
J., Haft D., Harte N., Hulo N., Kahn D., Kanapin A.,
Krestyaninova M., Lonsdale D., Lopez R., Letunic I.,
Madera M., Maslen J., McDowall J., Mitchell A., Nikolskaya
A.N., Orchard S., Pagni M., Ponting C.P., Quevillon E.,
Selengut J., Sigrist C.J., Silventoinen V., Studholme D.J.,
Vaughan R., and Wu C.H., 2005, InterPro, progress and
status in 2005, Nucleic Acids Res., 33: D201-D205
Ohyanagi H., Tanaka T., Sakai H., Shigemoto Y., Yamaguchi K.,
Habara T., Fujii Y., Antonio B.A., Nagamura Y., Imanishi
T., Ikeo K., Itoh T., Gojobori T., and Sasaki T., 2006, The
rice annotation project database (RAP-DB): Hub for
Oryza sativa
ssp.
japonica
genome information, Nucleic
Acids Res., 34: D741-D744
Price C.A., Reardon E.M., and Lonsdale D.M., 1996, A guide
to naming sequenced plant genes, Plant Mol. Biol., 30:
225-227
TAIR, 2005, Arabidopsis Nomenclature, http://www.arabidopsis.
org/info/guidelines.jsp, 10 April 2008
VandenBosch K.A., and Frugoli J., 2001, Guidelines for
genetic nomenclature and community governance for the
model legume
Medicago truncatula
, Mol. Plant-Microb.
Interact., 14: 1364-1367
Wain H.M., Lush M.J., Ducluzeau F., Khodiyar V.K., and Povey S.,
2004, Genew: The human gene nomenclature database, 2004
updates, Nucleic Acids Res., 32: D255-D257
Wu R., Hirai A., Mundy J., Nelson R., and Rodriguez R., 1991,
Guidelines for nomenclature of cloned genes or DNA
fragments in rice, Rice Genet. Newslett., 8: 51-53
Yu J., Hu S., Wang J., Wong G.K-S., Li S.G., Liu B., Deng Y.J.,
Dai L., Zhou Y., Zhang X.Q., Cao M.L., Liu J., Sun J.D.,
Tang J.B., Chen Y.J., Huang X.B., Lin W., Ye C., Tong W.,
Cong L.J., Geng J.N., Han Y.J., Li L., Li W., Hu G.Q.,
Huang X.X., Li W.J., Li J., Liu Z.W., Li L., Liu J.P., Qi
Q.H., Liu J.S., Li L., Li T., Wang X.G., Lu H., Wu T.T.,
Zhu M., Ni P.X., Han H., Dong W., Ren X.Y., Feng X.L.,
Cui P., Li X.R., Wang H., Xu X., Zhai W.X., Xu Z., Zhang
J.S., He S.J., Zhang J.G., Xu J.C., Zhang K.L., Zheng
X.W., Dong J.H., Zeng W.Y., Tao L., Ye J., Tan J., Ren X.,
Chen X.W., He J., Liu D.F., Tian W., Tian C.G., Xia H.A.,
Bao Q.Y., Li G., Gao H., Cao T., Wang J., Zhao W.M., Li
P., Chen W., Wang X.D., Zhan Y.g, Hu J.F., Wang J., Liu
S., Yang J., Zhang G.Y., Xiong Y.Q., Li Z.J., Mao L., Zhou
C.S., Zhu Z., Chen R.S., Hao B.L., Zheng W.M., Chen
S.Y., Guo W., Li G.J., Liu S.Q., Tao M., Wang J., Zhu L.H.,